Tomato golden mosaic virus
Basic Information
| Genus |
Begomovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000839565.1 |
| Release date |
2015/2/12 |
| Submitter |
Hamilton,W.D., Stein,V.E., Coutts,R.H., Buck,K.W., Jeffrey,J.L., Pooma,W., Petty,I.T. |
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
GATGCGATGGCATTTTTGTAATTAAGAGGCTTACTACCAATTGAGGAGGGGCTCCAAAAGTTATATGAATTGGTAGTAAGGTAGCTCTTATATATTAGAAGTTCCTAAGGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTTAATATTACCGGATGGCCGCGCGATCGTCACCCGACCCGCTTCCGCAAATTACGCCGCATTGTCGTCTAAGTGGTCCCGCATATGTGAAGGGCCAATCATATTTGGCCCTGAAATCTAAGATATTTTTAAAGACTTGTGGTTAAGTTGTTAAAGTTATATAAAACGACATGCGTTTCGTGGATCTTTAATTCAAAATGCCTAAGCGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAATTATTCTCCTCGAGGAAGTTTGCCTAAGCGTGATGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGATCACTAAGAGGCCCCGATGTTCCTAAAGGATGTGAAGGGCCTTGTAAAGTCCAGTCATACGAGCAGCGTCATGATATTTCCCTAGTTGGGAAGGTCATGTGTATATCTGATGTGACACGTGGTAACGGTATTACCCACCGTGTTGGTAAGCGTTTCTGCGTTAAGTCTGTATATATCTTGGGCAAGATATGGATGGATGAGAACATCAAGTTGAAGAATCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTTAGGGATCGGAGACCTTATGGCACTCCTATGGATTTCGGACAAGTGTTCAACATGTTCGATAATGAGCCAAGTACTGCAACGGTAAAGAACGACCTACGGGATCGTTTCCAAGTGATCCACAGGTTTCACGCCAAGGTTACTGGTGGTCAATATGCCAGCAACGAGCAGGCTCTGGTTAGGAGATTCTGGAAGGTCAATAACAATGTCGTCTACAACCACCAGGAGGCAGGGAAATATGAGAATCATACTGAGAACGCCCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCGACGTTGAAAATTCGAATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAATTTATATTTTATTGAATGATTTTCGAGTACATGCGTTATATATGATCTGTCTGTTGCGAAACGAACAGCTCTAATAACATTGTTAATACATATAACGCCTAACTGTTCAAGGTACAACATCACTAAGTATTTAAATCTATTTAAATAAGTTCTCCCAGAAGCTGTCGTCGATGTCGTCCATACTTGGAAGTTGAGAAATGCCTTGTGGAGATCCAATGCTCTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCTGATTTGTAAGTGGTATATCCTGGTGTTGGTGTAGAGGGGATCCTCTACGCTGATTATCTTGAAATAGAGGGGATTTGTTATCTCCCAGATATAGACGCCATTCTCTGCTTGAGGCACAGTGATAGGTTCCCCTGTGCGTGAATCCATTGTTTCTGCAGTCGATGTGAATGTATATGGAACAGCCACAGTTCAGGTCAATTCGTCGCCTTCTAATAGCTCTTCGTTTAGCTGCTCTGTGTTGAGCTTTGATAGAGGGGGGAGTTGAGGAAGACGAATTTCGCATTATGGAAAGTCCAGTTCTTTAGTGGAGTGTTTTCCTCTTTGTCGAGGAAAACTTTATAGCTAGCACCCTCTCCAGGATTGCACAGCACGATTGACGGGATACCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCGTATTTACAGTTAGTCTGCCAATCTCTTTGGGCCCCAATGAGTTCTTTCCAATGTTTCAACTTTAGATATTGCGGTGTGACATCATCGATGACGTTATACTCAACCTTGTTTGAGTAAACCCTAGAATTGAGATCCAAATGCCCGCTCAAATAATTATGTGGGCCTAGTGAACGAGCCCACATAGTCTTTCCCGTCCGACTATCGCCCTCGATGATAATACTAATAGGTCTCTCCGGCCGCGCAGCGGAACTCTTTCCAAAATAATTTTCAGCCCATTGTCTCATCTCGTCTGGCACGTTAGTAAATGATGAGACGTGGAACGGAGGAAGCCATGGTTCAGGAGTCTTATCAAATATCCTATCTAAATTGCTATTTAGATTGTGGAACTGAAATAAATATTTTTCTGGGATTTTCTCTCTAATTATCTGCAGGGCTTCTTCTTTGGAAGAAGCATTTAACGCCTCTGCTGCAGCGTCGTTAGATGTTTGGCAACCTCCTCTAGCACTTCGACCGTCGACCTGGAATTCTCCCCATACAAGAGTATCTCCGTCTTTGTCGATGTACGTCTTGACGTCGGAAGACGATTTAGCTCTCTGAATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTTGTTGGGGATACCAGGTCGAAGAATCGTTGATTTTGGCAGCAGTATTTTCCCTCGAACTGAATAAGCACGTGGAGGTGAGGTTGCCCATCTTCATGAAGCTCTCTGCAGATTTTTATGAATTTTTTGTTAATCGGAGTGTTTAGGGCTTGTAATTGAGAAAGTGATTCTTCTTTGGACAAGGAGCACTGAGGATATGTAAGAAAATAATTTTTGGCATTTATTTGAAACCGTTTTG
GAGGTGATGGCATTTTGGTAATTAGAAGGGTTACTACCATTTGGTTTGGGGCTACAAAAGTTATATGAATTGGTAGTAAGGTAGCTCTTATATATTAGAAGTTCCTAAGGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTTTAATATTACCGGATGGCCGCGCGATCGTCCTCCCGACCCGTGTCCGTGAATTGCGCCGCATTGTCGGCCACTTGGTGTGGTCCCCTTGTGTTAACCAATCATATTTAAGCTGCAGAGTCTTGTTATTTCTGCACTCATTAACTGGTCCCTTTAATTTGAAATATCTTTAGATATTGCGGTGTGACGTCATCGATGACAGTATATCCAACTTTGTTTCTTTTGACGTGGACCAGTTACATTATGGCGTGGAAGCCAATTAAGCAATATATGCAAGAGGAATTTTATATATAAATTCCATATTTAATTGAACAGGATATTATAAGTTAATATGTACTCAACAAAATATCGACGAGGATTTTTAGCTAATCAAGGACGGGGTTATCCTCGTCATTCAACTGGGAAACGTTCACGTAATGTTAGCCGCATAGATTTTAAACGTCGATCAAGTAAGTATGTTCATGGCAATGATGATAGCAAAATGGCAAACCAGCGTATACATGAGAACCAGTTTGGTCCAGAATTCGTTATGGTCCATAATACAGCCATATCTACGTTTATTACATTCCCCAGTCTTGGCAAGACTGAACCAAGCCGTTCAAGGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTACGTTTCAAAGGTACTGTCAAGATTGAACGTGTGCACGTTGATCTTAGCATGGATGGGCCTTCTCCAAAGATTGAAGGCGTATTTTCTCTTGTTGTTGTAGTTGATCGGCAACCACATCTCAGTCCAACTGGATGTCTCCATACATTTGATGAGCTATTTGGCGCCAGGATCCATAGTCATGGAAATTTAGCTGTAAGTTCTGCGTTGAAGGACCGTTTTTACATACGGCATGTGTTTAAACGAGTGATATCCGTTGAGAAGGATTCTACGATGATTGACCTCGAAGGAATGACATCTTTTACTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGTCAGCATTTAAGGATTTTGATCGACAAGCATGTAATGGAGTTTATGGCAACATAAGCAAGAACGCCATATTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGATATTGTGTCAAAGGCATCGACATTTGTATCATTTGACCTTGATTATGTCGGATGAATAATAATAATTATTCTAGCAATAATGTCATACTTAAGCCAACTTGAAACAAGCAATAACATGTAATATCATCACATATAATAATAAATGGATATTTATTGCAACGTTTTGGGCTTTGACGGAGTACAATTTGTGTTAATGCACTCTTGGACTGTCGCCCTTATAATTTCGTTTAACTGGACCAACGACATTGTGATATTGGACTGAGTCCTCTCTGCCCCAATTATTGATGCAGACTCTCCTGGGTCTAAGATGGTGGTTCCCAACCTATTAAGTGCTTATACGATGCATTGCATCCCCCTGATCAGATCCCGCATATGATGGTGGGCCCTATAGTACTCCTTGAGGCCCAAGATTCTCCGAGGCCTTAATTCTATTGGGCCTGTTAGATGTGGAGGCGGATCTGTCATTTTTCTATCCCATTTCCCATATCCCACGTGGCTGAATCGACATCTTTATCTGTAAATTGTTTGGACAATATTTTGACAGTGGGTGCCCGGAAAGGGATATCAACGGAGTGTTTAGCTGTCGATAATTTCAGCTTCCCTTTGAATTTCGCAAAATGAGTCCTCTGGTGAACATTAGAGTCGCAAACTTTGTAATATAGTTTCCATGGGATTGGGTCTTTGAGCGAGAAGAACGACGATGAGAAATAGTGGAGATCTATATTGCATCTCACCGGAAAAGTCCATGACGCTTGTAAGGATTCATTGTCAGTCATTCTTTTGTCATGAATCTCCACGACCACGGATCCTGTTGCGTTTATCGGAACCTGTTGCCTGAACTCAATCACACAGTGGTCTATCTTCATACAGCTACGGCTCAGTCTGGCGCTTAATTGAGAAGCTGTTGACGGAAACTGCAAGATTATCTCAGTCAAGTCATGAGATAACTGATATTCATCTCGGTTTGATTCAATGTAATTGAATGCATTTGGGGGACAAGCTAACTGAGAATCCATATATTATGAAGACCTGCCTCGCAGAGGCAGCGTTTCACTGAAAATAATAAGCCAAGAGAATAGCTATGAAATTCAAGCCTTGCTGCCGGCAGCAACGAACTGAAAATATTAGCTCAAGAGAATAGCTATGAAATTCAACCCTCGCTGCAGGCAATGAGGAACTGAAATACTAACAGAAAATAATCGTTCAGGAAAAATAAAAGAAGATATTAAGCCTAATAATTTAGTAGCCACATAGCTAAGAAACTTGTCAAGAGATAATTATCATATGTCGGCGTAGAACTGGAAATGGGTAGCATATATATAAAACCCTAAT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
NP_077735.1
|
|
Location
|
1543-2588,1-13 |
|
Gene Name
|
ac1 |
|
Protein Name
|
Rep |
|
Coding Region
|
ATGCCATCGCATCCAAAACGGTTTCAAATAAATGCCAAAAATTATTTTCTTACATATCCTCAGTGCTCCTTGTCCAAAGAAGAATCACTTTCTCAATTACAAGCCCTAAACACTCCGATTAACAAAAAATTCATAAAAATCTGCAGAGAGCTTCATGAAGATGGGCAACCTCACCTCCACGTGCTTATTCAGTTCGAGGGAAAATACTGCTGCCAAAATCAACGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACAAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGAGAGCTAAATCGTCTTCCGACGTCAAGACGTACATCGACAAAGACGGAGATACTCTTGTATGGGGAGAATTCCAGGTCGACGGTCGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAAACATCTAACGACGCTGCAGCAGAGGCGTTAAATGCTTCTTCCAAAGAAGAAGCCCTGCAGATAATTAGAGAGAAAATCCCAGAAAAATATTTATTTCAGTTCCACAATCTAAATAGCAATTTAGATAGGATATTTGATAAGACTCCTGAACCATGGCTTCCTCCGTTCCACGTCTCATCATTTACTAACGTGCCAGACGAGATGAGACAATGGGCTGAAAATTATTTTGGAAAGAGTTCCGCTGCGCGGCCGGAGAGACCTATTAGTATTATCATCGAGGGCGATAGTCGGACGGGAAAGACTATGTGGGCTCGTTCACTAGGCCCACATAATTATTTGAGCGGGCATTTGGATCTCAATTCTAGGGTTTACTCAAACAAGGTTGAGTATAACGTCATCGATGATGTCACACCGCAATATCTAAAGTTGAAACATTGGAAAGAACTCATTGGGGCCCAAAGAGATTGGCAGACTAACTGTAAATACGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGTATCCCGTCAATCGTGCTGTGCAATCCTGGAGAGGGTGCTAGCTATAAAGTTTTCCTCGACAAAGAGGAAAACACTCCACTAAAGAACTGGACTTTCCATAATGCGAAATTCGTCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCTCAACACAGAGCAGCTAA |
|
Protein Sequence
|
MPSHPKRFQINAKNYFLTYPQCSLSKEESLSQLQALNTPINKKFIKICRELHEDGQPHLHVLIQFEGKYCCQNQRFFDLVSPTRSAHFHPNIQRAKSSSDVKTYIDKDGDTLVWGEFQVDGRSARGGCQTSNDAAAEALNASSKEEALQIIREKIPEKYLFQFHNLNSNLDRIFDKTPEPWLPPFHVSSFTNVPDEMRQWAENYFGKSSAARPERPISIIIEGDSRTGKTMWARSLGPHNYLSGHLDLNSRVYSNKVEYNVIDDVTPQYLKLKHWKELIGAQRDWQTNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKVFLDKEENTPLKNWTFHNAKFVFLNSPLYQSSTQSS |
|
NCBI Accession
|
NP_041238.1
|
|
Location
|
327-1070 |
|
Gene Name
|
cp |
|
Protein Name
|
coat protein |
|
Coding Region
|
ATGCCTAAGCGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCAAAGGTTTCCCGCTCTGCTAATTATTCTCCTCGAGGAAGTTTGCCTAAGCGTGATGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGATCACTAAGAGGCCCCGATGTTCCTAAAGGATGTGAAGGGCCTTGTAAAGTCCAGTCATACGAGCAGCGTCATGATATTTCCCTAGTTGGGAAGGTCATGTGTATATCTGATGTGACACGTGGTAACGGTATTACCCACCGTGTTGGTAAGCGTTTCTGCGTTAAGTCTGTATATATCTTGGGCAAGATATGGATGGATGAGAACATCAAGTTGAAGAATCACACGAACAGTGTCATGTTCTGGTTGGTTAGGGATCGGAGACCTTATGGCACTCCTATGGATTTCGGACAAGTGTTCAACATGTTCGATAATGAGCCAAGTACTGCAACGGTAAAGAACGACCTACGGGATCGTTTCCAAGTGATCCACAGGTTTCACGCCAAGGTTACTGGTGGTCAATATGCCAGCAACGAGCAGGCTCTGGTTAGGAGATTCTGGAAGGTCAATAACAATGTCGTCTACAACCACCAGGAGGCAGGGAAATATGAGAATCATACTGAGAACGCCCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTGTATGCGACGTTGAAAATTCGAATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA |
|
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRLMAGTSKVSRSANYSPRGSLPKRDAWVNRPMYRKPRIYRSLRGPDVPKGCEGPCKVQSYEQRHDISLVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVIHRFHAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNNVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN |
|
NCBI Accession
|
NP_077736.1
|
|
Location
|
1067-1465 |
|
Gene Name
|
ac3 |
|
Protein Name
|
REn protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGGGGAACCTATCACTGTGCCTCAAGCAGAGAATGGCGTCTATATCTGGGAGATAACAAATCCCCTCTATTTCAAGATAATCAGCGTAGAGGATCCCCTCTACACCAACACCAGGATATACCACTTACAAATCAGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCATTGGATCTCCACAAGGCATTTCTCAACTTCCAAGTATGGACGACATCGACGACAGCTTCTGGGAGAACTTATTTAAATAGATTTAAATACTTAGTGATGTTGTACCTTGAACAGTTAGGCGTTATATGTATTAACAATGTTATTAGAGCTGTTCGTTTCGCAACAGACAGATCATATATAACGCATGTACTCGAAAATCATTCAATAAAATATAAATTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MDSRTGEPITVPQAENGVYIWEITNPLYFKIISVEDPLYTNTRIYHLQIRFNHNLRRALDLHKAFLNFQVWTTSTTASGRTYLNRFKYLVMLYLEQLGVICINNVIRAVRFATDRSYITHVLENHSIKYKFY |
|
NCBI Accession
|
NP_077737.1
|
|
Location
|
1212-1601 |
|
Gene Name
|
ac2 |
|
Protein Name
|
TrAP |
|
Coding Region
|
ATGCGAAATTCGTCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCTCAACACAGAGCAGCTAAACGAAGAGCTATTAGAAGGCGACGAATTGACCTGAACTGTGGCTGTTCCATATACATTCACATCGACTGCAGAAACAATGGATTCACGCACAGGGGAACCTATCACTGTGCCTCAAGCAGAGAATGGCGTCTATATCTGGGAGATAACAAATCCCCTCTATTTCAAGATAATCAGCGTAGAGGATCCCCTCTACACCAACACCAGGATATACCACTTACAAATCAGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCATTGGATCTCCACAAGGCATTTCTCAACTTCCAAGTATGGACGACATCGACGACAGCTTCTGGGAGAACTTATTTAAATAG |
|
Protein Sequence
|
MRNSSSSTPPSIKAQHRAAKRRAIRRRRIDLNCGCSIYIHIDCRNNGFTHRGTYHCASSREWRLYLGDNKSPLFQDNQRRGSPLHQHQDIPLTNQVQPQPEESIGSPQGISQLPSMDDIDDSFWENLFK |
|
NCBI Accession
|
NP_077738.1
|
|
Location
|
2184-2447 |
|
Gene Name
|
ac4 |
|
Protein Name
|
AC4 protein |
|
Coding Region
|
ATGAAGATGGGCAACCTCACCTCCACGTGCTTATTCAGTTCGAGGGAAAATACTGCTGCCAAAATCAACGATTCTTCGACCTGGTATCCCCAACAAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGAGAGCTAAATCGTCTTCCGACGTCAAGACGTACATCGACAAAGACGGAGATACTCTTGTATGGGGAGAATTCCAGGTCGACGGTCGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAAACATCTAACGACGCTGCAGCAGAGGCGTTAA |
|
Protein Sequence
|
MKMGNLTSTCLFSSRENTAAKINDSSTWYPQQGQHISIQTFRELNRLPTSRRTSTKTEILLYGENSRSTVEVLEEVAKHLTTLQQRR |
|
NCBI Accession
|
NP_077114.1
|
|
Location
|
461-1231 |
|
Gene Name
|
BR-1 |
|
Protein Name
|
movement protein/nuclear shuttle |
|
Coding Region
|
ATGTACTCAACAAAATATCGACGAGGATTTTTAGCTAATCAAGGACGGGGTTATCCTCGTCATTCAACTGGGAAACGTTCACGTAATGTTAGCCGCATAGATTTTAAACGTCGATCAAGTAAGTATGTTCATGGCAATGATGATAGCAAAATGGCAAACCAGCGTATACATGAGAACCAGTTTGGTCCAGAATTCGTTATGGTCCATAATACAGCCATATCTACGTTTATTACATTCCCCAGTCTTGGCAAGACTGAACCAAGCCGTTCAAGGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTACGTTTCAAAGGTACTGTCAAGATTGAACGTGTGCACGTTGATCTTAGCATGGATGGGCCTTCTCCAAAGATTGAAGGCGTATTTTCTCTTGTTGTTGTAGTTGATCGGCAACCACATCTCAGTCCAACTGGATGTCTCCATACATTTGATGAGCTATTTGGCGCCAGGATCCATAGTCATGGAAATTTAGCTGTAAGTTCTGCGTTGAAGGACCGTTTTTACATACGGCATGTGTTTAAACGAGTGATATCCGTTGAGAAGGATTCTACGATGATTGACCTCGAAGGAATGACATCTTTTACTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGTCAGCATTTAAGGATTTTGATCGACAAGCATGTAATGGAGTTTATGGCAACATAAGCAAGAACGCCATATTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGATATTGTGTCAAAGGCATCGACATTTGTATCATTTGACCTTGATTATGTCGGATGA |
|
Protein Sequence
|
MYSTKYRRGFLANQGRGYPRHSTGKRSRNVSRIDFKRRSSKYVHGNDDSKMANQRIHENQFGPEFVMVHNTAISTFITFPSLGKTEPSRSRSYIKLKRLRFKGTVKIERVHVDLSMDGPSPKIEGVFSLVVVVDRQPHLSPTGCLHTFDELFGARIHSHGNLAVSSALKDRFYIRHVFKRVISVEKDSTMIDLEGMTSFTNRRFNCWSAFKDFDRQACNGVYGNISKNAILVYYCWMSDIVSKASTFVSFDLDYVG |
|
NCBI Accession
|
NP_077115.1
|
|
Location
|
1638-2192 |
|
Gene Name
|
BL-1 |
|
Protein Name
|
cell-to-cell movement protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCTCAGTTAGCTTGTCCCCCAAATGCATTCAATTACATTGAATCAAACCGAGATGAATATCAGTTATCTCATGACTTGACTGAGATAATCTTGCAGTTTCCGTCAACAGCTTCTCAATTAAGCGCCAGACTGAGCCGTAGCTGTATGAAGATAGACCACTGTGTGATTGAGTTCAGGCAACAGGTTCCGATAAACGCAACAGGATCCGTGGTCGTGGAGATTCATGACAAAAGAATGACTGACAATGAATCCTTACAAGCGTCATGGACTTTTCCGGTGAGATGCAATATAGATCTCCACTATTTCTCATCGTCGTTCTTCTCGCTCAAAGACCCAATCCCATGGAAACTATATTACAAAGTTTGCGACTCTAATGTTCACCAGAGGACTCATTTTGCGAAATTCAAAGGGAAGCTGAAATTATCGACAGCTAAACACTCCGTTGATATCCCTTTCCGGGCACCCACTGTCAAAATATTGTCCAAACAATTTACAGATAAAGATGTCGATTCAGCCACGTGGGATATGGGAAATGGGATAGAAAAATGA |
|
Protein Sequence
|
MDSQLACPPNAFNYIESNRDEYQLSHDLTEIILQFPSTASQLSARLSRSCMKIDHCVIEFRQQVPINATGSVVVEIHDKRMTDNESLQASWTFPVRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYKVCDSNVHQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKILSKQFTDKDVDSATWDMGNGIEK |