Cucurbit leaf crumple virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000837305.1
Isolate USA: Imperial Valley of California
Release date 2015/2/12
Submitter Guzman,P., Sudarshana,M.R., Seo,Y.-S., Rojas,M.R., Natwick,E., Turini,T., Mayberry,K., Gilbertson,R.L., Hernandez,N.A.
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Genomic Organization


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Genome

NC_002984
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTGGTGTCCTCTCGGCCCAAGGCCCAGCCCAAATCCCCGGCCCATGATTCAACCACAACTTTACCCTTTTGGACCACGTAAAAGAATACGCACCAACCGCGTTGCTTCTGACAAGTCTACATATTTATGCTTTCTTGACTAAGACGTGGTCCTTTATCTATAAATGATAATGACAATTTAGGACACTTTAACTCAAAATGCCGAAGCGCGATGCCCCATGGCGTTCATTGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAACTATACTCCACGTGGAGGTCCTAAATTGGACAAGGCCGCTGTGTGGGTCAACCGGCCCATGTACCGGAAGCCCAGGATCTATCGGACATTCAAGAGTCCCGATGTTCCCAAGGGTTGTGAAGGGCCGTGTAAGGTTCAGTCTTTCGAGCAGCGGCATGATATATCTCATGTTGGGAAGGTGATGTGCATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACTCATCGCGTGGGGAAACGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAGATCTGGATGGACGAAAACATCAAGTTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATTTTCTGGTTGGTAAGAGACCGTCGACCGTATAGTTCTCCTATGGATTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAACGAGCCTAGTACTGCAACCGTTAAGAACGATCTCCGCGATCGTTTTCAAGTGATGCACAGGTTCTATGCAAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCGAGCAACGAGCAAGCCTTAGTTAGGCGATTTTGGAAGGTCAACAACCACGTAGTCTACAACCACCAGGAAGCAGGAAAATACGAAAATCATACTGAGAACGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAATTTGAATTTTATATCATGATTTTCGAGTACATAGTTTACATATGGTTTATCAGTTGCAAATACAACAGCTCGTATTACATTATTCAGTCCAACAACACCTAATCTATCTAAATACAGAAGCACTAAATGTTTAAACCATTTTAAATAAGTCGTCCCAGAAACTTGACGTAATGTCGTCCAGATTTGGAAGTTCAGGAATGCTTTGTGAAGATTTAGTGCTCTCCTGAGGTTGTGGTTGAATCTGATCTGGATGTGGAATATCCTCGTTGTTGTGTAGATTGGGTCCTCTACGTTGTACATCTTGAAATAGAGGGGATTTGGAACGTCCCAGATAAAAGCGGAATTCTCTGCCTGAAACCGCGTGATGCGTTCCTCTGTGCGTGAATCCATAATCAGCACAGTTCAAATGCAGGTATATTGAACAACCGCAGTCCAAGTCTATTCGTCGACGCCGGATGGCTCTAGTCTTCGCTGCTCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGCCTTCGAGGAAGATGAACTGGGCATTTTTGATCGTCCACTCTCTTAGGCTTTCATTTTCCTCTTTATCGAGGAAATCTTTATAAGATGCCCCCTCTCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATTCCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAATCCCTTTGGGCCCCTATCAATTCTTTCCAGTGCTTTAGCTTTAGGTATTGCGGAGCGACGTCATCAATGACGTTATATTCGGCTTCGTTTGAGTAAACCCTAGAATTGAAATCCAGGTGACCGCTAAGATAATTGTGCTTGCCTAACGAACGGGACCACATCGTCTTCCCCGTTCTTGAGTCACCTTCTATGATTATACTTCTAGCTCGCATTGGCCGCGCAGCGGCATCCCTCCCAAAATAATCATCAGCCCACTCCTGTAACTCTTCTGGAACGAGAGTGAACGATGATAACGGAAATGGACATGCCCACGTTTCAGGTGGCTGATGAAAGAGGCGCTCGATGTTAGCCTTTATGTTATGATAGTTCACAATAAACGTTTTTGGATCACCGGCTTTTATAATGTCGAGAGCCTCTCCCGCACTTCCTGCGTTGATGGCGTTGTGATAGACGTCGTCCTTGCTAGATTTTGTACCCCCAGAGACCTTGTATTTCCCGGACTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCGTTGGCGTCTTTGGCTGCCTGAACATTTGGGTGAAAACTGGTAGACCTTCTGGGGTGAGCAAGGTCGAAAAATCTAGCATCCTTGATGTTAGACTTACCGGATAATTGAATGAGGCAGTGTAAGTGCGGGAACCCGTCGGAATGTTCCTCTCGTGCGACTCTGATATACGTCGGTTTGACGATTGACCAGTTAAGATGCTGAAGCATCTGAATAGCTTCATCTTTCGGAATGTCGCACTGAGGATATGTTAAGAAAATGTTCTTGGCTGATATACGAAAGGAATTAGGGTTCCGTGGCATATTTGTAAATAAGAGCCAGGACACCAGCGGGAGCTCTCTCCAGAAACTATTGTTTGTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATATCTAAAGGCTAAAAGTCTCTACCTAGGACACCAAGGGGCAAAATTGGCCATCCGCAATAATATT

NC_002985
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTGGTGTCCTCCTTATTGGACGCTGACAGGCCCATCTCAGGGCCCATTAACAGGCCCAGGCCCAATAAGTTTCTCGGCCCTAATCCCCGTGGTGCTCTCCAGTTGGCGCATCGGGTCCACACATACCCATTGTCCAATCCCCTCCATCCTGACAAGTCTCGGTGGCTTTAACTTGGTCGTTAAGGATGGTCCCACAAGTACATGGTTATGTCAACATCATATTGTCTTTAAACGAAAGTGCGGACGTGGTGTATACTTTCTTTAATTCAAATTTCAGAAGCGTTTAGGTCCACAACGATCAGGACTGTTCTTTATTCACTCCGGTTATATCTTAGTTCGGGAAATTTGAATTAGAGGAGTCTGTCCAATAACATGATTTTTGACCAATCAAATTTCAAGTATGGAGTCTAGCTATTTTTGTTCGTCGTAATTGAACTATAAATATGTTATTGGAAGAGATATACACCACATCTAAAAATTGGTATTATACGTATATTTAGTATGTATTCGTCAGGCAGTAGACGTGGTCGTAGTTCTACACAACGACGGAGTTATTCACGGCGTACAGCTGTTAAACGTCATTATACTACATCACGTCTCGATGATAAACGTCGAACGAGCAATGCTGGTAAGGTACATGGTGAGGCGAAGATGTCACTGCAGCGTATACATGAGGACCAATTCGGCCCTGACTATGTGCTTCGACATAATACAGCGTTGTCGACGTTTATCACCTATCCTACTCTTCGCAAGAGTGAACCTAACCGTTCCAGGTCATATATAAAGTTAAAACGCCTGCGTTTTAAGGGAACTCTTAAGATTGAACGTGTAGAAACCGACATTAACATGGTTGGTTCACCTGCCAATATTGACGGAGTGTATTCTATCGTGATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTGACTTCGACTGGTTGTCTACCGACATTTGACGATTTATTTGGCGCGAGGATGCATAGTCACGGTAATTTATCAATAACGTCGTCTAATAAGCAGCGTTTCTATATCAGACATGTTATGAAGCGTGTACTATCTGTAGAGCGGAACACATTGATGATCGACATCGAAGGAACGACGACGTTTTCTAATAGGCGTTACAATTGTTGGTCCGCATTTAACGACAACGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTACGCTAACATCAGCAAGAACGCCATATTAGTTTATCATTGTTGGATGTCTGATGTAACGTCCAGCGCATCTACTTTTGTATCATACGACCTTGATTATTACGGATAACTAATAACAATGATTTGAACACCACCATATTTTTCTTCTGGTAAAATATGGCCGCGCAGCCCCACTGCGCGGAGCGCAGTTGACGGGCATATTCTATCCGCATCGGGGCTGCTATGCTCACGGGGATTTAACAAAATTATTAGATCGTCATTAGCAGTACACGTACAGCTTAACAATAAATGTCAGTTTAATTTAACGATTTTGGTATCGGAGGAATACAACTACTGTTAATACACTCGTGAACTGTCGATTTAACTAACTCGTTCAGCTGTGACATTGACATGGTAATGTTGGATTGTGACCTTTGTATTCCGACCATTGAAACTGAATCTCCGGGATCTAATACACTTGTTCCTAGTCTGTTAAGTTCTCTATACGGGAGTAATTCTTCTGATATACCCAAATCCGCATTTGATTTGTTCGTAACAATTGTGCTCTTTGTAGCCCAGGTCTCGCCTGGGCATATTTCAATTGGACCCTTAAGTCCAGTTCTTGATAGTGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCACTTGCCGTAACCCACGTGCCAGAAATCAACGTCTTTCTCGCAGAATTGCTTCGACAACAACTTCACCGTTGGTGCCCGGAAGGGGATATCAACTGAGTGTTTCGCCGACGACAGCTTTAGCTTGCCTTTGAATTTTGCGAAATGCGTCATTTGATGAACGTTTGCATCTGACACCTTGTAGTATAACTTCCAAGGAATTGGGTCTTTTAGCGAGAAGAATGACGCAGAGAAGTAGTGGAGATCTATATTGCATCTGATCGGAAATGTCCACGACGCTTGCAACGATTCGTCGTCAGTCATGCGTTTGTCGTGGATCTCCACTATCACCGTTCCTGAGGCGTTAATTGGAACCTGTTGCCTGTATTCTATGACACAGTGGTCGATCTTCATACAACTACGACTCAGTTTCGCAGTAATTTGCGAAGTCGTCGACGGAAACTGCAGGACAATTTCTGTTAGGTCATGAGATAGCCGATACTCATCCCGTCGCGATTCTATGTAATTAAATGCGTTAGGTGCCGCAGCTAACGTCGTTGACATATCTCGTCTGCAAATTGTCGTTGATTTCATGGAATAGGAGTAATACATTTATAGCCGAGTGGCGAAGAGAATGTGAAATTAGGGTTTCAGTGGCATATTTGTAAATAAGAGCCAGGACACCAGCGGGAGCTCTCTCCAGAAACTATTGTTTGTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATATCTAAAGGCTAAAAGTCTCTACCTAGGACACCAAGGGGCAAAATTGGCCATCCGCAATAATATT

Gene Information

NCBI Accession NP_148985.1
Location 217-966
Gene Name AV1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCCGAAGCGCGATGCCCCATGGCGTTCATTGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAACTATACTCCACGTGGAGGTCCTAAATTGGACAAGGCCGCTGTGTGGGTCAACCGGCCCATGTACCGGAAGCCCAGGATCTATCGGACATTCAAGAGTCCCGATGTTCCCAAGGGTTGTGAAGGGCCGTGTAAGGTTCAGTCTTTCGAGCAGCGGCATGATATATCTCATGTTGGGAAGGTGATGTGCATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACTCATCGCGTGGGGAAACGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAGATCTGGATGGACGAAAACATCAAGTTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATTTTCTGGTTGGTAAGAGACCGTCGACCGTATAGTTCTCCTATGGATTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAACGAGCCTAGTACTGCAACCGTTAAGAACGATCTCCGCGATCGTTTTCAAGTGATGCACAGGTTCTATGCAAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCGAGCAACGAGCAAGCCTTAGTTAGGCGATTTTGGAAGGTCAACAACCACGTAGTCTACAACCACCAGGAAGCAGGAAAATACGAAAATCATACTGAGAACGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA
Protein Sequence MPKRDAPWRSLAGTSKVSRSANYTPRGGPKLDKAAVWVNRPMYRKPRIYRTFKSPDVPKGCEGPCKVQSFEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVIFWLVRDRRPYSSPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHRFYAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession NP_148986.1
Location 963-1361
Gene Name AC3
Protein Name Ren protein
Coding Region ATGGATTCACGCACAGAGGAACGCATCACGCGGTTTCAGGCAGAGAATTCCGCTTTTATCTGGGACGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAACGTAGAGGACCCAATCTACACAACAACGAGGATATTCCACATCCAGATCAGATTCAACCACAACCTCAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCATTCCTGAACTTCCAAATCTGGACGACATTACGTCAAGTTTCTGGGACGACTTATTTAAAATGGTTTAAACATTTAGTGCTTCTGTATTTAGATAGATTAGGTGTTGTTGGACTGAATAATGTAATACGAGCTGTTGTATTTGCAACTGATAAACCATATGTAAACTATGTACTCGAAAATCATGATATAAAATTCAAATTTTATTAA
Protein Sequence MDSRTEERITRFQAENSAFIWDVPNPLYFKMYNVEDPIYTTTRIFHIQIRFNHNLRRALNLHKAFLNFQIWTTLRQVSGTTYLKWFKHLVLLYLDRLGVVGLNNVIRAVVFATDKPYVNYVLENHDIKFKFY

NCBI Accession NP_148987.1
Location 1102-1497
Gene Name AC2
Protein Name TrAP protein
Coding Region ATGCCCAGTTCATCTTCCTCGAAGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCGAAGACTAGAGCCATCCGGCGTCGACGAATAGACTTGGACTGCGGTTGTTCAATATACCTGCATTTGAACTGTGCTGATTATGGATTCACGCACAGAGGAACGCATCACGCGGTTTCAGGCAGAGAATTCCGCTTTTATCTGGGACGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAACGTAGAGGACCCAATCTACACAACAACGAGGATATTCCACATCCAGATCAGATTCAACCACAACCTCAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCATTCCTGAACTTCCAAATCTGGACGACATTACGTCAAGTTTCTGGGACGACTTATTTAAAATGGTTTAA
Protein Sequence MPSSSSSKAPSIKAQHRAAKTRAIRRRRIDLDCGCSIYLHLNCADYGFTHRGTHHAVSGREFRFYLGRSKSPLFQDVQRRGPNLHNNEDIPHPDQIQPQPQESTKSSQSIPELPNLDDITSSFWDDLFKMV

NCBI Accession NP_148988.1
Location 1433-2488
Gene Name AC1
Protein Name Rep protein
Coding Region ATGCCACGGAACCCTAATTCCTTTCGTATATCAGCCAAGAACATTTTCTTAACATATCCTCAGTGCGACATTCCGAAAGATGAAGCTATTCAGATGCTTCAGCATCTTAACTGGTCAATCGTCAAACCGACGTATATCAGAGTCGCACGAGAGGAACATTCCGACGGGTTCCCGCACTTACACTGCCTCATTCAATTATCCGGTAAGTCTAACATCAAGGATGCTAGATTTTTCGACCTTGCTCACCCCAGAAGGTCTACCAGTTTTCACCCAAATGTTCAGGCAGCCAAAGACGCCAACGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAGTCCGGGAAATACAAGGTCTCTGGGGGTACAAAATCTAGCAAGGACGACGTCTATCACAACGCCATCAACGCAGGAAGTGCGGGAGAGGCTCTCGACATTATAAAAGCCGGTGATCCAAAAACGTTTATTGTGAACTATCATAACATAAAGGCTAACATCGAGCGCCTCTTTCATCAGCCACCTGAAACGTGGGCATGTCCATTTCCGTTATCATCGTTCACTCTCGTTCCAGAAGAGTTACAGGAGTGGGCTGATGATTATTTTGGGAGGGATGCCGCTGCGCGGCCAATGCGAGCTAGAAGTATAATCATAGAAGGTGACTCAAGAACGGGGAAGACGATGTGGTCCCGTTCGTTAGGCAAGCACAATTATCTTAGCGGTCACCTGGATTTCAATTCTAGGGTTTACTCAAACGAAGCCGAATATAACGTCATTGATGACGTCGCTCCGCAATACCTAAAGCTAAAGCACTGGAAAGAATTGATAGGGGCCCAAAGGGATTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGAATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGAGAGGGGGCATCTTATAAAGATTTCCTCGATAAAGAGGAAAATGAAAGCCTAAGAGAGTGGACGATCAAAAATGCCCAGTTCATCTTCCTCGAAGGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCGAAGACTAG
Protein Sequence MPRNPNSFRISAKNIFLTYPQCDIPKDEAIQMLQHLNWSIVKPTYIRVAREEHSDGFPHLHCLIQLSGKSNIKDARFFDLAHPRRSTSFHPNVQAAKDANAVKNYITKEGDYCESGKYKVSGGTKSSKDDVYHNAINAGSAGEALDIIKAGDPKTFIVNYHNIKANIERLFHQPPETWACPFPLSSFTLVPEELQEWADDYFGRDAAARPMRARSIIIEGDSRTGKTMWSRSLGKHNYLSGHLDFNSRVYSNEAEYNVIDDVAPQYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKEENESLREWTIKNAQFIFLEGPLYQSTAQSSED

NCBI Accession NP_148989.1
Location 521-1291
Gene Name BV1
Protein Name Nsp protein
Coding Region ATGTATTCGTCAGGCAGTAGACGTGGTCGTAGTTCTACACAACGACGGAGTTATTCACGGCGTACAGCTGTTAAACGTCATTATACTACATCACGTCTCGATGATAAACGTCGAACGAGCAATGCTGGTAAGGTACATGGTGAGGCGAAGATGTCACTGCAGCGTATACATGAGGACCAATTCGGCCCTGACTATGTGCTTCGACATAATACAGCGTTGTCGACGTTTATCACCTATCCTACTCTTCGCAAGAGTGAACCTAACCGTTCCAGGTCATATATAAAGTTAAAACGCCTGCGTTTTAAGGGAACTCTTAAGATTGAACGTGTAGAAACCGACATTAACATGGTTGGTTCACCTGCCAATATTGACGGAGTGTATTCTATCGTGATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTGACTTCGACTGGTTGTCTACCGACATTTGACGATTTATTTGGCGCGAGGATGCATAGTCACGGTAATTTATCAATAACGTCGTCTAATAAGCAGCGTTTCTATATCAGACATGTTATGAAGCGTGTACTATCTGTAGAGCGGAACACATTGATGATCGACATCGAAGGAACGACGACGTTTTCTAATAGGCGTTACAATTGTTGGTCCGCATTTAACGACAACGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTACGCTAACATCAGCAAGAACGCCATATTAGTTTATCATTGTTGGATGTCTGATGTAACGTCCAGCGCATCTACTTTTGTATCATACGACCTTGATTATTACGGATAA
Protein Sequence MYSSGSRRGRSSTQRRSYSRRTAVKRHYTTSRLDDKRRTSNAGKVHGEAKMSLQRIHEDQFGPDYVLRHNTALSTFITYPTLRKSEPNRSRSYIKLKRLRFKGTLKIERVETDINMVGSPANIDGVYSIVIVVDRKPHLTSTGCLPTFDDLFGARMHSHGNLSITSSNKQRFYIRHVMKRVLSVERNTLMIDIEGTTTFSNRRYNCWSAFNDNDRDSCNGVYANISKNAILVYHCWMSDVTSSASTFVSYDLDYYG

NCBI Accession NP_148990.1
Location 1479-2360
Gene Name BC1
Protein Name movement protein
Coding Region ATGTCAACGACGTTAGCTGCGGCACCTAACGCATTTAATTACATAGAATCGCGACGGGATGAGTATCGGCTATCTCATGACCTAACAGAAATTGTCCTGCAGTTTCCGTCGACGACTTCGCAAATTACTGCGAAACTGAGTCGTAGTTGTATGAAGATCGACCACTGTGTCATAGAATACAGGCAACAGGTTCCAATTAACGCCTCAGGAACGGTGATAGTGGAGATCCACGACAAACGCATGACTGACGACGAATCGTTGCAAGCGTCGTGGACATTTCCGATCAGATGCAATATAGATCTCCACTACTTCTCTGCGTCATTCTTCTCGCTAAAAGACCCAATTCCTTGGAAGTTATACTACAAGGTGTCAGATGCAAACGTTCATCAAATGACGCATTTCGCAAAATTCAAAGGCAAGCTAAAGCTGTCGTCGGCGAAACACTCAGTTGATATCCCCTTCCGGGCACCAACGGTGAAGTTGTTGTCGAAGCAATTCTGCGAGAAAGACGTTGATTTCTGGCACGTGGGTTACGGCAAGTGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCACTATCAAGAACTGGACTTAAGGGTCCAATTGAAATATGCCCAGGCGAGACCTGGGCTACAAAGAGCACAATTGTTACGAACAAATCAAATGCGGATTTGGGTATATCAGAAGAATTACTCCCGTATAGAGAACTTAACAGACTAGGAACAAGTGTATTAGATCCCGGAGATTCAGTTTCAATGGTCGGAATACAAAGGTCACAATCCAACATTACCATGTCAATGTCACAGCTGAACGAGTTAGTTAAATCGACAGTTCACGAGTGTATTAACAGTAGTTGTATTCCTCCGATACCAAAATCGTTAAATTAA
Protein Sequence MSTTLAAAPNAFNYIESRRDEYRLSHDLTEIVLQFPSTTSQITAKLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDDESLQASWTFPIRCNIDLHYFSASFFSLKDPIPWKLYYKVSDANVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKLLSKQFCEKDVDFWHVGYGKWERRLVKSASLSRTGLKGPIEICPGETWATKSTIVTNKSNADLGISEELLPYRELNRLGTSVLDPGDSVSMVGIQRSQSNITMSMSQLNELVKSTVHECINSSCIPPIPKSLN