Turnip curly top virus
Basic Information
| Genus |
Turncurtovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000887455.1 |
| Isolate |
Iran |
| Release date |
2015/2/22 |
| Submitter |
Briddon,R.W., Heydarnejad,J., Khosrowfar,F., Massumi,H., Martin,D.P., Varsani,A. |
| Host |
|
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCCAAAAAAAAATTTTTGGCGCGTGTTTTGATGGTGACAGGTGCGTAGTGGAGAAGCCGCGCCAAAGTGAAAGTAAAGACGATTAGTCTTGGTCGTGTGGTCCCAAAGGTAAAGTATTAAAGATTGGTTATTGAGTGCGATTACACGTGTATCTGTACTATTTGTCTCCGAAGCTAAGCTTCGGCTATATAATTAGCATCGGTATTAGGAAATGTGTATATTAAAAAATGATTTGGAGAATCGCAAAAGACGATAAACGGGTTAGGGCGTTTAGGTATAAAAAAAGAAGGTTTTACTCTTTATCGGAGTATTTATTGGCCCCTTTGGCTACACATTTACGACTCGCTCGTATTTTACCAGAGAAGTGTTGGTCCGTAGTTCCAGCTTATACCGACGAGGCGTATAGTTTTCTGTTTATGTTAAAAGAAGAAACGCGAACGCCGTTTCAAATATTGAAAGATGAGTGGAACGTGGAGTTTAAAGAGGCCGAGGTGGCACTCTCCAGGCTACGACTTAGCACCGAAGACACCGGTGAAGAGACCGGCGGTGAGGAGAGCCCTGTTCAACAATCAAGCCCAGTTCAGTCGAGTAGCTGCGAGACGTAGATGGTCGAAGTTTCCTGTTCGAGGTAATAAACCGTATAGGTATCGTAAGTTAAAAGCTAGTGATTATCAGATCTACAAGGATAAGATTGGTGGAGATAATGGGTGGACGGTGACATTTAGTGGGGACTGCACTATGTTGAATAATTACGTAAGAGGAATTGGTAGGGACCAGCGTGACTCGGTGATGACTAAGACCGCACATATGCATTTTAATGGGGTATTGATGGCCAATGATGCTTTCTGGGAAGCGCCTAATTATATGACGATGTATAGTTGGATTATTCTTGATAATGATCCTGGTGGTACATTTCCAAAGCCCTCTGACATATTTGATATGGAGTATAAAGAGTTTCCGTCCATGTATGAGGTCGCCGAGAGTGTTAAATCTCGGTTTATTGTTAAGAGAAAGACGGAGCATTATTTACGGTCTACCGGTGTTGCTTTTGGGGAGAAACAAAATTATAAGGCGCCTAATGTTGGTCCGGTTAAAAAGCCTATACGTATGAAGTTTCGTAATATATGGCAGCCTTCCGAGTGGAAGGATACGGCTGGAGGAAAATACGAGGATTTGAAGAAAGGGGCTTTGTTATACGTATGTATTTGTGATAACAAGGCTACTCAATTTTCGTTTAATTTGAAGGGACAGTGGACCATGTATTTCATAAATAGAGATTTAATGTATTAATAAAACTCTTCTTTCATTGCAACACGATACTCTTGATTTATTACAGACTCGACAAACTTAAAATCCTTAAATAAAACATGACTAATACCATTTATTACAAGGTTAAGGGATATAATCCCTAGATTATTAAGGTAGAAGAGTAATCTCTTCAAAAAAATCGTCGTAAATCGATGTCCAGTCAAACTCCGGTGACGACCCAATACCGTGAATTCGATCCAAGCCATGTGTAATCCCAGTTGTTTCCGTAGGTTGTAGTTGAATCGGAGTTGTAATCTGATGTTGAAGAACCCGTTCTCCTGGTGGTCCCATGATATTAGTTTGAGATGAAACGGGTTTGGTACTTGATGTATGTATGTTCCAATCGTTGATTGACGATGAGTTATGGGTTCCCCTGTGCGTAAATCCCTCACCACACTCATGATGTATTGTGAATTTGCACTTACACGGTAGGAGTACTGTCTTCGACTTCTTGATCACTCGTGATATTGAAGAGAGGTTCCTCGATTGTTGTGAAGACTGAATTTTGTAAACTCCAGGACTTAAGGGCTTCATTCTCTGGTTTGTCGAGGAAGTTTTGATATGAGGCTCCGTCTCCTGGGTTGCATAAAATGATCGAAGGGATTCCCCCTTTTATAATACGTGGCTTCCCGTATTTGAGGTTTGTCTGCCACTCCTTTTGCGCACCAATTAAATGCTTCCAGTGCTTCATCTTTAGATAATGGGGGTCCACGTCATCAATCACGTTGTAAGAAACGTCGTCGTTGTATACTTTAGTGGAGAAGTCGAGATGACCGGTTATGTAATTATGAGATCCAAGGGATCTTGCCCACAGGGTTTTACCTGTTCTTGAAGGACCTTCGATGATTATTGATTTAGGTCTGTCGATAGATGGAATTACCTTATATTTACTCGGCCCCGCAGGGGAATTGGACTCCTCCAGAAAAAAATTAGACTCTAACCAATCCAAAATATCATCTGTTAAGACGAATTGGGTATGGTTGTATTTGGGGACGTATCCTACAGGAGGAGGATTGAATATGGCCGCTAAGTTTGGTTTCAGGTTATGGAATTGAAAGATGTAATCTTTAGGGAGTTTCTCCCTAATGACAGCCAAAGCGGCTTCAGCGGTACCTGAGTTTAACGCCTCTGCACATGCATCATTAGCCGTCTGTTGACCTCCTCGTGCAGATCGTGCATCGATCTGAAATTCACCCCAGTCGATGTAATCTCCGTCCTTCTCGATATAGGACTTGACGTCGGAGCTCGATTTAGCTCCCTGAATATTTGGGTGGCAGATGCGACCGGAACCTCCATCTCGTAAATCGAAATGACGGGGGTTATAGAGCTGGATTTTTCCTTCGAATTGGATAAGCACATGGAGATGAGGTTCCCCATTATCGTGCCTTTCTCTACAAATTCGTATGAATTTCTTGGTTGAAGGACACTGTATAGTTTGTAGTTGCAGAAGAGCGTCTTCTTTAGTTAGATGGCAGTGAGGGTATGTTAGGAAAATGTTTTTAGCATGAATGCGATATTGCCTCGGAGTCCTTGGCATTTTCGGTATTTGTAGAAATGAATTGGGGTTACGCTCAAACTCTATTGTATCGGGGTTACTGGGGTTGTATATATAGTATGGATTGTAGAAGGCCTCTTGCTCACATTTGGGCCATCCGTTTAATATT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
YP_003778174.1
|
|
Location
|
237-614 |
|
Protein Name
|
V2 |
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Coding Region
|
ATGATTTGGAGAATCGCAAAAGACGATAAACGGGTTAGGGCGTTTAGGTATAAAAAAAGAAGGTTTTACTCTTTATCGGAGTATTTATTGGCCCCTTTGGCTACACATTTACGACTCGCTCGTATTTTACCAGAGAAGTGTTGGTCCGTAGTTCCAGCTTATACCGACGAGGCGTATAGTTTTCTGTTTATGTTAAAAGAAGAAACGCGAACGCCGTTTCAAATATTGAAAGATGAGTGGAACGTGGAGTTTAAAGAGGCCGAGGTGGCACTCTCCAGGCTACGACTTAGCACCGAAGACACCGGTGAAGAGACCGGCGGTGAGGAGAGCCCTGTTCAACAATCAAGCCCAGTTCAGTCGAGTAGCTGCGAGACGTAG |
|
Protein Sequence
|
MIWRIAKDDKRVRAFRYKKRRFYSLSEYLLAPLATHLRLARILPEKCWSVVPAYTDEAYSFLFMLKEETRTPFQILKDEWNVEFKEAEVALSRLRLSTEDTGEETGGEESPVQQSSPVQSSSCET |
|
NCBI Accession
|
YP_003778175.1
|
|
Location
|
469-1299 |
|
Protein Name
|
coat protein |
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Coding Region
|
ATGAGTGGAACGTGGAGTTTAAAGAGGCCGAGGTGGCACTCTCCAGGCTACGACTTAGCACCGAAGACACCGGTGAAGAGACCGGCGGTGAGGAGAGCCCTGTTCAACAATCAAGCCCAGTTCAGTCGAGTAGCTGCGAGACGTAGATGGTCGAAGTTTCCTGTTCGAGGTAATAAACCGTATAGGTATCGTAAGTTAAAAGCTAGTGATTATCAGATCTACAAGGATAAGATTGGTGGAGATAATGGGTGGACGGTGACATTTAGTGGGGACTGCACTATGTTGAATAATTACGTAAGAGGAATTGGTAGGGACCAGCGTGACTCGGTGATGACTAAGACCGCACATATGCATTTTAATGGGGTATTGATGGCCAATGATGCTTTCTGGGAAGCGCCTAATTATATGACGATGTATAGTTGGATTATTCTTGATAATGATCCTGGTGGTACATTTCCAAAGCCCTCTGACATATTTGATATGGAGTATAAAGAGTTTCCGTCCATGTATGAGGTCGCCGAGAGTGTTAAATCTCGGTTTATTGTTAAGAGAAAGACGGAGCATTATTTACGGTCTACCGGTGTTGCTTTTGGGGAGAAACAAAATTATAAGGCGCCTAATGTTGGTCCGGTTAAAAAGCCTATACGTATGAAGTTTCGTAATATATGGCAGCCTTCCGAGTGGAAGGATACGGCTGGAGGAAAATACGAGGATTTGAAGAAAGGGGCTTTGTTATACGTATGTATTTGTGATAACAAGGCTACTCAATTTTCGTTTAATTTGAAGGGACAGTGGACCATGTATTTCATAAATAGAGATTTAATGTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MSGTWSLKRPRWHSPGYDLAPKTPVKRPAVRRALFNNQAQFSRVAARRRWSKFPVRGNKPYRYRKLKASDYQIYKDKIGGDNGWTVTFSGDCTMLNNYVRGIGRDQRDSVMTKTAHMHFNGVLMANDAFWEAPNYMTMYSWIILDNDPGGTFPKPSDIFDMEYKEFPSMYEVAESVKSRFIVKRKTEHYLRSTGVAFGEKQNYKAPNVGPVKKPIRMKFRNIWQPSEWKDTAGGKYEDLKKGALLYVCICDNKATQFSFNLKGQWTMYFINRDLMY |
|
NCBI Accession
|
YP_003778176.1
|
|
Location
|
1296-1718 |
|
Protein Name
|
C3 |
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Coding Region
|
ATGAGTGTGGTGAGGGATTTACGCACAGGGGAACCCATAACTCATCGTCAATCAACGATTGGAACATACATACATCAAGTACCAAACCCGTTTCATCTCAAACTAATATCATGGGACCACCAGGAGAACGGGTTCTTCAACATCAGATTACAACTCCGATTCAACTACAACCTACGGAAACAACTGGGATTACACATGGCTTGGATCGAATTCACGGTATTGGGTCGTCACCGGAGTTTGACTGGACATCGATTTACGACGATTTTTTTGAAGAGATTACTCTTCTACCTTAATAATCTAGGGATTATATCCCTTAACCTTGTAATAAATGGTATTAGTCATGTTTTATTTAAGGATTTTAAGTTTGTCGAGTCTGTAATAAATCAAGAGTATCGTGTTGCAATGAAAGAAGAGTTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MSVVRDLRTGEPITHRQSTIGTYIHQVPNPFHLKLISWDHQENGFFNIRLQLRFNYNLRKQLGLHMAWIEFTVLGRHRSLTGHRFTTIFLKRLLFYLNNLGIISLNLVINGISHVLFKDFKFVESVINQEYRVAMKEEFY |
|
NCBI Accession
|
YP_003778177.1
|
|
Location
|
1426-1851 |
|
Protein Name
|
C2 |
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Coding Region
|
ATGAAGCCCTTAAGTCCTGGAGTTTACAAAATTCAGTCTTCACAACAATCGAGGAACCTCTCTTCAATATCACGAGTGATCAAGAAGTCGAAGACAGTACTCCTACCGTGTAAGTGCAAATTCACAATACATCATGAGTGTGGTGAGGGATTTACGCACAGGGGAACCCATAACTCATCGTCAATCAACGATTGGAACATACATACATCAAGTACCAAACCCGTTTCATCTCAAACTAATATCATGGGACCACCAGGAGAACGGGTTCTTCAACATCAGATTACAACTCCGATTCAACTACAACCTACGGAAACAACTGGGATTACACATGGCTTGGATCGAATTCACGGTATTGGGTCGTCACCGGAGTTTGACTGGACATCGATTTACGACGATTTTTTTGAAGAGATTACTCTTCTACCTTAA |
|
Protein Sequence
|
MKPLSPGVYKIQSSQQSRNLSSISRVIKKSKTVLLPCKCKFTIHHECGEGFTHRGTHNSSSINDWNIHTSSTKPVSSQTNIMGPPGERVLQHQITTPIQLQPTETTGITHGLDRIHGIGSSPEFDWTSIYDDFFEEITLLP |
|
NCBI Accession
|
YP_003778178.1
|
|
Location
|
1739-2854 |
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Protein Name
|
Rep |
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Coding Region
|
ATGCCAAGGACTCCGAGGCAATATCGCATTCATGCTAAAAACATTTTCCTAACATACCCTCACTGCCATCTAACTAAAGAAGACGCTCTTCTGCAACTACAAACTATACAGTGTCCTTCAACCAAGAAATTCATACGAATTTGTAGAGAAAGGCACGATAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATCCAATTCGAAGGAAAAATCCAGCTCTATAACCCCCGTCATTTCGATTTACGAGATGGAGGTTCCGGTCGCATCTGCCACCCAAATATTCAGGGAGCTAAATCGAGCTCCGACGTCAAGTCCTATATCGAGAAGGACGGAGATTACATCGACTGGGGTGAATTTCAGATCGATGCACGATCTGCACGAGGAGGTCAACAGACGGCTAATGATGCATGTGCAGAGGCGTTAAACTCAGGTACCGCTGAAGCCGCTTTGGCTGTCATTAGGGAGAAACTCCCTAAAGATTACATCTTTCAATTCCATAACCTGAAACCAAACTTAGCGGCCATATTCAATCCTCCTCCTGTAGGATACGTCCCCAAATACAACCATACCCAATTCGTCTTAACAGATGATATTTTGGATTGGTTAGAGTCTAATTTTTTTCTGGAGGAGTCCAATTCCCCTGCGGGGCCGAGTAAATATAAGGTAATTCCATCTATCGACAGACCTAAATCAATAATCATCGAAGGTCCTTCAAGAACAGGTAAAACCCTGTGGGCAAGATCCCTTGGATCTCATAATTACATAACCGGTCATCTCGACTTCTCCACTAAAGTATACAACGACGACGTTTCTTACAACGTGATTGATGACGTGGACCCCCATTATCTAAAGATGAAGCACTGGAAGCATTTAATTGGTGCGCAAAAGGAGTGGCAGACAAACCTCAAATACGGGAAGCCACGTATTATAAAAGGGGGAATCCCTTCGATCATTTTATGCAACCCAGGAGACGGAGCCTCATATCAAAACTTCCTCGACAAACCAGAGAATGAAGCCCTTAAGTCCTGGAGTTTACAAAATTCAGTCTTCACAACAATCGAGGAACCTCTCTTCAATATCACGAGTGATCAAGAAGTCGAAGACAGTACTCCTACCGTGTAA |
|
Protein Sequence
|
MPRTPRQYRIHAKNIFLTYPHCHLTKEDALLQLQTIQCPSTKKFIRICRERHDNGEPHLHVLIQFEGKIQLYNPRHFDLRDGGSGRICHPNIQGAKSSSDVKSYIEKDGDYIDWGEFQIDARSARGGQQTANDACAEALNSGTAEAALAVIREKLPKDYIFQFHNLKPNLAAIFNPPPVGYVPKYNHTQFVLTDDILDWLESNFFLEESNSPAGPSKYKVIPSIDRPKSIIIEGPSRTGKTLWARSLGSHNYITGHLDFSTKVYNDDVSYNVIDDVDPHYLKMKHWKHLIGAQKEWQTNLKYGKPRIIKGGIPSIILCNPGDGASYQNFLDKPENEALKSWSLQNSVFTTIEEPLFNITSDQEVEDSTPTV |
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NCBI Accession
|
YP_003778179.1
|
|
Location
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2437-2694 |
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Protein Name
|
C4 |
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Coding Region
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ATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATCCAATTCGAAGGAAAAATCCAGCTCTATAACCCCCGTCATTTCGATTTACGAGATGGAGGTTCCGGTCGCATCTGCCACCCAAATATTCAGGGAGCTAAATCGAGCTCCGACGTCAAGTCCTATATCGAGAAGGACGGAGATTACATCGACTGGGGTGAATTTCAGATCGATGCACGATCTGCACGAGGAGGTCAACAGACGGCTAATGATGCATGTGCAGAGGCGTTAA |
|
Protein Sequence
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MGNLISMCLSNSKEKSSSITPVISIYEMEVPVASATQIFRELNRAPTSSPISRRTEITSTGVNFRSMHDLHEEVNRRLMMHVQRR |