Tomato dwarf leaf virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000894215.1
Isolate Argentina
Release date 2015/2/22
Submitter Vaghi Medina,C.G., Lopez Lambertini,P.M.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_016580
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTGTAGTGGTCCCCGCACGACTGACCAATCAGATTTCGTCCTGAAAGCCTAGATATTTTGAAATACTTAGGCGCTAAGTTCTATAAATTGAATAACTTCTTTTTACAGGCTTTAATTCAAAATGCCTAAGCGTGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCACTAAGGTTTCCCGCTCCACCAATTATTCACCTGGTGGGGCTAATTCCAAGCGTGATGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTATAGGAAGCCTCGAATATATCGTACGTTGAGAGGGCCTGATGTTCCCAAAGGGTGTGAAGGCCCATGCAAGGTCCAGTCTTATGAACAGCGACATGACATCTCTCATGTTGGCAAGGTCATGTGTATTTCCGATATTACCCGTGGTAATGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTAGTTAGAGATCGTAGACCGTATGGGACACCTATGGATTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGCACTGCTACTGTTAAGAACGATCTCCGTGACCGTTATCAAGTTCTACACAAGTTCTACGCTAAGGTGACCGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAGCAAGCTCTCGTGAAGCGTTTCTGGAGGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATATGAGAATCACACTGAGAACGCTCTGTTTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAATCCCGTGTATGCTACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAGTTTGAATTTTATATCATGATTTTCAAGTACATAATTTACATAATATCTGTCTGTTGCATAACGAACAGCTCTAATTACATTATTAAGAGAAATTACACCTAATTGATTTACATACAATAAGACTAAATATTTGAATCTACTTAAATATGTCATCCCAGAAGCTGTCACTGATGTCGTCCAGACTTGGAAATTGAGAAATGCCTTGTGGAGACCCAGTGCTCTCCGCAGGCTGTGGTTGAACCGTATCTGGACGTGGTATATCCTGGTTGTTGTGTATGACGGGTCCTCCACGTCGATTATCTTGAAATACAGGGGATTTGTAATCTCCCAAATAAAGACGCCATTCGCTGCTTGAGGCGCAGTGATGAATTCCCCGGTGCGTAAATCCATGGTTGCAGCAACCGATGTGTACGTAAATAGTGCAGCCACAGTTTAGGTCTATGCGTCTTCGTCTAGTTGCTCTCCGTTTAGCTGCTCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGGAGTTGAGGAAGATGAATTTAGCATTATGAAGAGTCCACGCCTTCAGAGATGCATTTTCTTGTTTGTCTAGGAAGTCTTTATAACTAGCCCCCTCTCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATCCCTCCTTTAATTTGAACAGGCTTTCCGTATTTACAGTTGGACTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCAATCAACTCTTTCCAATGTTTCATCTTTAGATAATGCGGACTGACATCATCAATGACGTTATATTGAACAGTATTTGAATATACTTTAGAATTAAAATCAAGATGTCCGCTCAAATAATTATGTGGGCCTAGTGCACGAGCCCACATCGTCTTCCCTGTTCGACTATCTCCTTCAATGATAATACTAATAGGTCTTTCTGGCCGCGCAGCGGAATCCATACCAAAATAAGCATCAGCCCATTCTTGCATCTCGTCAGGGACATTAGTGAATGAGGAGAGTCGAAACGGAGGAACCCACGGCTCCGGAGCCTTACTGAAAATTCTATCTAAATTAGAATTTAAATTATGAAATTGAAATAAGTATTTCTCTGGGAGTTTCTCCCTTATTATTTGCATAGCCGTTTCTTTAGATGGGGCGTTCAGAGCCTCTGCGGCAGCGTCATTAGCTGACTGGCAACCTCCTCTAGCACTTCGTCCGTCGATCTGAAATTCTCCCCATTCGAGAGTATCCCCGTCCTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCAGACGATGATTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGTTGATCTTGTTGGGGATACCATGTCGAAGAGTCGCTGATTCGTGCAGACGAACTTTCCTTCGAACTGAATAAGCACATGGAGATGAGGTTCCCCATTTTCATGGAGTTCTCTACAGATTTTAATGTATTTCTTGTTTGTTGGAGTATTTATTTTCTGTAATTGAGAAAGAGCTTCTTCTTTTGAGAGAGAACAATGAGGATATGTGATGAAGTAATTCTTTGAAGAAATGCGAAAGCGTTTTGGAGCAGATGGCATTTTTGAAATAATAAGGGTGTCACCAATTGAGCTCTCGCTTCAAAAGTCTGATAAATTGGTGACATTGGTGACAATATATAGAAGTTCCTAGAGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTATAATATT

NC_016581
ACCGGATGGCCGCGCGATTTTTTGACGTGGTCCCCACCCGAAATCAATTGAGCGCATTTTTGAAGTCCGGAATTGAGTTGAGCGCAAATTTTGAGTTCCGCCCGTACAGTCAATTGTTTCGGCTTTAATTTGAAATAAAGCGTTGTTGTACTGAACAACCAATCATATTGTGCCTGTCGAGCTTAGATAACCCTTATGTGTCAGACATTTCAAATTAGAATTATATTGCGTAGGTGGTCCACTATATGTCTCTTAACTTCTTTATGACGTGGACCAATGGCTTTTAATTATTAAATCAAGTTAAGTCATATATGTTAAGAGGAATTGGTATAAATTCCGTAGTGTTGATTGTGTATATCATGCAATAATGTATCCTTTAAAGTACAGACGTGGCTGGTCGTCTAGTCAACGACGAGGGTATTTACGTCAGTCTATGTTTAAACGATCTAACTACGTGAAACGTGCAGATGGGAAACGTCGTCCGCAGAATTCTAATCAGACTACCGATGACATTAGAATGTCACAACAACGTATACATGAGAATCAGTTTGGCCCAGAATTTGTGATTGGTCAGAATTCTGCTATTTCCACCTTCATCACTTATCCTTCTCTTGGTAAGAATGAACCCAGTCGCTCTAAGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTGCGTTTCAAAGGTACAGTGAAGGTTGAGCGTTTGCATGCGGAGGTGATCATGGATGGTATAACTCCAAAAATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCGTCGTGGTTGATCGCAAACCACATTTAAGTTCATCAGGATGTTTGCATACATTTGATGAGTTATTTGGTGCACGTATTCACAGTCATGGCAATTTAGCCATAAGTCCTGCTTTGAAGGATCGTTTTTACATACGTCATGTTTGGAAGAATGTAATTTCTGTCGAGAAGGACAGTACGATGATTGATCTTGAAGGAACGACAGCACTATCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCATCGTTTAGTGATCTTGATCATGATTCATGTAACGGGGTGTATTCTAATATTAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGACGTCACATCTAAGGCGTCTACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGTTGAATGTTAAGAGAAATATATCTAATTGTAATCAATACTGTCATAATTAAAAAAGAAATTAACAATTATCTTTAATCAATACAGTCATACTGAAAGAAGAAATTAACAATTATTTGAACAAGAAAATATTATCATATAATATACTACAATCATATTAATAGGTTGTACTGGCTGCGCAGCTGAATGCATTAGTACTGTACGAACTTGTTATTTCAGCGATTTGGGCACTGAGGGAGTACAATTAGTTTTAATACACTCTTGTACTGTCGTCCTGACAAGTTCGTTTAATTGGGCCATTGACATCGTTATATTTGATTGAGTCCGTCAATTATTGAGGCCGATTCACCAGGGTCTAGCATGTCAGTCCCTAACCTGTTAAGCTCCTTATATGGATGTGAGGCCTCACCTATATCTGAATCCGCATCTAATTGGGCCGTTCCTACTGTACTTCTTGAAGCCCAAGAATCTCCGGGTCTAAGTTCAATTGGGCCTGGAAGCCCAAACCTAGAAGTAGATGCGGATCTTATTAGTTTTCTTTCCCACTTTCCGTAGCCGACGTGGGAGAAATCTATATCGTTAACTGTAAACTGTTTAGACATTATCTTTACGGTGGGTGCCCTGAACGGTATGTCGACCGAATGTTTCGCCGTCGATAACTTCAGTTTACCCTTGAACTTGGCAAAATGCGTCATCTGATGAACATTCGAGTCACATACTCTGTAATATAGTTTCCATGGAATTGGGTCTTTTAATGAGAAGAATGATGATGAGAAATAATGGAGGTCTATGTTGCATCTGATTGGAAATGTCCAAGACGCCTGTAATGACTCATTATCAGTCATTCGCTTGTCATGAATCTCGACAATCACTGACCCTGTTGCGTTGATTGGTACCTGCTGCCTATATTCTATGACACAGTGGTCAATCTTCATACAGCTACGATTTAGTCTTGCGCTAAGTTGAGACGCCGTGGAAGGAAACTGCAATATGATTTCTGTATGGTCGTGAGATAGCTGATATTCATCACGACGAGATTCTATGTAATTAAAGGCGTTAGGTGGGTTAACCAGTTGAGAATCCATATATGGTAAATATGGTTGTGCAACCACAAGGTTCAGTTAATATGATCAGGAAAATGTTAATTAAGAGAATGTTAGAAGATACTATTTTGCTATCTGAAGATCTGGAGAGGAGTATTTATTTTGAGAGAGAATAGGAGTTTTGGGTTGAATGGCAGATTTGTAATAAAAGGGGTGTCACCAGTTGAGCTCTCGCTTCAAAAGTCTGATAAATTGGTGACATTGGTGACAATATATAGAAGTTCCTAGAGGGCACGTGGCGGCCATCCGTTATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_004958246.1
Location 143-829
Gene Name AV1
Protein Name coat protein
Coding Region ATGCCTAAGCGTGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCACTAAGGTTTCCCGCTCCACCAATTATTCACCTGGTGGGGCTAATTCCAAGCGTGATGCTTGGGTTAATAGGCCCATGTATAGGAAGCCTCGAATATATCGTACGTTGAGAGGGCCTGATGTTCCCAAAGGGTGTGAAGGCCCATGCAAGGTCCAGTCTTATGAACAGCGACATGACATCTCTCATGTTGGCAAGGTCATGTGTATTTCCGATATTACCCGTGGTAATGGTATAACTCACCGTGTTGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGGAAGATATGGATGGATGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGTTAGTTAGAGATCGTAGACCGTATGGGACACCTATGGATTTTGGTCAAGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCTAGCACTGCTACTGTTAAGAACGATCTCCGTGACCGTTATCAAGTTCTACACAAGTTCTACGCTAAGGTGACCGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAGCAAGCTCTCGTGAAGCGTTTCTGGAGGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATATGAGAATCACACTGAGAACGCTCTGTTTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAA
Protein Sequence MPKRDAPWRLMAGTTKVSRSTNYSPGGANSKRDAWVNRPMYRKPRIYRTLRGPDVPKGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDITRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVLHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWRVNNYVVYNHQEAGKYENHTENALFIVYGMYTCL

NCBI Accession YP_004958247.1
Location 884-1282
Gene Name AC3
Protein Name replication enhancer protein
Coding Region ATGGATTTACGCACCGGGGAATTCATCACTGCGCCTCAAGCAGCGAATGGCGTCTTTATTTGGGAGATTACAAATCCCCTGTATTTCAAGATAATCGACGTGGAGGACCCGTCATACACAACAACCAGGATATACCACGTCCAGATACGGTTCAACCACAGCCTGCGGAGAGCACTGGGTCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTGACAGCTTCTGGGATGACATATTTAAGTAGATTCAAATATTTAGTCTTATTGTATGTAAATCAATTAGGTGTAATTTCTCTTAATAATGTAATTAGAGCTGTTCGTTATGCAACAGACAGATATTATGTAAATTATGTACTTGAAAATCATGATATAAAATTCAAACTTTATTAA
Protein Sequence MDLRTGEFITAPQAANGVFIWEITNPLYFKIIDVEDPSYTTTRIYHVQIRFNHSLRRALGLHKAFLNFQVWTTSVTASGMTYLSRFKYLVLLYVNQLGVISLNNVIRAVRYATDRYYVNYVLENHDIKFKLY

NCBI Accession YP_004958248.1
Location 1029-1418
Gene Name AC2
Protein Name transcriptional activator protein
Coding Region ATGCTAAATTCATCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCTAAACGGAGAGCAACTAGACGAAGACGCATAGACCTAAACTGTGGCTGCACTATTTACGTACACATCGGTTGCTGCAACCATGGATTTACGCACCGGGGAATTCATCACTGCGCCTCAAGCAGCGAATGGCGTCTTTATTTGGGAGATTACAAATCCCCTGTATTTCAAGATAATCGACGTGGAGGACCCGTCATACACAACAACCAGGATATACCACGTCCAGATACGGTTCAACCACAGCCTGCGGAGAGCACTGGGTCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATCAGTGACAGCTTCTGGGATGACATATTTAAGTAG
Protein Sequence MLNSSSSTPPSIKAQHRAAKRRATRRRRIDLNCGCTIYVHIGCCNHGFTHRGIHHCASSSEWRLYLGDYKSPVFQDNRRGGPVIHNNQDIPRPDTVQPQPAESTGSPQGISQFPSLDDISDSFWDDIFK

NCBI Accession YP_004958249.1
Location 1360-2418
Gene Name AC1
Protein Name replication associated protein
Coding Region ATGCCATCTGCTCCAAAACGCTTTCGCATTTCTTCAAAGAATTACTTCATCACATATCCTCATTGTTCTCTCTCAAAAGAAGAAGCTCTTTCTCAATTACAGAAAATAAATACTCCAACAAACAAGAAATACATTAAAATCTGTAGAGAACTCCATGAAAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATTCAGTTCGAAGGAAAGTTCGTCTGCACGAATCAGCGACTCTTCGACATGGTATCCCCAACAAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCATCGTCTGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGACGGGGATACTCTCGAATGGGGAGAATTTCAGATCGACGGACGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAGTCAGCTAATGACGCTGCCGCAGAGGCTCTGAACGCCCCATCTAAAGAAACGGCTATGCAAATAATAAGGGAGAAACTCCCAGAGAAATACTTATTTCAATTTCATAATTTAAATTCTAATTTAGATAGAATTTTCAGTAAGGCTCCGGAGCCGTGGGTTCCTCCGTTTCGACTCTCCTCATTCACTAATGTCCCTGACGAGATGCAAGAATGGGCTGATGCTTATTTTGGTATGGATTCCGCTGCGCGGCCAGAAAGACCTATTAGTATTATCATTGAAGGAGATAGTCGAACAGGGAAGACGATGTGGGCTCGTGCACTAGGCCCACATAATTATTTGAGCGGACATCTTGATTTTAATTCTAAAGTATATTCAAATACTGTTCAATATAACGTCATTGATGATGTCAGTCCGCATTATCTAAAGATGAAACATTGGAAAGAGTTGATTGGGGCCCAAAGGGACTGGCAGTCCAACTGTAAATACGGAAAGCCTGTTCAAATTAAAGGAGGGATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGAGAGGGGGCTAGTTATAAAGACTTCCTAGACAAACAAGAAAATGCATCTCTGAAGGCGTGGACTCTTCATAATGCTAAATTCATCTTCCTCAACTCCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGAGCAGCTAA
Protein Sequence MPSAPKRFRISSKNYFITYPHCSLSKEEALSQLQKINTPTNKKYIKICRELHENGEPHLHVLIQFEGKFVCTNQRLFDMVSPTRSTHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTLEWGEFQIDGRSARGGCQSANDAAAEALNAPSKETAMQIIREKLPEKYLFQFHNLNSNLDRIFSKAPEPWVPPFRLSSFTNVPDEMQEWADAYFGMDSAARPERPISIIIEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNSKVYSNTVQYNVIDDVSPHYLKMKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKQENASLKAWTLHNAKFIFLNSPLYQSTAQSS

NCBI Accession YP_004958250.1
Location 2001-2264
Gene Name AC4
Protein Name AC4 protein
Coding Region ATGAAAATGGGGAACCTCATCTCCATGTGCTTATTCAGTTCGAAGGAAAGTTCGTCTGCACGAATCAGCGACTCTTCGACATGGTATCCCCAACAAGATCAACACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAATCATCGTCTGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGACGGGGATACTCTCGAATGGGGAGAATTTCAGATCGACGGACGAAGTGCTAGAGGAGGTTGCCAGTCAGCTAATGACGCTGCCGCAGAGGCTCTGA
Protein Sequence MKMGNLISMCLFSSKESSSARISDSSTWYPQQDQHISIRTFRELNHRLTSSPTSTRTGILSNGENFRSTDEVLEEVASQLMTLPQRL

NCBI Accession YP_004958251.1
Location 368-1138
Gene Name BV1
Protein Name nuclear shuttle protein
Coding Region ATGTATCCTTTAAAGTACAGACGTGGCTGGTCGTCTAGTCAACGACGAGGGTATTTACGTCAGTCTATGTTTAAACGATCTAACTACGTGAAACGTGCAGATGGGAAACGTCGTCCGCAGAATTCTAATCAGACTACCGATGACATTAGAATGTCACAACAACGTATACATGAGAATCAGTTTGGCCCAGAATTTGTGATTGGTCAGAATTCTGCTATTTCCACCTTCATCACTTATCCTTCTCTTGGTAAGAATGAACCCAGTCGCTCTAAGTCATATATTAAGTTGAAACGTTTGCGTTTCAAAGGTACAGTGAAGGTTGAGCGTTTGCATGCGGAGGTGATCATGGATGGTATAACTCCAAAAATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCGTCGTGGTTGATCGCAAACCACATTTAAGTTCATCAGGATGTTTGCATACATTTGATGAGTTATTTGGTGCACGTATTCACAGTCATGGCAATTTAGCCATAAGTCCTGCTTTGAAGGATCGTTTTTACATACGTCATGTTTGGAAGAATGTAATTTCTGTCGAGAAGGACAGTACGATGATTGATCTTGAAGGAACGACAGCACTATCTAATAGGCGTTTTAATTGTTGGGCATCGTTTAGTGATCTTGATCATGATTCATGTAACGGGGTGTATTCTAATATTAGCAAGAACGCCCTCTTAGTTTACTATTGTTGGATGTCGGACGTCACATCTAAGGCGTCTACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATGTTGGTTGA
Protein Sequence MYPLKYRRGWSSSQRRGYLRQSMFKRSNYVKRADGKRRPQNSNQTTDDIRMSQQRIHENQFGPEFVIGQNSAISTFITYPSLGKNEPSRSKSYIKLKRLRFKGTVKVERLHAEVIMDGITPKIEGVFSMVVVVDRKPHLSSSGCLHTFDELFGARIHSHGNLAISPALKDRFYIRHVWKNVISVEKDSTMIDLEGTTALSNRRFNCWASFSDLDHDSCNGVYSNISKNALLVYYCWMSDVTSKASTFVSFDLDYVG

NCBI Accession YP_004958252.1
Location 1441-2217
Gene Name BC1
Protein Name movement protein
Coding Region ATGGATTCTCAACTGGTTAACCCACCTAACGCCTTTAATTACATAGAATCTCGTCGTGATGAATATCAGCTATCTCACGACCATACAGAAATCATATTGCAGTTTCCTTCCACGGCGTCTCAACTTAGCGCAAGACTAAATCGTAGCTGTATGAAGATTGACCACTGTGTCATAGAATATAGGCAGCAGGTACCAATCAACGCAACAGGGTCAGTGATTGTCGAGATTCATGACAAGCGAATGACTGATAATGAGTCATTACAGGCGTCTTGGACATTTCCAATCAGATGCAACATAGACCTCCATTATTTCTCATCATCATTCTTCTCATTAAAAGACCCAATTCCATGGAAACTATATTACAGAGTATGTGACTCGAATGTTCATCAGATGACGCATTTTGCCAAGTTCAAGGGTAAACTGAAGTTATCGACGGCGAAACATTCGGTCGACATACCGTTCAGGGCACCCACCGTAAAGATAATGTCTAAACAGTTTACAGTTAACGATATAGATTTCTCCCACGTCGGCTACGGAAAGTGGGAAAGAAAACTAATAAGATCCGCATCTACTTCTAGGTTTGGGCTTCCAGGCCCAATTGAACTTAGACCCGGAGATTCTTGGGCTTCAAGAAGTACAGTAGGAACGGCCCAATTAGATGCGGATTCAGATATAGGTGAGGCCTCACATCCATATAAGGAGCTTAACAGGTTAGGGACTGACATGCTAGACCCTGGTGAATCGGCCTCAATAATTGACGGACTCAATCAAATATAA
Protein Sequence MDSQLVNPPNAFNYIESRRDEYQLSHDHTEIILQFPSTASQLSARLNRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGSVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVCDSNVHQMTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKIMSKQFTVNDIDFSHVGYGKWERKLIRSASTSRFGLPGPIELRPGDSWASRSTVGTAQLDADSDIGEASHPYKELNRLGTDMLDPGESASIIDGLNQI