Cotton leaf crumple virus
Basic Information
| Genus |
Begomovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000845165.1 |
| Isolate |
Mexico: Sonora |
| Release date |
2015/2/12 |
| Submitter |
Brown,J.K., Idris,A.M. |
| Host |
|
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACTGATGGCCGCGCGGATTTTGGAGCCCCCTTTTGTCGTTAGCGCGACCTTTAATTCAAATTAAAGGTTGCTTTTTTCTATCGTCCAATCATTTTGCGCCTGACTAGCCTAGATATTAGCAACAACTTCGCGACTAAGTTGTTGACCGTCAAGTATAAATTAATGGGCTTATGGCCCAATGGGTATAGAGCAAAATGCCCAAGCGTGATGCCCCGTGGCGCTTATTAGCGGGTACGTCTAAGGTAAGTCGAAATGCCAACTACTCTCCCTTGAGAGTATTGGGCCCTAAAGTTAATAAGGCCTCTGAATGGGTTTACAGGCCTATGTACAGGAAGCCCAGAATCTATCGCACGTTAAGGACGCCTGACATTCCGAGAGGCTGTGAAGGGCCATGTAAAGTCCAGTCATATGAACAGCGCCACGATGTCTCACACGTGGGTAAGGTAATGTGTATATCTGATGTCACACGTGGTAATGGTATCACCCACCGTGTTGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAAATATGGATGGATGAGAATATTAAGCTGAAGAACCACACGAACAGCGTCATTTTTTGGCTGGTTAGAGATCGTAGACCATATGGCACGCCTATGGACTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAACGAGCCAAGTACTGCCACTGTCAAGAACGATCTCAGAGATAGGTTGCAGGTCATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTAACTGGAGGACAATACGCGAGCAACGAGCAAGCCTTGGTCAAGAGATTCTGGAAGGTCAACAATCATGTGGTGTACAACCACCAAGAAGCAGGGAAATATGAGAATCACACGGAGAATGCGTTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCTAATCCTGTGTATGCAACGTTGAAAATTCGGATCTATTTTTACGATTCGATCATGAATTAATAAAATTTAAATTTTATTGAATGATTTTCTAGTACATAACTGACATACGACTTATCAGTTGCGAAACGAACAGCTCTAATTACATTGTTAAGTGAAATTACGCCTAATTCGTCTAAGTACAACATAACCAACTGTTTAAACCTAATTAAATAAGTCGACCCAGAAGCTGTCAGAGATGTCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGTAAGCTTTGTGGAGATGCAACGCTCTCCGTAAGTTGTGGTTGAATCGGATCTGGACGTGGTATATACGCGTCCTGGTGTATAGCAGATCCTCTACTCCGTATATCTTGAAATATAGGGGATTTATTATCTCCCAGATATACACGCCATTCTCTGCCTGACGTGCAGTGATGATTTCCCCTGTGCGTGAATCCATGACCGGTGCAGCCTATGTGGAAGTATATGGTGCACCCACAGTTTAGATCAATGCGTCGTCGTCTAATCGCCCTCCTCTTGGCTTGCCTGTGTGCCTTCTTGATAGAGGGGGGCGTCGAGAGTGATGAAGATAACATTCTTGAGAGTCCAATGTTTGAGCGACGCATTTTCCGCTTTATCCAGGAAATCTTTATAGCTGGATCCCTCGCCTGGATTGCAAAGCACGATTGAAGGGATCCCTCCTTTAATTTGAACTGGTTTCCCGTACTTGCAATTTGACTGCCAGTCTTTTTGGGCCCCAAGAAGCTCTTTCCAATGCTTTAGCTTTAGGTATTGCGGTGCTACGTCATCAATGACGTTATAGGCAACATTATTCGAGTACACTCGATTATTGAAGTCCAGGTGTCCACTGAGGTAATTATGTGGGCCTAAAGCACGAGCCCACATCGTCTTGCCCGTTCTAGAATCACCTTCCACTATGAGACTAACTGGTCTTACAGGCCGCGCAGCGGGACCCATTCCAAAATAATCATCCGCCCATTCTTGCATCTGTTCAGGAACGTTAGTGAAAGAGGAAAGTGGAAATGGAGGGACCCATTGTTCAGGCGCCTTTTTGAAAAGGCGTTCCAAGTTCGCTGTAATGTTATGGTAACTCACGATGAACGCCCTTGGATCTCCGGCCCGGATAATTGCAAGAGCTTCCGCCAAACTAGGTGCATTGATGGCGTTATAATAGACGTCGTCTTTATTCTTCTTTGTACCCCCAGGCACTTTGAACTGTCCGGATTCACAACAATCGCCGTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCGTTGGCGTCTTTGGCTGCTTGTATGTTTGGGTGAAAATTGGTCGACCTTCTGGGGTGAGTAAGGTCGAAAAATCTCTTATTCTTGATGTTGGACTTTCCAGAGAGTTGGATGAGACAGTGAAGGTGTGGGAATCCGTCCGAGTGCTCCTCTCTGGCAACTCGAATATATGTTGGTTTGACGACTGACCATGATAAGGTTTGAAGCATTTGAAGAGCTTCATTTTTTGGGATATCGCACTTGGGATAGGTTAAGAAAATATGTCTGGCTTGTAAACGAAAAGAATCGGGGTTTCTAGGCATTTTTTAAATAGTGACCCAGGACTCAAAAACTAGCTCTCAACTTCTCTCATATGTTGTGGAGTCTGGAGTCCTTTATATATGTTTACGCTATAGAAGGCATTTGGGGACTCTCCCGGGCCCACCATAGGACTCCATACCGCGGCCATCTATATAATATT
ACTGATGGCCGCGCGAAGTCCCGGTATGCCTTTTCAGCCGTTGGATCTGGAGCCGTACCTTTTTCGCGTTCCCATTTTGCCCCTGGAGTCCCGAGCTATTTACGACCCCCTGCCACCGAGTCCCCTTCGTGGAGCGCTCTTCGTCCAACACGTGTCCCAACTTTTGCGCATTTTTGACTACCTGTCGCGCACTTGAATTAAAGTTGCCCTTTTATTTTCTTCCAATTATTTTGCGGCTGAGTAGTCTAGATAATTGTGACAACTTAGTGAGCAAGTTGTAGGAGGACCCTATCCGTCTGGGAAAATAATTGGGTTTTCACGTGTACCAATGGGAAATAATATGTATAGCCTATTTAATTTAGAAAATTAAATAGTTTTAGTAATTCCTATATAATAGCGTTTACTAGTCTGGGTAAAATTCGTATAGGAAAAAATATTTATTATTTTTTAAATTTAACCTATTGAAAATGTACAGTTTAAAGAGTAGACGTGGATCGAATTACATTCAAGCACGTGGAAACTCACGGACCCCATTATTCAAACGACATTCCACTGGTAAGCGTTATGGAGGAAGACGACTACAGCCACTGAATGTGAAAAGAGAAGATGAACCCAGAATGTCGACCCAACGCATCCACGAGAATCAATATGGGTCGGAATTTACAATGGCCCACAACACAGCCATTTCGACCTATATCTCCTATCCTAATCTGGGCAAGACTGAACCCAATCGAACCAGGTCGTACATCAAGCTGAAACGATTGCGTTTCAAGGGCACGGTGAAGATCGAACGAGTTCCTACTGACGTGGCTATGGATGGTTCGATTCCCAACACGGAAGGGGTGTTCTCATTGGTCATAGTCGTTGACCGAAAACCTCATTTGACTGCATCTGGATGCCTACATACGTTTGACGAACTATTTGGTGCGATAATCCACAGCCATGGAACCCTGTCTATAGTTCCCGCGTTGAAGGATCGTTACTACATACGGCATGTAATTAAACGGGTACTGTCCGTCGAGAAAGATAACGTCATGGTGGATATTGAAGGATCCACTGCTCTGTCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCCAGTTTTAAAGATCTTGATTTGGATTCATGTAAGGGTGTTTATGACAACATAAACAAGAATGCCCTGTTAGTTTATTACTCATGGGTATCGGATACTGTGTCTAAAGCATCCACTTATGTATCGTATGACCTTGATTATATTGGATAATCAATAATAACAGGAAAATTTGAATAAGAAAAAATATTATTTAAATATTTTTGGTTGAGGACCATTACAACTACTCTTGATACATTCTTGGACCGTTGTCCTAACCAGTTCGTTTAATTGGGCCATAGACATGGTAATGTTGGACTCAGCCCTATGGGCCCCTACTATTGATGCCGAGTCACCTGGATCCAGTACAGTGGACCCTAACCTGTGCAGCTCTCTGTAAGGTGTCTGTTCGTTATTGGACTGTGAGTCCGCATCTTCGTTAACGGGCCCTATGGTACTCCTGGTCGCCCACGACTCCCCTGGCCTTATTTCTATTGGGCCTGGAAGCCCAAATCTGTTCATGGATGCGGACCTAATTAGTTTCCTTTCCCATTTACCATAGTCTACATGTGAGAAATCAACGTCTTTAGCGGAGAACTGTTTGGAAAGGATCTTTACCGTTGGCGCCTTGAACGGAATATCGACGGAATGTTTGGCGGTCGATAATTTCAGCTTCCCTTTGAATTTTGCGAAGTGGGTACGCTGTTGAACATTCGTATCAGAAACTCTGTAATAGAGTTTCCAAGGGATTGGGTCTTTGAGAGAGAAGAAGGAAGCTGAAAAATAGTGGAGATCTATGTTACACCTGATCGGAAAAGTCCACGACGATTGTAATGATTCATTATCAGTCATCCTCTTGTCGTGAATCTCCACTATCACTGTACCAGTCGCGTTAATTGGCACCTGCTGCCTGTACTCGATAACGCAATGATCGATCTTCATGCAACTGCGACTGAGTCTCGCCGTTAATTGTGCCGCCGTTGACGGAAACTGCAGAACGATCTCAGTTAGGTCATGGGAAAGCTGATATTCATCCCTCTGAGACTCTATATAATTAAATGCGTTTGGGGGATTAGCTAATTGAGAATCCATATAGAGAAATATGGCCGCGCAGCGACGCCGGTTGAAGAATATGAACAAGGAATAAGATGAACAAGGAAGAAGATGAACAAGCAATAATTTAATTAATTATTGTTAATAAGCATAAATTATGAAAATAATTTTGATGGTAATGAAAGTATTATAAATAATATTTAGGAGAAAATATTGTTAAGGAAATATCTGGTTATGTTTATTTGTTAAGGTATATGGGTTTTTATAGAAACCCAGGAGCAGCTATGGTAAGAAACCCAGGACTCAAAAAATGCCTCTCAACTTCTCTCATATGTTGCGGAGTCTGGAGTCCCATTTATACCATAGAAAGCATTGGGGGTATAGCATGGTAATTTCACATCGGACTCCATACCGCGGCCATCTATATAATATT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
NP_795337.1
|
|
Location
|
195-950 |
|
Gene Name
|
av1 |
|
Protein Name
|
coat protein AV1 |
|
Coding Region
|
ATGCCCAAGCGTGATGCCCCGTGGCGCTTATTAGCGGGTACGTCTAAGGTAAGTCGAAATGCCAACTACTCTCCCTTGAGAGTATTGGGCCCTAAAGTTAATAAGGCCTCTGAATGGGTTTACAGGCCTATGTACAGGAAGCCCAGAATCTATCGCACGTTAAGGACGCCTGACATTCCGAGAGGCTGTGAAGGGCCATGTAAAGTCCAGTCATATGAACAGCGCCACGATGTCTCACACGTGGGTAAGGTAATGTGTATATCTGATGTCACACGTGGTAATGGTATCACCCACCGTGTTGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGGAAAATATGGATGGATGAGAATATTAAGCTGAAGAACCACACGAACAGCGTCATTTTTTGGCTGGTTAGAGATCGTAGACCATATGGCACGCCTATGGACTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAACGAGCCAAGTACTGCCACTGTCAAGAACGATCTCAGAGATAGGTTGCAGGTCATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTAACTGGAGGACAATACGCGAGCAACGAGCAAGCCTTGGTCAAGAGATTCTGGAAGGTCAACAATCATGTGGTGTACAACCACCAAGAAGCAGGGAAATATGAGAATCACACGGAGAATGCGTTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCTAATCCTGTGTATGCAACGTTGAAAATTCGGATCTATTTTTACGATTCGATCATGAATTAA |
|
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRLLAGTSKVSRNANYSPLRVLGPKVNKASEWVYRPMYRKPRIYRTLRTPDIPRGCEGPCKVQSYEQRHDVSHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVIFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRLQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSIMN |
|
NCBI Accession
|
NP_795338.1
|
|
Location
|
947-1345 |
|
Gene Name
|
ac3 |
|
Protein Name
|
AC3 protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGGGGAAATCATCACTGCACGTCAGGCAGAGAATGGCGTGTATATCTGGGAGATAATAAATCCCCTATATTTCAAGATATACGGAGTAGAGGATCTGCTATACACCAGGACGCGTATATACCACGTCCAGATCCGATTCAACCACAACTTACGGAGAGCGTTGCATCTCCACAAAGCTTACCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCTCTGACAGCTTCTGGGTCGACTTATTTAATTAGGTTTAAACAGTTGGTTATGTTGTACTTAGACGAATTAGGCGTAATTTCACTTAACAATGTAATTAGAGCTGTTCGTTTCGCAACTGATAAGTCGTATGTCAGTTATGTACTAGAAAATCATTCAATAAAATTTAAATTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MDSRTGEIITARQAENGVYIWEIINPLYFKIYGVEDLLYTRTRIYHVQIRFNHNLRRALHLHKAYLNFQVWTTSLTASGSTYLIRFKQLVMLYLDELGVISLNNVIRAVRFATDKSYVSYVLENHSIKFKFY |
|
NCBI Accession
|
NP_795339.1
|
|
Location
|
1092-1481 |
|
Gene Name
|
ac2 |
|
Protein Name
|
AC2 protein |
|
Coding Region
|
ATGTTATCTTCATCACTCTCGACGCCCCCCTCTATCAAGAAGGCACACAGGCAAGCCAAGAGGAGGGCGATTAGACGACGACGCATTGATCTAAACTGTGGGTGCACCATATACTTCCACATAGGCTGCACCGGTCATGGATTCACGCACAGGGGAAATCATCACTGCACGTCAGGCAGAGAATGGCGTGTATATCTGGGAGATAATAAATCCCCTATATTTCAAGATATACGGAGTAGAGGATCTGCTATACACCAGGACGCGTATATACCACGTCCAGATCCGATTCAACCACAACTTACGGAGAGCGTTGCATCTCCACAAAGCTTACCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCTCTGACAGCTTCTGGGTCGACTTATTTAATTAG |
|
Protein Sequence
|
MLSSSLSTPPSIKKAHRQAKRRAIRRRRIDLNCGCTIYFHIGCTGHGFTHRGNHHCTSGREWRVYLGDNKSPIFQDIRSRGSAIHQDAYIPRPDPIQPQLTESVASPQSLPELPSLDDISDSFWVDLFN |
|
NCBI Accession
|
NP_795340.1
|
|
Location
|
1408-2472 |
|
Gene Name
|
ac1 |
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Protein Name
|
replication associated protein AC1 |
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Coding Region
|
ATGCCTAGAAACCCCGATTCTTTTCGTTTACAAGCCAGACATATTTTCTTAACCTATCCCAAGTGCGATATCCCAAAAAATGAAGCTCTTCAAATGCTTCAAACCTTATCATGGTCAGTCGTCAAACCAACATATATTCGAGTTGCCAGAGAGGAGCACTCGGACGGATTCCCACACCTTCACTGTCTCATCCAACTCTCTGGAAAGTCCAACATCAAGAATAAGAGATTTTTCGACCTTACTCACCCCAGAAGGTCGACCAATTTTCACCCAAACATACAAGCAGCCAAAGACGCCAACGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGACGGCGATTGTTGTGAATCCGGACAGTTCAAAGTGCCTGGGGGTACAAAGAAGAATAAAGACGACGTCTATTATAACGCCATCAATGCACCTAGTTTGGCGGAAGCTCTTGCAATTATCCGGGCCGGAGATCCAAGGGCGTTCATCGTGAGTTACCATAACATTACAGCGAACTTGGAACGCCTTTTCAAAAAGGCGCCTGAACAATGGGTCCCTCCATTTCCACTTTCCTCTTTCACTAACGTTCCTGAACAGATGCAAGAATGGGCGGATGATTATTTTGGAATGGGTCCCGCTGCGCGGCCTGTAAGACCAGTTAGTCTCATAGTGGAAGGTGATTCTAGAACGGGCAAGACGATGTGGGCTCGTGCTTTAGGCCCACATAATTACCTCAGTGGACACCTGGACTTCAATAATCGAGTGTACTCGAATAATGTTGCCTATAACGTCATTGATGACGTAGCACCGCAATACCTAAAGCTAAAGCATTGGAAAGAGCTTCTTGGGGCCCAAAAAGACTGGCAGTCAAATTGCAAGTACGGGAAACCAGTTCAAATTAAAGGAGGGATCCCTTCAATCGTGCTTTGCAATCCAGGCGAGGGATCCAGCTATAAAGATTTCCTGGATAAAGCGGAAAATGCGTCGCTCAAACATTGGACTCTCAAGAATGTTATCTTCATCACTCTCGACGCCCCCCTCTATCAAGAAGGCACACAGGCAAGCCAAGAGGAGGGCGATTAG |
|
Protein Sequence
|
MPRNPDSFRLQARHIFLTYPKCDIPKNEALQMLQTLSWSVVKPTYIRVAREEHSDGFPHLHCLIQLSGKSNIKNKRFFDLTHPRRSTNFHPNIQAAKDANAVKNYITKDGDCCESGQFKVPGGTKKNKDDVYYNAINAPSLAEALAIIRAGDPRAFIVSYHNITANLERLFKKAPEQWVPPFPLSSFTNVPEQMQEWADDYFGMGPAARPVRPVSLIVEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNNRVYSNNVAYNVIDDVAPQYLKLKHWKELLGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGSSYKDFLDKAENASLKHWTLKNVIFITLDAPLYQEGTQASQEEGD |
|
NCBI Accession
|
NP_795341.1
|
|
Location
|
468-1238 |
|
Gene Name
|
bv1 |
|
Protein Name
|
BV1 protein |
|
Coding Region
|
ATGTACAGTTTAAAGAGTAGACGTGGATCGAATTACATTCAAGCACGTGGAAACTCACGGACCCCATTATTCAAACGACATTCCACTGGTAAGCGTTATGGAGGAAGACGACTACAGCCACTGAATGTGAAAAGAGAAGATGAACCCAGAATGTCGACCCAACGCATCCACGAGAATCAATATGGGTCGGAATTTACAATGGCCCACAACACAGCCATTTCGACCTATATCTCCTATCCTAATCTGGGCAAGACTGAACCCAATCGAACCAGGTCGTACATCAAGCTGAAACGATTGCGTTTCAAGGGCACGGTGAAGATCGAACGAGTTCCTACTGACGTGGCTATGGATGGTTCGATTCCCAACACGGAAGGGGTGTTCTCATTGGTCATAGTCGTTGACCGAAAACCTCATTTGACTGCATCTGGATGCCTACATACGTTTGACGAACTATTTGGTGCGATAATCCACAGCCATGGAACCCTGTCTATAGTTCCCGCGTTGAAGGATCGTTACTACATACGGCATGTAATTAAACGGGTACTGTCCGTCGAGAAAGATAACGTCATGGTGGATATTGAAGGATCCACTGCTCTGTCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCCAGTTTTAAAGATCTTGATTTGGATTCATGTAAGGGTGTTTATGACAACATAAACAAGAATGCCCTGTTAGTTTATTACTCATGGGTATCGGATACTGTGTCTAAAGCATCCACTTATGTATCGTATGACCTTGATTATATTGGATAA |
|
Protein Sequence
|
MYSLKSRRGSNYIQARGNSRTPLFKRHSTGKRYGGRRLQPLNVKREDEPRMSTQRIHENQYGSEFTMAHNTAISTYISYPNLGKTEPNRTRSYIKLKRLRFKGTVKIERVPTDVAMDGSIPNTEGVFSLVIVVDRKPHLTASGCLHTFDELFGAIIHSHGTLSIVPALKDRYYIRHVIKRVLSVEKDNVMVDIEGSTALSNRRFNCWASFKDLDLDSCKGVYDNINKNALLVYYSWVSDTVSKASTYVSYDLDYIG |
|
NCBI Accession
|
NP_795342.1
|
|
Location
|
1275-2156 |
|
Gene Name
|
bc1 |
|
Protein Name
|
BC1 protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCTCAATTAGCTAATCCCCCAAACGCATTTAATTATATAGAGTCTCAGAGGGATGAATATCAGCTTTCCCATGACCTAACTGAGATCGTTCTGCAGTTTCCGTCAACGGCGGCACAATTAACGGCGAGACTCAGTCGCAGTTGCATGAAGATCGATCATTGCGTTATCGAGTACAGGCAGCAGGTGCCAATTAACGCGACTGGTACAGTGATAGTGGAGATTCACGACAAGAGGATGACTGATAATGAATCATTACAATCGTCGTGGACTTTTCCGATCAGGTGTAACATAGATCTCCACTATTTTTCAGCTTCCTTCTTCTCTCTCAAAGACCCAATCCCTTGGAAACTCTATTACAGAGTTTCTGATACGAATGTTCAACAGCGTACCCACTTCGCAAAATTCAAAGGGAAGCTGAAATTATCGACCGCCAAACATTCCGTCGATATTCCGTTCAAGGCGCCAACGGTAAAGATCCTTTCCAAACAGTTCTCCGCTAAAGACGTTGATTTCTCACATGTAGACTATGGTAAATGGGAAAGGAAACTAATTAGGTCCGCATCCATGAACAGATTTGGGCTTCCAGGCCCAATAGAAATAAGGCCAGGGGAGTCGTGGGCGACCAGGAGTACCATAGGGCCCGTTAACGAAGATGCGGACTCACAGTCCAATAACGAACAGACACCTTACAGAGAGCTGCACAGGTTAGGGTCCACTGTACTGGATCCAGGTGACTCGGCATCAATAGTAGGGGCCCATAGGGCTGAGTCCAACATTACCATGTCTATGGCCCAATTAAACGAACTGGTTAGGACAACGGTCCAAGAATGTATCAAGAGTAGTTGTAATGGTCCTCAACCAAAAATATTTAAATAA |
|
Protein Sequence
|
MDSQLANPPNAFNYIESQRDEYQLSHDLTEIVLQFPSTAAQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGTVIVEIHDKRMTDNESLQSSWTFPIRCNIDLHYFSASFFSLKDPIPWKLYYRVSDTNVQQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFKAPTVKILSKQFSAKDVDFSHVDYGKWERKLIRSASMNRFGLPGPIEIRPGESWATRSTIGPVNEDADSQSNNEQTPYRELHRLGSTVLDPGDSASIVGAHRAESNITMSMAQLNELVRTTVQECIKSSCNGPQPKIFK |