Squash mild leaf curl virus

Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000844565.1
Isolate USA: California
Release date 2015/2/12
Submitter Brown,J.K., Idris,A.M., Alteri,C., Stenger,D.C.
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Genomic Organization

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Genome

NC_004645
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTTGGTGTCCTACTTTTCCAAGGCCCAAGCCCAACTCAACCACAACCTTTTACTTTAATTGGGACCACTACAAGTATTTCGACCAATCACATGTTTTCTGTGGTGACTAGTTATTATAGCTTGGTGCATAAGTGTGGTCCCTATAAATTAAAGCTGATACCGCCCATACGTCTTTAACTTAAAATGCCTAAGCGTGATGCCCCATCGCGTTTAATGGCGGGGACCTCGAAAGTCTCCCGCTCTGCTAACTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCGTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATCTATCGGACGTTCAGAAGTCCCGATGTTCCCAAGGGGTGTGAAGGACCTTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATGTCTCTCATGTTGGCAAGGTAATGTGTATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACACACCGTGTCGGGAAACGTTTTTGTGTCAAGTCTGTATATATATTAGGGAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATGTTTTGGTTGGTACGAGACCGTAGACCGTATGGGACTCCTATGGAGTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCCAGTACGGCGACTGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTTATGCACAAGTTCTATGCTAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCTAGCAACGAGCAAGCGTTGGTTAAAAGATTTTGGAAGGTCAACAACCATGTCGTCTATAACCACCAGGAAGCTGGGAAGTACGAGAATCATACAGAGAATGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCAATAACAAATTAATAAAGATTAAATTTTATTTCATGCTTCTCGTGTACATAATATACATAAGAACGATCAGTTGCCCAGGAAACAGCTCTAACAACGTTATTGAGACCAATAACTCCTAACCTATCTAAGTACAATAGCACTAAATGTTTAAATCTATTTAAATAAGTCGTCCCAGAAGCTCGAATCGACTCCGTCCAGACTTGGTAGTTCAGGAACGCTTTGTGAAGATTTAGTGCTCTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCGGATTTGGATATGATATATCCGCATGTGAGAGTGGACGGTATCCTCCACTTCTGTTATCTTGAAATACAGGGGATTTGGAACCTCCCAGATAAAAACGGAATTCTCTGCCTGATACACAGTGATGCTCTCCCCGGTGCGTAAATCCATGGTTCGTGCAGTTGATATGGAAAAATATGGAACAGCCGCAGTTTAGATCGATTCGTCGTCGACGTACAGCCCTTCTTTTAGCAATCTTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGCTCTCGAGGAAGATGAATTTAGCATTTTTTAATGTCCAGGCCTTTAGTGCGGTATTTTCCGCTTTGTCCAGGAAATCTTTATAGCTGGCCCCCTCGCCTGGATTGCACAGCACGATTGACGGGATCCCACCTTTAATTTGAACCGGCTTTCCATATTTACAGTTGGATTGCCAGTCTCTCTGGGCCCCAATCAATTCTTTCCAATGCTTTAGCTTTAGGTATTGCGGAGCGACGTCATCGATGACGTTATACTCGGCATCGTTCGAGAAAACCCTAGAATTGAAATCAAGGTGCCCACTGATATAGTTATGACGCCCTAGGGCACGAGCCCACATTGTCTTGCCGGTTCTAGAATCACCCTCTACTATTATACTTATATTTCTATATGGCCGCGCAGCGGAACCCTTATTAAAATAATCATCAGCCCATTCCTGTAACTCTTCTGGAACTAGTGTGAACGACGAGAGTGGAAACGGAGGGACCCATGGTTCAGGAGGCTGATGAAAGAGGCGCTCGATGTTAGCCTTCAAATTGTGATAACTAACAAGAAATGTTTTAGGATCTCCGGCCTTTATAATGTCGAGAGCCTCTCCCGCACTTCCTGCATTGACGGCGTTGTGATATACGTCGTCTTTGCTAGATTTTGTACCCCCAGACACTTTATATTTCCCGGACTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCGTTGGTGTCTTTGGCTGCCTGAATGTTCGGGTGAAAACAGGCAGCCCTTCTGGGGTGAGTAAGGTCGAAAAATCTAGCATTCTTGATGTTAGTCTTACCGGATAACTGTATGAGGCAGTGTAAGTGCGGGAACCCGTCGGAATGTTCCTCTCGTGCGACTCTGATATATGTTGGTTTGACGACCGACCATTGCAGATGCTCAAGCATCTGAATAGCTTCATCTTTGGGGATGTCGCACTGAGGATATGTTAAGAAAATGTTCCTGGCTGTAAAACGAAATGAATTAGGGTTCCGTGGCATTTTCGTAATAAAAACCCAGGACACCAGGGAGAGCTCTCTCTAAAACCTATTATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATACAACTCTCTGGGGAGGACACCAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATT
NC_004646
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTTGGTGTCCTACTTTTACAAGGCCCAGTCCCATACTATACACAAGTGGGCCGGTGTTTTAATCAAAGTAGCAGCCCATCAGTGTTTCACGGGGACCACACAGCACTATTGACCAATCATATTTAACCTGTCAAGTCATTATAATGTATCGTCGTACGAACATTCTGGCCCATTTCACATGGTGCTGTGTCAGATGATCTATCTTTAATACAAATTGCCAAAGTGACTAGTCGTTCTTTAATTTGAAATCTCAAATAAGGCTGGTCCATTGCTTTAATATATGTACGATCATCTTTTGTTAGCACCCACATGTGAGCAATTTGAATTAACTTTAATGTAACCAATTACATTTCAGGCAAGGAGTCTAGCTATATATATCCATATATGGGTCGTGTCTATTAATACGACGGAGGGTAATTGGTTATCACGTCGAATACATGTATAGATATATTGTCTAACGTGTATATTGTTGACTCCTCAGAGCAACCAGAGCACTGTCGAGCATGTATTCGTCTAGACGCGGTCGACCCAATGTTCAACGAGTAAGTCATCTACGGCGTACTTATTTCAAACGTCCATATTATCAGACACGTGGTGATGAGAAGCGTCGACCGACTGCTGTTAATAAGACTCATGACGACACAAAGATGTCACTACAACGTCTACACGAGGATCAGTTTGGTCCAGATTTCGTTTTAGGTCATAATACAGCTTTGTCCACGTTTATCACCTACCCAAGTATTGTTAAGACTGAACCCAATCGGACGCGGTCGTATATCAAGTTGAAACGACTGCGTTTTAAAGGCACATTGAAAATTGAACGTGGACATGGTGGTACGGTGATGGAAGATCCAACGTCTAAGATTGAAGGGGTTTTCTCTATGGTTGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTAAACCCTTCTGGACGACTACATACATTCGACGAACTATTTGGCGCGCGGATCCATAGTCACGGTAATCTAGCTATCGTTCCCGCGCTCAAGGATCGTTTTTACATTAAACATGTAATGAAACGCGTTTTATCGGTCGAGAAGGATACATTAATGGTTGATCTACAGGGATCGACAACGTTTTCCAACAAGCGTTTCAATTGCTGGTCTGCGTTTAATGATCTTGAACGGGATTCATGTAACGGGGTTTACGCAAACATAAGCAAGAACGCCATTCTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATACGCCTTCTAAGGCATCCACATATGTATCATTTGACCTTGAATATGTTGGATGAATAAGAATAATATATTCCACAATACTATCTCCACAGGACCCAGGATCATCTATAAAACAAGCCCCAATTTTCTTATTTTAAAATTGGGAGCGCAGCGGGACACTCTTCAAAATCATGTTCAACCCATAAATTTAATCTGTCAAGTCAACTACAAGATAAGTTTATATAATAAAGAAACGCTAATTTAGAGATTTTGGAGTACTCGGAATACAACTGGTCTTAATGCATTCATGAACAGTCGACTTAACTAACTCGTTCAGCTGCGACATCGACATGGTTATGGTAGATTGCGACCGTTGTATTCCGACGATGGATGCTGATTCCCCGGGGTCTAATACAGTCGTCCCTAACCTGTTTAGTTCCCTGTATGGAAGCATCTCATCGTCCATCTCTAAATCCGCATTTGTAGGACCTGGACCAATCATACTTCTAGTGGCCCAAGATTCACCAGGATTAATTTCTATTGGGCCTCTAAGCCCATATCTGGAAAGTGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCATTTGCCGTATCCAACGTGCCAGAAATCTATATCCTTTTCGCTAAATTGTTTGGTAAGTATCTTTACGGTTGGTGCCCGGAATGGGATGTCGACGGAGTGCTTTGCCGACGATAGCTTTAGCTTGCCCTTGAATTTAGCGAAATGCGTCATCTGATGAACATTCGATTCTGACACTCTATAGTATAATTTCCATGGAATTGGGTCTTTGAGAGAGAAGAATGATGATGAGAAATAGTGGAGATCTATGTTGCATCTAATCGGAAACGTCCAGGATGCTTGCAGCGACTCATTGTCCGTCATGCGTTTGTCGTGGATCTCCACTATTACGGTACCGGAGGCGTTTATAGGTACCTGCTGTCTGTATTCTATGACACAATGGTCGATCTTCATACAACTACGACTCAGGCGCGCAGTTAATTGAGATGCAGTCGACGGAAATTGCAGAACAATTTCTGTTAGGTCGTGAGACAGTTGAAATTCATCCCGATGAGATTCTATATAATTAAATGCGCTTGGAGGAGGAACTAATTGTGAACCCATCTTACTATTAGCTCGATCTAACAATTCTGGATGTGTACCAGTGACCTTAAATAAATTTATAGATGAGGAACGAAGTGAGTTAGGGTTTCAGTGGCATATTTGGTAAATATGAACCGGGACACCAGGGGGAGCTCTCTCTAAAACCTATTATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATACAACTCTCTGGGGAGGACACCAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATT

Gene Information

NCBI Accession NP_808801.1
Location 203-958
Protein Name AV1 coat protein
Coding Region ATGCCTAAGCGTGATGCCCCATCGCGTTTAATGGCGGGGACCTCGAAAGTCTCCCGCTCTGCTAACTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCGTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATCTATCGGACGTTCAGAAGTCCCGATGTTCCCAAGGGGTGTGAAGGACCTTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATGTCTCTCATGTTGGCAAGGTAATGTGTATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACACACCGTGTCGGGAAACGTTTTTGTGTCAAGTCTGTATATATATTAGGGAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATGTTTTGGTTGGTACGAGACCGTAGACCGTATGGGACTCCTATGGAGTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCCAGTACGGCGACTGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTTATGCACAAGTTCTATGCTAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCTAGCAACGAGCAAGCGTTGGTTAAAAGATTTTGGAAGGTCAACAACCATGTCGTCTATAACCACCAGGAAGCTGGGAAGTACGAGAATCATACAGAGAATGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCAATAACAAATTAA
Protein Sequence MPKRDAPSRLMAGTSKVSRSANYSPRGGMGPKFNKAAAWVNRPMYRKPRIYRTFRSPDVPKGCEGPCKVQSYEQRHDVSHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMEFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession NP_808802.1
Location 955-1353
Protein Name AC3
Coding Region ATGGATTTACGCACCGGGGAGAGCATCACTGTGTATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTGTATTTCAAGATAACAGAAGTGGAGGATACCGTCCACTCTCACATGCGGATATATCATATCCAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTACCAAGTCTGGACGGAGTCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAGATTTAAACATTTAGTGCTATTGTACTTAGATAGGTTAGGAGTTATTGGTCTCAATAACGTTGTTAGAGCTGTTTCCTGGGCAACTGATCGTTCTTATGTATATTATGTACACGAGAAGCATGAAATAAAATTTAATCTTTATTAA
Protein Sequence MDLRTGESITVYQAENSVFIWEVPNPLYFKITEVEDTVHSHMRIYHIQIRFNHNLRRALNLHKAFLNYQVWTESIRASGTTYLNRFKHLVLLYLDRLGVIGLNNVVRAVSWATDRSYVYYVHEKHEIKFNLY

NCBI Accession NP_808803.1
Location 1100-1489
Protein Name AC2
Coding Region ATGCTAAATTCATCTTCCTCGAGAGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAAGATTGCTAAAAGAAGGGCTGTACGTCGACGACGAATCGATCTAAACTGCGGCTGTTCCATATTTTTCCATATCAACTGCACGAACCATGGATTTACGCACCGGGGAGAGCATCACTGTGTATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTGTATTTCAAGATAACAGAAGTGGAGGATACCGTCCACTCTCACATGCGGATATATCATATCCAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTACCAAGTCTGGACGGAGTCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAG
Protein Sequence MLNSSSSRAPSIKAQHKIAKRRAVRRRRIDLNCGCSIFFHINCTNHGFTHRGEHHCVSGREFRFYLGGSKSPVFQDNRSGGYRPLSHADISYPNPVQPQPEESTKSSQSVPELPSLDGVDSSFWDDLFK

NCBI Accession NP_808804.1
Location 1431-2480
Protein Name Rep associated protein
Coding Region ATGCCACGGAACCCTAATTCATTTCGTTTTACAGCCAGGAACATTTTCTTAACATATCCTCAGTGCGACATCCCCAAAGATGAAGCTATTCAGATGCTTGAGCATCTGCAATGGTCGGTCGTCAAACCAACATATATCAGAGTCGCACGAGAGGAACATTCCGACGGGTTCCCGCACTTACACTGCCTCATACAGTTATCCGGTAAGACTAACATCAAGAATGCTAGATTTTTCGACCTTACTCACCCCAGAAGGGCTGCCTGTTTTCACCCGAACATTCAGGCAGCCAAAGACACCAACGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAGTCCGGGAAATATAAAGTGTCTGGGGGTACAAAATCTAGCAAAGACGACGTATATCACAACGCCGTCAATGCAGGAAGTGCGGGAGAGGCTCTCGACATTATAAAGGCCGGAGATCCTAAAACATTTCTTGTTAGTTATCACAATTTGAAGGCTAACATCGAGCGCCTCTTTCATCAGCCTCCTGAACCATGGGTCCCTCCGTTTCCACTCTCGTCGTTCACACTAGTTCCAGAAGAGTTACAGGAATGGGCTGATGATTATTTTAATAAGGGTTCCGCTGCGCGGCCATATAGAAATATAAGTATAATAGTAGAGGGTGATTCTAGAACCGGCAAGACAATGTGGGCTCGTGCCCTAGGGCGTCATAACTATATCAGTGGGCACCTTGATTTCAATTCTAGGGTTTTCTCGAACGATGCCGAGTATAACGTCATCGATGACGTCGCTCCGCAATACCTAAAGCTAAAGCATTGGAAAGAATTGATTGGGGCCCAGAGAGACTGGCAATCCAACTGTAAATATGGAAAGCCGGTTCAAATTAAAGGTGGGATCCCGTCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGCGAGGGGGCCAGCTATAAAGATTTCCTGGACAAAGCGGAAAATACCGCACTAAAGGCCTGGACATTAAAAAATGCTAAATTCATCTTCCTCGAGAGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAAGATTGCTAA
Protein Sequence MPRNPNSFRFTARNIFLTYPQCDIPKDEAIQMLEHLQWSVVKPTYIRVAREEHSDGFPHLHCLIQLSGKTNIKNARFFDLTHPRRAACFHPNIQAAKDTNAVKNYITKEGDYCESGKYKVSGGTKSSKDDVYHNAVNAGSAGEALDIIKAGDPKTFLVSYHNLKANIERLFHQPPEPWVPPFPLSSFTLVPEELQEWADDYFNKGSAARPYRNISIIVEGDSRTGKTMWARALGRHNYISGHLDFNSRVFSNDAEYNVIDDVAPQYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKAENTALKAWTLKNAKFIFLESPLYQSTAQDC

NCBI Accession NP_808805.1
Location 523-1287
Protein Name BV1
Coding Region ATGTATTCGTCTAGACGCGGTCGACCCAATGTTCAACGAGTAAGTCATCTACGGCGTACTTATTTCAAACGTCCATATTATCAGACACGTGGTGATGAGAAGCGTCGACCGACTGCTGTTAATAAGACTCATGACGACACAAAGATGTCACTACAACGTCTACACGAGGATCAGTTTGGTCCAGATTTCGTTTTAGGTCATAATACAGCTTTGTCCACGTTTATCACCTACCCAAGTATTGTTAAGACTGAACCCAATCGGACGCGGTCGTATATCAAGTTGAAACGACTGCGTTTTAAAGGCACATTGAAAATTGAACGTGGACATGGTGGTACGGTGATGGAAGATCCAACGTCTAAGATTGAAGGGGTTTTCTCTATGGTTGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTAAACCCTTCTGGACGACTACATACATTCGACGAACTATTTGGCGCGCGGATCCATAGTCACGGTAATCTAGCTATCGTTCCCGCGCTCAAGGATCGTTTTTACATTAAACATGTAATGAAACGCGTTTTATCGGTCGAGAAGGATACATTAATGGTTGATCTACAGGGATCGACAACGTTTTCCAACAAGCGTTTCAATTGCTGGTCTGCGTTTAATGATCTTGAACGGGATTCATGTAACGGGGTTTACGCAAACATAAGCAAGAACGCCATTCTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATACGCCTTCTAAGGCATCCACATATGTATCATTTGACCTTGAATATGTTGGATGA
Protein Sequence MYSSRRGRPNVQRVSHLRRTYFKRPYYQTRGDEKRRPTAVNKTHDDTKMSLQRLHEDQFGPDFVLGHNTALSTFITYPSIVKTEPNRTRSYIKLKRLRFKGTLKIERGHGGTVMEDPTSKIEGVFSMVVVVDRKPHVNPSGRLHTFDELFGARIHSHGNLAIVPALKDRFYIKHVMKRVLSVEKDTLMVDLQGSTTFSNKRFNCWSAFNDLERDSCNGVYANISKNAILVYYCWMSDTPSKASTYVSFDLEYVG

NCBI Accession NP_808806.1
Location 1467-2348
Protein Name BC1
Coding Region ATGGGTTCACAATTAGTTCCTCCTCCAAGCGCATTTAATTATATAGAATCTCATCGGGATGAATTTCAACTGTCTCACGACCTAACAGAAATTGTTCTGCAATTTCCGTCGACTGCATCTCAATTAACTGCGCGCCTGAGTCGTAGTTGTATGAAGATCGACCATTGTGTCATAGAATACAGACAGCAGGTACCTATAAACGCCTCCGGTACCGTAATAGTGGAGATCCACGACAAACGCATGACGGACAATGAGTCGCTGCAAGCATCCTGGACGTTTCCGATTAGATGCAACATAGATCTCCACTATTTCTCATCATCATTCTTCTCTCTCAAAGACCCAATTCCATGGAAATTATACTATAGAGTGTCAGAATCGAATGTTCATCAGATGACGCATTTCGCTAAATTCAAGGGCAAGCTAAAGCTATCGTCGGCAAAGCACTCCGTCGACATCCCATTCCGGGCACCAACCGTAAAGATACTTACCAAACAATTTAGCGAAAAGGATATAGATTTCTGGCACGTTGGATACGGCAAATGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCACTTTCCAGATATGGGCTTAGAGGCCCAATAGAAATTAATCCTGGTGAATCTTGGGCCACTAGAAGTATGATTGGTCCAGGTCCTACAAATGCGGATTTAGAGATGGACGATGAGATGCTTCCATACAGGGAACTAAACAGGTTAGGGACGACTGTATTAGACCCCGGGGAATCAGCATCCATCGTCGGAATACAACGGTCGCAATCTACCATAACCATGTCGATGTCGCAGCTGAACGAGTTAGTTAAGTCGACTGTTCATGAATGCATTAAGACCAGTTGTATTCCGAGTACTCCAAAATCTCTAAATTAG
Protein Sequence MGSQLVPPPSAFNYIESHRDEFQLSHDLTEIVLQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVSESNVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKILTKQFSEKDIDFWHVGYGKWERRLVKSASLSRYGLRGPIEINPGESWATRSMIGPGPTNADLEMDDEMLPYRELNRLGTTVLDPGESASIVGIQRSQSTITMSMSQLNELVKSTVHECIKTSCIPSTPKSLN

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The Begomovirus Species Melon Chlorotic Leaf Curl Virus is Composed of Two Highly Divergent Strains that Differ in Their Genetic and Biological Properties.

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