Tomato yellow spot virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000865405.1
Isolate Brazil
Release date 2015/2/13
Submitter Fernandes,J.J., Carvalho,M.G., Andrade,E.C., Brommonschenkel,S.H., Fontes,E.P.B., Zerbini,F.M., Calegario,R.F., Ferreira,S.S.
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Genomic Organization


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Genome

NC_007726
ACCGGATGGCCGCCCGATTTTTGCCCTGCCCTACGTGGCGCACTGGTGGCCGCTCGATTCCTCTCACTCGCTCTCGGGGAGTTTCTCCTTGATGGTCCCCTCATGCTTGATTTTCTCCTTTAATTCAAATTAAAGGATTTAACTGTTGTCCGACCAATCATAGTGCGCCTGAGGAGCTTAGATATCTGTGTTAATACGTGGTCCCTAAGTTTTATTGTCTCTATAAAACTAAAGCAAGACTGAAGTCATTCTTTAATTCGAAATGCCTAAGCGGGGTCCCTCATGGCGCCCAATGGTGGGGACCTCAAAGGTAAGCCGCACTTCTAATTTCTCTCCTCGTGGAGGTATAGGCCCAAAATTCAACAAGGCCTCTGAATGGGTTAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATATATCGTACGCTCAGAACGCCCGATGTTCCCAGAGGCTGTGAAGGGCCCTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAACGTCACGATATCTCCCATGTTGGGAAGGTTATGTGTATATCCGATATTACGCGCGGCAACGGTATTACTCACCGGGTCGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCCGTGTATATTTTAGGCAAGGTATGGATGGACGAGAATATCAAGCTCAAGAACCACACGAACAGTTGCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGAAGACCCTATGGAACGCCAATGGATTTTGGCCAGGTGTTCAACATGTTTGACAACGAGCCCAGTACTGCAACCGTGAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTCCAGGTCATGCACAAGTTCTATGCCAAGGTCACTGGTGGACAGTATGCCAGCAATGAGCAGGCGCTAGTCAAGCGGTTCTGGAAGGTCAACAACCATGTGGTCTACAATCACCAGGAGGCTGGCAAGTACGAGAACCACACGGAGAACGCATTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCATCTAACCCTGTGTATGCAACGCTGAAGATTCGAATCTATTTCTATGATTCAATCACAAATTAATAAATTTTGAATTTTATTGAATGATTTTCCAGTACATGATTTACATATGATCTGTCAGTCGCAAAACGAACAGCTCTAATTACATTGTTTATCGTAATAATGCCTAATCGGTCTAAATACAACATGACTAAGTGTCTAAACCTATGCAAATAAGTCGTTCCAGAAGCTGTCAGAGATGTCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGAATGCCTGGTGGAGATCCAACGCTCTCCTGAGGTTGTGGTTGAACCGTATCTGGATGTGGTACACTTTGGTCGTTGTGTACATTATTTCTTCTACTAGGTAGATCTTGAAATACAGGGGATTTGATATCTCCCAGATATAAACGCCATTCTCTGCCTGAGGCACAGTGATGAGTTCCCCGGTGCGTGAATCCATGGTTGCTGCAGCTGATGTGGACGTATATAGTGCATCCACACTCTAGATCTATCCTTCTACGGCGAGTTCCTCTTCTCTTCGCCGCCCTGTGTTGTGGTTTGATAGAGGGGGGAGTCGATGAAGATGAATTTAGCATTGTGAAGTGTCCACGATTTTAAAGCTGCATTCTCTTCTTTGTCGAGGAAATCTTTATAACTGACTCCCTCACCAGGATTGCAGAGCACGATTGCTGGGATGCCAACTGTAATTTGAACTGGCTTTCCGTATTTGCAATTTGACTGCCAGTCTTTTTGAGCACCAATCAATTCCTTCCAGTGCTTTAACTTTAGATAATGCGGTGCGACGTCATCAATGACGTTATACTCCACTTCGTTCGAGAAAACCTTTGAGTTGAAGTCCAGATGGCCACTCAAGTAATTATGTGGGCCTAATGCACGAGCCCACATCGTCTTCCCTGTCCTTGAATCACCTTCGACTATCAAACTCTTAGGTCTCAATGGCCGCGCAGCTGAACCTCTCCCAAAATATTCATCGGCCCACTCTTGCATCTCGTCGGGAACGTTAGTGAAGGAGGAGAGGGGAAACGGAGGAACCCATGGCTCCGGAGCCTTTGAGAAAATTCTATCTAAATTAGAATTTAAATTATGAAATTGAAAAAGATATTTCTCCGGCAACTTCTCTTTAATTATTTGAAGAGCCGTTCGTTTATCCGGAGCATTTAACGCCTCAGCTGCAGCGTCATTAGCCGTATGCTGACCTCCTCTAGCACTTCGTCCGTCGACCTGGAATTTCCCCCATTCGAGAGTATCTCCGTCTTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCGGACGATGATTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACCTTGTTTGGGATACCAGGTCGAAGAGTCTTTGATTTGTGCAGACGAACTTCCCTTCGAACTGGATAAGCACGTGGAGATGAGGTTCCCCATCTTCGTGAAGCTCTCTGCAGATTTTAATGAATTTCTTATTTGTTGGAGTATTTATGGTTTGTAATTGGGAAAGTGTCTCTTCTTTAGAGAGAGAACAACGAGGATATGTGAGGAAGTAGTTTTTTGAAGAAATACGAAATCTTTTAGGAGCTGATGGCATTTTTGTAATACTGGGGTTGTCACCAATTGAGCTCTCTCTCAAAAGTCCTTATGAATTGGTGACATTGGTGTACAATATATACTAGAAGTTCTTAAGGGTCCTATAGCGGCCATCCGTATAATATT

NC_007727
ACCGGATGGCCGCCCGATTTTTGCCTCCATTGACGTGGCGATCTGGTTGCCGCTCGATCCCCCCTTACTCGCTCTCGGGGAGTTTCTCCTCCTGCTCACGTGGTCCCCTCACACTCGAATATAATTTAGCGCTTTTTTGAAATCCGCGAAATGAGTTAAGCGCATTTTTTGAGATCCGTAGACTGGTCAACTATTCTTGACGCTTTAATTTAAATTAAAGCCGTTTTATCCTTGGTGGTCCAATCATTTCGCTCGCTGGGTGTATCTTATCTATTTCGCCAGATTGATTCTAGACCATTTGATATTACACCTAGTAATACGGTGGACGTTGGTACGGATCCGTTTATTTTGTGGTGCGAAATAGTGTATGACCCACAGTACGAGTAATATGANGTGTACCAATAGTGTGACCTCGTGATGGCAGCTTAAGTCAGGAAATGTATATTTAAACTCTGTCGTGCTGTGTTTGGAATACACGTCTTTTCGCGTTTATTAATATGTATCAAGCCAAGTATAGACGTGGGTTATCTACAAATTATCGTCGTAATTACACGCGAAATGCCGTTCTCAAGCGTTCTTATGGCGTAAAGTTTAGCAATGTGAGACGACGTCCAAGTAATCATAACAGGGCCCATGAAGATGTTAAGATGGCAGCCCAGCGTATACATGAGAACCAGTTTGGGCCTGAGTTTGTTATGGGCCATAATTCAGCCATTTCAACGTTTATCACCTTTCCTAGCCTCGGTAAGATCGAACCTAATCGAACCAGGTCCTATGTCAAGCTAAAACGACTCCGATTTAAGGGCACTGTGAAGATTGAACGTGTTCAAAACGATGTCATCATGGATGGTTCAGCCCCGAAGATTGAAGGAGTCTTTTCACTAGTGGTCGTGGTGGATCGTAAACCCCACTTGGGATCATCTGGGTGTTTGTATACGTTTGACGAGTTATTCGGTGCCAGGATCAACAGTCATGGCAATCTAGCCATAACATCCTCACTGAAAGACCGGTTTTATATTCGACACGTGTTCAAACGTGTATTGTCTGTGGAGAAGGATACGTTAATGGTTGATCTTGAAGGGACTACATCTCTCTCTAACAGGCGTTTTAATTGTTGGTCTACGTTTAAGGATATAGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTATGCAAACATAAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTATTACTGCTGGATGTCGGACTCGTCGTCCAAGGCATCGACATTTGTATCGTATGATCTTGATTATATTGGTTAAACAGAAAATAAATATGTGAACGCTATTAATTGAACTCGATTAATAACTTGTGTTGATTACACAACCCTCTCTTAACTCAATGATTTGGSCTCTGGGGGAATACAATTTGTTTTTATACACTCTTGGACCGCATTCCTCACTAGGTCGTTTATTTGGGCCTCTGACATGGTTATATGCGATTGGGCCCTTCTCGCAGCAACTATTGAGGCCGAGTCGCCTGGGTCTAACATGGTGGTTCCCAATCTGTGTAGTCCTCGATATGGGTGTGCTGCGTTCTCCACCTCTGATTCCGTACTCGATTGACCGATCCCCAGCGTACTGCGCGAAGCCCATGTCTCGCCTGGATCAATTGTTATTGGGCTTGGTAGCCCATACTTGACAGTTGAAGCGGATCTGATCAATTTCCTTTCCCATTTCCCGTAGCCCACGTGGCTGAAATCTACATCTCTATCCGTGAACTGTTTAGATAAGATCTTGACCGTCGGTGCTCGGAAAGCAATATCCACCGAATGTTTAGCCGTCGACAGTTTCAACTTCCCCTTGAATTTCGCGAAGTGGATGCTCTGGTGAACATTCGTGTCGCTCACTCTGTAGTACAATTTCCACGGTATTGGGTCTTTGAGGGAGAAGAATGAACAGGAGAAATAGTGGAGATCTATGTTGCATCTGATCGGGAATGTCCATGACGCCTGTAACGATTCATTGTCCGTCATTCTCTTGTCGTGAATCTCCACGATAACGGAACCTGCGGCGTTTATGGGTACCTGTTGCCGGTATTCTATGACGCAGTGGTCTATCTTCATACAGCTACGGCTGAGTCTGGCGCTTATATGAGCCGCTGCAGAAGGAAACTGCAGAACGATCTCAGTTAGATCATGCGAAAGCTTATATTCATCACGCTGAGATTCTATATAATTAAAGGCATTTGGTGGATTAACTAACTGAGAATCCATTTCAACTATTAATATAATAAAAATAGGCTGCGCAGCTGAATGTTTCAAGTGAATTGAAGAAGGTGAAGTGAATAAGGCGAAAGCTCAATAGATTGGCGCCGGTTAAACGGAGACGATAAATGTGTTAGGGTTTCAGACGTAGTCTGGATGAATTTAGAAGAGGATGAATATTAGATATGAGGCGATGGAAGCTGTGTCTAACCCAATTGTTAAGTGTTTATTTATAGAGACATTGGCTGGATTGCATTTTTGTAAATAAAGGGGAGTACTCTGGATGGCATATTTGTAATTCAGGGGTTGTCACCAATTGAGCTCTCTCAAAAGTCCTTATGAATTGGTGGACATTGGTGTACAATATATACTAGAAGTTCTTAAGGGTCCTATAGCGGCCATCCGTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_459913.1
Location 263-1018
Gene Name CP
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCCTAAGCGGGGTCCCTCATGGCGCCCAATGGTGGGGACCTCAAAGGTAAGCCGCACTTCTAATTTCTCTCCTCGTGGAGGTATAGGCCCAAAATTCAACAAGGCCTCTGAATGGGTTAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATATATCGTACGCTCAGAACGCCCGATGTTCCCAGAGGCTGTGAAGGGCCCTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAACGTCACGATATCTCCCATGTTGGGAAGGTTATGTGTATATCCGATATTACGCGCGGCAACGGTATTACTCACCGGGTCGGTAAGCGTTTCTGTGTTAAGTCCGTGTATATTTTAGGCAAGGTATGGATGGACGAGAATATCAAGCTCAAGAACCACACGAACAGTTGCATGTTCTGGTTGGTCAGAGACCGAAGACCCTATGGAACGCCAATGGATTTTGGCCAGGTGTTCAACATGTTTGACAACGAGCCCAGTACTGCAACCGTGAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTCCAGGTCATGCACAAGTTCTATGCCAAGGTCACTGGTGGACAGTATGCCAGCAATGAGCAGGCGCTAGTCAAGCGGTTCTGGAAGGTCAACAACCATGTGGTCTACAATCACCAGGAGGCTGGCAAGTACGAGAACCACACGGAGAACGCATTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCATCTAACCCTGTGTATGCAACGCTGAAGATTCGAATCTATTTCTATGATTCAATCACAAATTAA
Protein Sequence MPKRGPSWRPMVGTSKVSRTSNFSPRGGIGPKFNKASEWVNRPMYRKPRIYRTLRTPDVPRGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDITRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKVWMDENIKLKNHTNSCMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession YP_459914.1
Location 1015-1413
Gene Name Ren
Protein Name replication enhancer protein
Coding Region ATGGATTCACGCACCGGGGAACTCATCACTGTGCCTCAGGCAGAGAATGGCGTTTATATCTGGGAGATATCAAATCCCCTGTATTTCAAGATCTACCTAGTAGAAGAAATAATGTACACAACGACCAAAGTGTACCACATCCAGATACGGTTCAACCACAACCTCAGGAGAGCGTTGGATCTCCACCAGGCATTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCTCTGACAGCTTCTGGAACGACTTATTTGCATAGGTTTAGACACTTAGTCATGTTGTATTTAGACCGATTAGGCATTATTACGATAAACAATGTAATTAGAGCTGTTCGTTTTGCGACTGACAGATCATATGTAAATCATGTACTGGAAAATCATTCAATAAAATTCAAAATTTATTAA
Protein Sequence MDSRTGELITVPQAENGVYIWEISNPLYFKIYLVEEIMYTTTKVYHIQIRFNHNLRRALDLHQAFLNFQVWTTSLTASGTTYLHRFRHLVMLYLDRLGIITINNVIRAVRFATDRSYVNHVLENHSIKFKIY

NCBI Accession YP_459915.1
Location 1160-1549
Gene Name Trap
Protein Name trans-activating protein
Coding Region ATGCTAAATTCATCTTCATCGACTCCCCCCTCTATCAAACCACAACACAGGGCGGCGAAGAGAAGAGGAACTCGCCGTAGAAGGATAGATCTAGAGTGTGGATGCACTATATACGTCCACATCAGCTGCAGCAACCATGGATTCACGCACCGGGGAACTCATCACTGTGCCTCAGGCAGAGAATGGCGTTTATATCTGGGAGATATCAAATCCCCTGTATTTCAAGATCTACCTAGTAGAAGAAATAATGTACACAACGACCAAAGTGTACCACATCCAGATACGGTTCAACCACAACCTCAGGAGAGCGTTGGATCTCCACCAGGCATTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACGACATCTCTGACAGCTTCTGGAACGACTTATTTGCATAG
Protein Sequence MLNSSSSTPPSIKPQHRAAKRRGTRRRRIDLECGCTIYVHISCSNHGFTHRGTHHCASGREWRLYLGDIKSPVFQDLPSRRNNVHNDQSVPHPDTVQPQPQESVGSPPGIPELPSLDDISDSFWNDLFA

NCBI Accession YP_459916.1
Location 1470-2549
Gene Name Rep
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCATCAGCTCCTAAAAGATTTCGTATTTCTTCAAAAAACTACTTCCTCACATATCCTCGTTGTTCTCTCTCTAAAGAAGAGACACTTTCCCAATTACAAACCATAAATACTCCAACAAATAAGAAATTCATTAAAATCTGCAGAGAGCTTCACGAAGATGGGGAACCTCATCTCCACGTGCTTATCCAGTTCGAAGGGAAGTTCGTCTGCACAAATCAAAGACTCTTCGACCTGGTATCCCAAACAAGGTCAGCACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCATCGTCCGACGTCAAGTCCTACATCGACAAAGACGGAGATACTCTCGAATGGGGGAAATTCCAGGTCGACGGACGAAGTGCTAGAGGAGGTCAGCATACGGCTAATGACGCTGCAGCTGAGGCGTTAAATGCTCCGGATAAACGAACGGCTCTTCAAATAATTAAAGAGAAGTTGCCGGAGAAATATCTTTTTCAATTTCATAATTTAAATTCTAATTTAGATAGAATTTTCTCAAAGGCTCCGGAGCCATGGGTTCCTCCGTTTCCCCTCTCCTCCTTCACTAACGTTCCCGACGAGATGCAAGAGTGGGCCGATGAATATTTTGGGAGAGGTTCAGCTGCGCGGCCATTGAGACCTAAGAGTTTGATAGTCGAAGGTGATTCAAGGACAGGGAAGACGATGTGGGCTCGTGCATTAGGCCCACATAATTACTTGAGTGGCCATCTGGACTTCAACTCAAAGGTTTTCTCGAACGAAGTGGAGTATAACGTCATTGATGACGTCGCACCGCATTATCTAAAGTTAAAGCACTGGAAGGAATTGATTGGTGCTCAAAAAGACTGGCAGTCAAATTGCAAATACGGAAAGCCAGTTCAAATTACAGTTGGCATCCCAGCAATCGTGCTCTGCAATCCTGGTGAGGGAGTCAGTTATAAAGATTTCCTCGACAAAGAAGAGAATGCAGCTTTAAAATCGTGGACACTTCACAATGCTAAATTCATCTTCATCGACTCCCCCCTCTATCAAACCACAACACAGGGCGGCGAAGAGAAGAGGAACTCGCCGTAG
Protein Sequence MPSAPKRFRISSKNYFLTYPRCSLSKEETLSQLQTINTPTNKKFIKICRELHEDGEPHLHVLIQFEGKFVCTNQRLFDLVSQTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTLEWGKFQVDGRSARGGQHTANDAAAEALNAPDKRTALQIIKEKLPEKYLFQFHNLNSNLDRIFSKAPEPWVPPFPLSSFTNVPDEMQEWADEYFGRGSAARPLRPKSLIVEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNSKVFSNEVEYNVIDDVAPHYLKLKHWKELIGAQKDWQSNCKYGKPVQITVGIPAIVLCNPGEGVSYKDFLDKEENAALKSWTLHNAKFIFIDSPLYQTTTQGGEEKRNSP

NCBI Accession YP_459917.1
Location 498-1268
Gene Name NSP
Protein Name nuclear shuttle protein
Coding Region ATGTATCAAGCCAAGTATAGACGTGGGTTATCTACAAATTATCGTCGTAATTACACGCGAAATGCCGTTCTCAAGCGTTCTTATGGCGTAAAGTTTAGCAATGTGAGACGACGTCCAAGTAATCATAACAGGGCCCATGAAGATGTTAAGATGGCAGCCCAGCGTATACATGAGAACCAGTTTGGGCCTGAGTTTGTTATGGGCCATAATTCAGCCATTTCAACGTTTATCACCTTTCCTAGCCTCGGTAAGATCGAACCTAATCGAACCAGGTCCTATGTCAAGCTAAAACGACTCCGATTTAAGGGCACTGTGAAGATTGAACGTGTTCAAAACGATGTCATCATGGATGGTTCAGCCCCGAAGATTGAAGGAGTCTTTTCACTAGTGGTCGTGGTGGATCGTAAACCCCACTTGGGATCATCTGGGTGTTTGTATACGTTTGACGAGTTATTCGGTGCCAGGATCAACAGTCATGGCAATCTAGCCATAACATCCTCACTGAAAGACCGGTTTTATATTCGACACGTGTTCAAACGTGTATTGTCTGTGGAGAAGGATACGTTAATGGTTGATCTTGAAGGGACTACATCTCTCTCTAACAGGCGTTTTAATTGTTGGTCTACGTTTAAGGATATAGACCGTGATTCATGTAACGGTGTTTATGCAAACATAAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTATTACTGCTGGATGTCGGACTCGTCGTCCAAGGCATCGACATTTGTATCGTATGATCTTGATTATATTGGTTAA
Protein Sequence MYQAKYRRGLSTNYRRNYTRNAVLKRSYGVKFSNVRRRPSNHNRAHEDVKMAAQRIHENQFGPEFVMGHNSAISTFITFPSLGKIEPNRTRSYVKLKRLRFKGTVKIERVQNDVIMDGSAPKIEGVFSLVVVVDRKPHLGSSGCLYTFDELFGARINSHGNLAITSSLKDRFYIRHVFKRVLSVEKDTLMVDLEGTTSLSNRRFNCWSTFKDIDRDSCNGVYANISKNALLVYYCWMSDSSSKASTFVSYDLDYIG

NCBI Accession YP_459918.1
Location 1340-2221
Gene Name MP
Protein Name movement protein
Coding Region ATGGATTCTCAGTTAGTTAATCCACCAAATGCCTTTAATTATATAGAATCTCAGCGTGATGAATATAAGCTTTCGCATGATCTAACTGAGATCGTTCTGCAGTTTCCTTCTGCAGCGGCTCATATAAGCGCCAGACTCAGCCGTAGCTGTATGAAGATAGACCACTGCGTCATAGAATACCGGCAACAGGTACCCATAAACGCCGCAGGTTCCGTTATCGTGGAGATTCACGACAAGAGAATGACGGACAATGAATCGTTACAGGCGTCATGGACATTCCCGATCAGATGCAACATAGATCTCCACTATTTCTCCTGTTCATTCTTCTCCCTCAAAGACCCAATACCGTGGAAATTGTACTACAGAGTGAGCGACACGAATGTTCACCAGAGCATCCACTTCGCGAAATTCAAGGGGAAGTTGAAACTGTCGACGGCTAAACATTCGGTGGATATTGCTTTCCGAGCACCGACGGTCAAGATCTTATCTAAACAGTTCACGGATAGAGATGTAGATTTCAGCCACGTGGGCTACGGGAAATGGGAAAGGAAATTGATCAGATCCGCTTCAACTGTCAAGTATGGGCTACCAAGCCCAATAACAATTGATCCAGGCGAGACATGGGCTTCGCGCAGTACGCTGGGGATCGGTCAATCGAGTACGGAATCAGAGGTGGAGAACGCAGCACACCCATATCGAGGACTACACAGATTGGGAACCACCATGTTAGACCCAGGCGACTCGGCCTCAATAGTTGCTGCGAGAAGGGCCCAATCGCATATAACCATGTCAGAGGCCCAAATAAACGACCTAGTGAGGAATGCGGTCCAAGAGTGTATAAAAACAAATTGTATTCCCCCAGAGSCCAAATCATTGAGTTAA
Protein Sequence MDSQLVNPPNAFNYIESQRDEYKLSHDLTEIVLQFPSAAAHISARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINAAGSVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSCSFFSLKDPIPWKLYYRVSDTNVHQSIHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIAFRAPTVKILSKQFTDRDVDFSHVGYGKWERKLIRSASTVKYGLPSPITIDPGETWASRSTLGIGQSSTESEVENAAHPYRGLHRLGTTMLDPGDSASIVAARRAQSHITMSEAQINDLVRNAVQECIKTNCIPPEXKSLS