Cucurbit leaf crumple virus
Basic Information
Genus |
Begomovirus
|
NCBI Assembly |
GCF_000837305.1 |
Isolate |
USA: Imperial Valley of California |
Release date |
2015/2/12 |
Submitter |
Guzman,P., Sudarshana,M.R., Seo,Y.-S., Rojas,M.R., Natwick,E., Turini,T., Mayberry,K., Gilbertson,R.L., Hernandez,N.A. |
Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTGGTGTCCTCTCGGCCCAAGGCCCAGCCCAAATCCCCGGCCCATGATTCAACCACAACTTTACCCTTTTGGACCACGTAAAAGAATACGCACCAACCGCGTTGCTTCTGACAAGTCTACATATTTATGCTTTCTTGACTAAGACGTGGTCCTTTATCTATAAATGATAATGACAATTTAGGACACTTTAACTCAAAATGCCGAAGCGCGATGCCCCATGGCGTTCATTGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAACTATACTCCACGTGGAGGTCCTAAATTGGACAAGGCCGCTGTGTGGGTCAACCGGCCCATGTACCGGAAGCCCAGGATCTATCGGACATTCAAGAGTCCCGATGTTCCCAAGGGTTGTGAAGGGCCGTGTAAGGTTCAGTCTTTCGAGCAGCGGCATGATATATCTCATGTTGGGAAGGTGATGTGCATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACTCATCGCGTGGGGAAACGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAGATCTGGATGGACGAAAACATCAAGTTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATTTTCTGGTTGGTAAGAGACCGTCGACCGTATAGTTCTCCTATGGATTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAACGAGCCTAGTACTGCAACCGTTAAGAACGATCTCCGCGATCGTTTTCAAGTGATGCACAGGTTCTATGCAAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCGAGCAACGAGCAAGCCTTAGTTAGGCGATTTTGGAAGGTCAACAACCACGTAGTCTACAACCACCAGGAAGCAGGAAAATACGAAAATCATACTGAGAACGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAATTTGAATTTTATATCATGATTTTCGAGTACATAGTTTACATATGGTTTATCAGTTGCAAATACAACAGCTCGTATTACATTATTCAGTCCAACAACACCTAATCTATCTAAATACAGAAGCACTAAATGTTTAAACCATTTTAAATAAGTCGTCCCAGAAACTTGACGTAATGTCGTCCAGATTTGGAAGTTCAGGAATGCTTTGTGAAGATTTAGTGCTCTCCTGAGGTTGTGGTTGAATCTGATCTGGATGTGGAATATCCTCGTTGTTGTGTAGATTGGGTCCTCTACGTTGTACATCTTGAAATAGAGGGGATTTGGAACGTCCCAGATAAAAGCGGAATTCTCTGCCTGAAACCGCGTGATGCGTTCCTCTGTGCGTGAATCCATAATCAGCACAGTTCAAATGCAGGTATATTGAACAACCGCAGTCCAAGTCTATTCGTCGACGCCGGATGGCTCTAGTCTTCGCTGCTCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGCCTTCGAGGAAGATGAACTGGGCATTTTTGATCGTCCACTCTCTTAGGCTTTCATTTTCCTCTTTATCGAGGAAATCTTTATAAGATGCCCCCTCTCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATTCCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAATCCCTTTGGGCCCCTATCAATTCTTTCCAGTGCTTTAGCTTTAGGTATTGCGGAGCGACGTCATCAATGACGTTATATTCGGCTTCGTTTGAGTAAACCCTAGAATTGAAATCCAGGTGACCGCTAAGATAATTGTGCTTGCCTAACGAACGGGACCACATCGTCTTCCCCGTTCTTGAGTCACCTTCTATGATTATACTTCTAGCTCGCATTGGCCGCGCAGCGGCATCCCTCCCAAAATAATCATCAGCCCACTCCTGTAACTCTTCTGGAACGAGAGTGAACGATGATAACGGAAATGGACATGCCCACGTTTCAGGTGGCTGATGAAAGAGGCGCTCGATGTTAGCCTTTATGTTATGATAGTTCACAATAAACGTTTTTGGATCACCGGCTTTTATAATGTCGAGAGCCTCTCCCGCACTTCCTGCGTTGATGGCGTTGTGATAGACGTCGTCCTTGCTAGATTTTGTACCCCCAGAGACCTTGTATTTCCCGGACTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCGTTGGCGTCTTTGGCTGCCTGAACATTTGGGTGAAAACTGGTAGACCTTCTGGGGTGAGCAAGGTCGAAAAATCTAGCATCCTTGATGTTAGACTTACCGGATAATTGAATGAGGCAGTGTAAGTGCGGGAACCCGTCGGAATGTTCCTCTCGTGCGACTCTGATATACGTCGGTTTGACGATTGACCAGTTAAGATGCTGAAGCATCTGAATAGCTTCATCTTTCGGAATGTCGCACTGAGGATATGTTAAGAAAATGTTCTTGGCTGATATACGAAAGGAATTAGGGTTCCGTGGCATATTTGTAAATAAGAGCCAGGACACCAGCGGGAGCTCTCTCCAGAAACTATTGTTTGTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATATCTAAAGGCTAAAAGTCTCTACCTAGGACACCAAGGGGCAAAATTGGCCATCCGCAATAATATT
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTGGTGTCCTCCTTATTGGACGCTGACAGGCCCATCTCAGGGCCCATTAACAGGCCCAGGCCCAATAAGTTTCTCGGCCCTAATCCCCGTGGTGCTCTCCAGTTGGCGCATCGGGTCCACACATACCCATTGTCCAATCCCCTCCATCCTGACAAGTCTCGGTGGCTTTAACTTGGTCGTTAAGGATGGTCCCACAAGTACATGGTTATGTCAACATCATATTGTCTTTAAACGAAAGTGCGGACGTGGTGTATACTTTCTTTAATTCAAATTTCAGAAGCGTTTAGGTCCACAACGATCAGGACTGTTCTTTATTCACTCCGGTTATATCTTAGTTCGGGAAATTTGAATTAGAGGAGTCTGTCCAATAACATGATTTTTGACCAATCAAATTTCAAGTATGGAGTCTAGCTATTTTTGTTCGTCGTAATTGAACTATAAATATGTTATTGGAAGAGATATACACCACATCTAAAAATTGGTATTATACGTATATTTAGTATGTATTCGTCAGGCAGTAGACGTGGTCGTAGTTCTACACAACGACGGAGTTATTCACGGCGTACAGCTGTTAAACGTCATTATACTACATCACGTCTCGATGATAAACGTCGAACGAGCAATGCTGGTAAGGTACATGGTGAGGCGAAGATGTCACTGCAGCGTATACATGAGGACCAATTCGGCCCTGACTATGTGCTTCGACATAATACAGCGTTGTCGACGTTTATCACCTATCCTACTCTTCGCAAGAGTGAACCTAACCGTTCCAGGTCATATATAAAGTTAAAACGCCTGCGTTTTAAGGGAACTCTTAAGATTGAACGTGTAGAAACCGACATTAACATGGTTGGTTCACCTGCCAATATTGACGGAGTGTATTCTATCGTGATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTGACTTCGACTGGTTGTCTACCGACATTTGACGATTTATTTGGCGCGAGGATGCATAGTCACGGTAATTTATCAATAACGTCGTCTAATAAGCAGCGTTTCTATATCAGACATGTTATGAAGCGTGTACTATCTGTAGAGCGGAACACATTGATGATCGACATCGAAGGAACGACGACGTTTTCTAATAGGCGTTACAATTGTTGGTCCGCATTTAACGACAACGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTACGCTAACATCAGCAAGAACGCCATATTAGTTTATCATTGTTGGATGTCTGATGTAACGTCCAGCGCATCTACTTTTGTATCATACGACCTTGATTATTACGGATAACTAATAACAATGATTTGAACACCACCATATTTTTCTTCTGGTAAAATATGGCCGCGCAGCCCCACTGCGCGGAGCGCAGTTGACGGGCATATTCTATCCGCATCGGGGCTGCTATGCTCACGGGGATTTAACAAAATTATTAGATCGTCATTAGCAGTACACGTACAGCTTAACAATAAATGTCAGTTTAATTTAACGATTTTGGTATCGGAGGAATACAACTACTGTTAATACACTCGTGAACTGTCGATTTAACTAACTCGTTCAGCTGTGACATTGACATGGTAATGTTGGATTGTGACCTTTGTATTCCGACCATTGAAACTGAATCTCCGGGATCTAATACACTTGTTCCTAGTCTGTTAAGTTCTCTATACGGGAGTAATTCTTCTGATATACCCAAATCCGCATTTGATTTGTTCGTAACAATTGTGCTCTTTGTAGCCCAGGTCTCGCCTGGGCATATTTCAATTGGACCCTTAAGTCCAGTTCTTGATAGTGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCACTTGCCGTAACCCACGTGCCAGAAATCAACGTCTTTCTCGCAGAATTGCTTCGACAACAACTTCACCGTTGGTGCCCGGAAGGGGATATCAACTGAGTGTTTCGCCGACGACAGCTTTAGCTTGCCTTTGAATTTTGCGAAATGCGTCATTTGATGAACGTTTGCATCTGACACCTTGTAGTATAACTTCCAAGGAATTGGGTCTTTTAGCGAGAAGAATGACGCAGAGAAGTAGTGGAGATCTATATTGCATCTGATCGGAAATGTCCACGACGCTTGCAACGATTCGTCGTCAGTCATGCGTTTGTCGTGGATCTCCACTATCACCGTTCCTGAGGCGTTAATTGGAACCTGTTGCCTGTATTCTATGACACAGTGGTCGATCTTCATACAACTACGACTCAGTTTCGCAGTAATTTGCGAAGTCGTCGACGGAAACTGCAGGACAATTTCTGTTAGGTCATGAGATAGCCGATACTCATCCCGTCGCGATTCTATGTAATTAAATGCGTTAGGTGCCGCAGCTAACGTCGTTGACATATCTCGTCTGCAAATTGTCGTTGATTTCATGGAATAGGAGTAATACATTTATAGCCGAGTGGCGAAGAGAATGTGAAATTAGGGTTTCAGTGGCATATTTGTAAATAAGAGCCAGGACACCAGCGGGAGCTCTCTCCAGAAACTATTGTTTGTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATATCTAAAGGCTAAAAGTCTCTACCTAGGACACCAAGGGGCAAAATTGGCCATCCGCAATAATATT
Gene Information
NCBI Accession
|
NP_148985.1
|
Location
|
217-966 |
Gene Name
|
AV1 |
Protein Name
|
coat protein |
Coding Region
|
ATGCCGAAGCGCGATGCCCCATGGCGTTCATTGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAACTATACTCCACGTGGAGGTCCTAAATTGGACAAGGCCGCTGTGTGGGTCAACCGGCCCATGTACCGGAAGCCCAGGATCTATCGGACATTCAAGAGTCCCGATGTTCCCAAGGGTTGTGAAGGGCCGTGTAAGGTTCAGTCTTTCGAGCAGCGGCATGATATATCTCATGTTGGGAAGGTGATGTGCATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACTCATCGCGTGGGGAAACGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAGATCTGGATGGACGAAAACATCAAGTTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATTTTCTGGTTGGTAAGAGACCGTCGACCGTATAGTTCTCCTATGGATTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAACGAGCCTAGTACTGCAACCGTTAAGAACGATCTCCGCGATCGTTTTCAAGTGATGCACAGGTTCTATGCAAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCGAGCAACGAGCAAGCCTTAGTTAGGCGATTTTGGAAGGTCAACAACCACGTAGTCTACAACCACCAGGAAGCAGGAAAATACGAAAATCATACTGAGAACGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA |
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRSLAGTSKVSRSANYTPRGGPKLDKAAVWVNRPMYRKPRIYRTFKSPDVPKGCEGPCKVQSFEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVIFWLVRDRRPYSSPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHRFYAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN |
NCBI Accession
|
NP_148986.1
|
Location
|
963-1361 |
Gene Name
|
AC3 |
Protein Name
|
Ren protein |
Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGAGGAACGCATCACGCGGTTTCAGGCAGAGAATTCCGCTTTTATCTGGGACGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAACGTAGAGGACCCAATCTACACAACAACGAGGATATTCCACATCCAGATCAGATTCAACCACAACCTCAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCATTCCTGAACTTCCAAATCTGGACGACATTACGTCAAGTTTCTGGGACGACTTATTTAAAATGGTTTAAACATTTAGTGCTTCTGTATTTAGATAGATTAGGTGTTGTTGGACTGAATAATGTAATACGAGCTGTTGTATTTGCAACTGATAAACCATATGTAAACTATGTACTCGAAAATCATGATATAAAATTCAAATTTTATTAA |
Protein Sequence
|
MDSRTEERITRFQAENSAFIWDVPNPLYFKMYNVEDPIYTTTRIFHIQIRFNHNLRRALNLHKAFLNFQIWTTLRQVSGTTYLKWFKHLVLLYLDRLGVVGLNNVIRAVVFATDKPYVNYVLENHDIKFKFY |
NCBI Accession
|
NP_148987.1
|
Location
|
1102-1497 |
Gene Name
|
AC2 |
Protein Name
|
TrAP protein |
Coding Region
|
ATGCCCAGTTCATCTTCCTCGAAGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCGAAGACTAGAGCCATCCGGCGTCGACGAATAGACTTGGACTGCGGTTGTTCAATATACCTGCATTTGAACTGTGCTGATTATGGATTCACGCACAGAGGAACGCATCACGCGGTTTCAGGCAGAGAATTCCGCTTTTATCTGGGACGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAACGTAGAGGACCCAATCTACACAACAACGAGGATATTCCACATCCAGATCAGATTCAACCACAACCTCAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCATTCCTGAACTTCCAAATCTGGACGACATTACGTCAAGTTTCTGGGACGACTTATTTAAAATGGTTTAA |
Protein Sequence
|
MPSSSSSKAPSIKAQHRAAKTRAIRRRRIDLDCGCSIYLHLNCADYGFTHRGTHHAVSGREFRFYLGRSKSPLFQDVQRRGPNLHNNEDIPHPDQIQPQPQESTKSSQSIPELPNLDDITSSFWDDLFKMV |
NCBI Accession
|
NP_148988.1
|
Location
|
1433-2488 |
Gene Name
|
AC1 |
Protein Name
|
Rep protein |
Coding Region
|
ATGCCACGGAACCCTAATTCCTTTCGTATATCAGCCAAGAACATTTTCTTAACATATCCTCAGTGCGACATTCCGAAAGATGAAGCTATTCAGATGCTTCAGCATCTTAACTGGTCAATCGTCAAACCGACGTATATCAGAGTCGCACGAGAGGAACATTCCGACGGGTTCCCGCACTTACACTGCCTCATTCAATTATCCGGTAAGTCTAACATCAAGGATGCTAGATTTTTCGACCTTGCTCACCCCAGAAGGTCTACCAGTTTTCACCCAAATGTTCAGGCAGCCAAAGACGCCAACGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAGTCCGGGAAATACAAGGTCTCTGGGGGTACAAAATCTAGCAAGGACGACGTCTATCACAACGCCATCAACGCAGGAAGTGCGGGAGAGGCTCTCGACATTATAAAAGCCGGTGATCCAAAAACGTTTATTGTGAACTATCATAACATAAAGGCTAACATCGAGCGCCTCTTTCATCAGCCACCTGAAACGTGGGCATGTCCATTTCCGTTATCATCGTTCACTCTCGTTCCAGAAGAGTTACAGGAGTGGGCTGATGATTATTTTGGGAGGGATGCCGCTGCGCGGCCAATGCGAGCTAGAAGTATAATCATAGAAGGTGACTCAAGAACGGGGAAGACGATGTGGTCCCGTTCGTTAGGCAAGCACAATTATCTTAGCGGTCACCTGGATTTCAATTCTAGGGTTTACTCAAACGAAGCCGAATATAACGTCATTGATGACGTCGCTCCGCAATACCTAAAGCTAAAGCACTGGAAAGAATTGATAGGGGCCCAAAGGGATTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGAATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGAGAGGGGGCATCTTATAAAGATTTCCTCGATAAAGAGGAAAATGAAAGCCTAAGAGAGTGGACGATCAAAAATGCCCAGTTCATCTTCCTCGAAGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCGAAGACTAG |
Protein Sequence
|
MPRNPNSFRISAKNIFLTYPQCDIPKDEAIQMLQHLNWSIVKPTYIRVAREEHSDGFPHLHCLIQLSGKSNIKDARFFDLAHPRRSTSFHPNVQAAKDANAVKNYITKEGDYCESGKYKVSGGTKSSKDDVYHNAINAGSAGEALDIIKAGDPKTFIVNYHNIKANIERLFHQPPETWACPFPLSSFTLVPEELQEWADDYFGRDAAARPMRARSIIIEGDSRTGKTMWSRSLGKHNYLSGHLDFNSRVYSNEAEYNVIDDVAPQYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKEENESLREWTIKNAQFIFLEGPLYQSTAQSSED |
NCBI Accession
|
NP_148989.1
|
Location
|
521-1291 |
Gene Name
|
BV1 |
Protein Name
|
Nsp protein |
Coding Region
|
ATGTATTCGTCAGGCAGTAGACGTGGTCGTAGTTCTACACAACGACGGAGTTATTCACGGCGTACAGCTGTTAAACGTCATTATACTACATCACGTCTCGATGATAAACGTCGAACGAGCAATGCTGGTAAGGTACATGGTGAGGCGAAGATGTCACTGCAGCGTATACATGAGGACCAATTCGGCCCTGACTATGTGCTTCGACATAATACAGCGTTGTCGACGTTTATCACCTATCCTACTCTTCGCAAGAGTGAACCTAACCGTTCCAGGTCATATATAAAGTTAAAACGCCTGCGTTTTAAGGGAACTCTTAAGATTGAACGTGTAGAAACCGACATTAACATGGTTGGTTCACCTGCCAATATTGACGGAGTGTATTCTATCGTGATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTGACTTCGACTGGTTGTCTACCGACATTTGACGATTTATTTGGCGCGAGGATGCATAGTCACGGTAATTTATCAATAACGTCGTCTAATAAGCAGCGTTTCTATATCAGACATGTTATGAAGCGTGTACTATCTGTAGAGCGGAACACATTGATGATCGACATCGAAGGAACGACGACGTTTTCTAATAGGCGTTACAATTGTTGGTCCGCATTTAACGACAACGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTACGCTAACATCAGCAAGAACGCCATATTAGTTTATCATTGTTGGATGTCTGATGTAACGTCCAGCGCATCTACTTTTGTATCATACGACCTTGATTATTACGGATAA |
Protein Sequence
|
MYSSGSRRGRSSTQRRSYSRRTAVKRHYTTSRLDDKRRTSNAGKVHGEAKMSLQRIHEDQFGPDYVLRHNTALSTFITYPTLRKSEPNRSRSYIKLKRLRFKGTLKIERVETDINMVGSPANIDGVYSIVIVVDRKPHLTSTGCLPTFDDLFGARMHSHGNLSITSSNKQRFYIRHVMKRVLSVERNTLMIDIEGTTTFSNRRYNCWSAFNDNDRDSCNGVYANISKNAILVYHCWMSDVTSSASTFVSYDLDYYG |
NCBI Accession
|
NP_148990.1
|
Location
|
1479-2360 |
Gene Name
|
BC1 |
Protein Name
|
movement protein |
Coding Region
|
ATGTCAACGACGTTAGCTGCGGCACCTAACGCATTTAATTACATAGAATCGCGACGGGATGAGTATCGGCTATCTCATGACCTAACAGAAATTGTCCTGCAGTTTCCGTCGACGACTTCGCAAATTACTGCGAAACTGAGTCGTAGTTGTATGAAGATCGACCACTGTGTCATAGAATACAGGCAACAGGTTCCAATTAACGCCTCAGGAACGGTGATAGTGGAGATCCACGACAAACGCATGACTGACGACGAATCGTTGCAAGCGTCGTGGACATTTCCGATCAGATGCAATATAGATCTCCACTACTTCTCTGCGTCATTCTTCTCGCTAAAAGACCCAATTCCTTGGAAGTTATACTACAAGGTGTCAGATGCAAACGTTCATCAAATGACGCATTTCGCAAAATTCAAAGGCAAGCTAAAGCTGTCGTCGGCGAAACACTCAGTTGATATCCCCTTCCGGGCACCAACGGTGAAGTTGTTGTCGAAGCAATTCTGCGAGAAAGACGTTGATTTCTGGCACGTGGGTTACGGCAAGTGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCACTATCAAGAACTGGACTTAAGGGTCCAATTGAAATATGCCCAGGCGAGACCTGGGCTACAAAGAGCACAATTGTTACGAACAAATCAAATGCGGATTTGGGTATATCAGAAGAATTACTCCCGTATAGAGAACTTAACAGACTAGGAACAAGTGTATTAGATCCCGGAGATTCAGTTTCAATGGTCGGAATACAAAGGTCACAATCCAACATTACCATGTCAATGTCACAGCTGAACGAGTTAGTTAAATCGACAGTTCACGAGTGTATTAACAGTAGTTGTATTCCTCCGATACCAAAATCGTTAAATTAA |
Protein Sequence
|
MSTTLAAAPNAFNYIESRRDEYRLSHDLTEIVLQFPSTTSQITAKLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDDESLQASWTFPIRCNIDLHYFSASFFSLKDPIPWKLYYKVSDANVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKLLSKQFCEKDVDFWHVGYGKWERRLVKSASLSRTGLKGPIEICPGETWATKSTIVTNKSNADLGISEELLPYRELNRLGTSVLDPGDSVSMVGIQRSQSNITMSMSQLNELVKSTVHECINSSCIPPIPKSLN |