Squash mild leaf curl virus
Basic Information
| Genus |
Begomovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000844565.1 |
| Isolate |
USA: California |
| Release date |
2015/2/12 |
| Submitter |
Brown,J.K., Idris,A.M., Alteri,C., Stenger,D.C. |
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTTGGTGTCCTACTTTTCCAAGGCCCAAGCCCAACTCAACCACAACCTTTTACTTTAATTGGGACCACTACAAGTATTTCGACCAATCACATGTTTTCTGTGGTGACTAGTTATTATAGCTTGGTGCATAAGTGTGGTCCCTATAAATTAAAGCTGATACCGCCCATACGTCTTTAACTTAAAATGCCTAAGCGTGATGCCCCATCGCGTTTAATGGCGGGGACCTCGAAAGTCTCCCGCTCTGCTAACTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCGTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATCTATCGGACGTTCAGAAGTCCCGATGTTCCCAAGGGGTGTGAAGGACCTTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATGTCTCTCATGTTGGCAAGGTAATGTGTATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACACACCGTGTCGGGAAACGTTTTTGTGTCAAGTCTGTATATATATTAGGGAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATGTTTTGGTTGGTACGAGACCGTAGACCGTATGGGACTCCTATGGAGTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCCAGTACGGCGACTGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTTATGCACAAGTTCTATGCTAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCTAGCAACGAGCAAGCGTTGGTTAAAAGATTTTGGAAGGTCAACAACCATGTCGTCTATAACCACCAGGAAGCTGGGAAGTACGAGAATCATACAGAGAATGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCAATAACAAATTAATAAAGATTAAATTTTATTTCATGCTTCTCGTGTACATAATATACATAAGAACGATCAGTTGCCCAGGAAACAGCTCTAACAACGTTATTGAGACCAATAACTCCTAACCTATCTAAGTACAATAGCACTAAATGTTTAAATCTATTTAAATAAGTCGTCCCAGAAGCTCGAATCGACTCCGTCCAGACTTGGTAGTTCAGGAACGCTTTGTGAAGATTTAGTGCTCTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCGGATTTGGATATGATATATCCGCATGTGAGAGTGGACGGTATCCTCCACTTCTGTTATCTTGAAATACAGGGGATTTGGAACCTCCCAGATAAAAACGGAATTCTCTGCCTGATACACAGTGATGCTCTCCCCGGTGCGTAAATCCATGGTTCGTGCAGTTGATATGGAAAAATATGGAACAGCCGCAGTTTAGATCGATTCGTCGTCGACGTACAGCCCTTCTTTTAGCAATCTTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGGCTCTCGAGGAAGATGAATTTAGCATTTTTTAATGTCCAGGCCTTTAGTGCGGTATTTTCCGCTTTGTCCAGGAAATCTTTATAGCTGGCCCCCTCGCCTGGATTGCACAGCACGATTGACGGGATCCCACCTTTAATTTGAACCGGCTTTCCATATTTACAGTTGGATTGCCAGTCTCTCTGGGCCCCAATCAATTCTTTCCAATGCTTTAGCTTTAGGTATTGCGGAGCGACGTCATCGATGACGTTATACTCGGCATCGTTCGAGAAAACCCTAGAATTGAAATCAAGGTGCCCACTGATATAGTTATGACGCCCTAGGGCACGAGCCCACATTGTCTTGCCGGTTCTAGAATCACCCTCTACTATTATACTTATATTTCTATATGGCCGCGCAGCGGAACCCTTATTAAAATAATCATCAGCCCATTCCTGTAACTCTTCTGGAACTAGTGTGAACGACGAGAGTGGAAACGGAGGGACCCATGGTTCAGGAGGCTGATGAAAGAGGCGCTCGATGTTAGCCTTCAAATTGTGATAACTAACAAGAAATGTTTTAGGATCTCCGGCCTTTATAATGTCGAGAGCCTCTCCCGCACTTCCTGCATTGACGGCGTTGTGATATACGTCGTCTTTGCTAGATTTTGTACCCCCAGACACTTTATATTTCCCGGACTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCGTTGGTGTCTTTGGCTGCCTGAATGTTCGGGTGAAAACAGGCAGCCCTTCTGGGGTGAGTAAGGTCGAAAAATCTAGCATTCTTGATGTTAGTCTTACCGGATAACTGTATGAGGCAGTGTAAGTGCGGGAACCCGTCGGAATGTTCCTCTCGTGCGACTCTGATATATGTTGGTTTGACGACCGACCATTGCAGATGCTCAAGCATCTGAATAGCTTCATCTTTGGGGATGTCGCACTGAGGATATGTTAAGAAAATGTTCCTGGCTGTAAAACGAAATGAATTAGGGTTCCGTGGCATTTTCGTAATAAAAACCCAGGACACCAGGGAGAGCTCTCTCTAAAACCTATTATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATACAACTCTCTGGGGAGGACACCAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATT
ACCGGATGGCCGCAAATTTTTTGGTGTCCTACTTTTACAAGGCCCAGTCCCATACTATACACAAGTGGGCCGGTGTTTTAATCAAAGTAGCAGCCCATCAGTGTTTCACGGGGACCACACAGCACTATTGACCAATCATATTTAACCTGTCAAGTCATTATAATGTATCGTCGTACGAACATTCTGGCCCATTTCACATGGTGCTGTGTCAGATGATCTATCTTTAATACAAATTGCCAAAGTGACTAGTCGTTCTTTAATTTGAAATCTCAAATAAGGCTGGTCCATTGCTTTAATATATGTACGATCATCTTTTGTTAGCACCCACATGTGAGCAATTTGAATTAACTTTAATGTAACCAATTACATTTCAGGCAAGGAGTCTAGCTATATATATCCATATATGGGTCGTGTCTATTAATACGACGGAGGGTAATTGGTTATCACGTCGAATACATGTATAGATATATTGTCTAACGTGTATATTGTTGACTCCTCAGAGCAACCAGAGCACTGTCGAGCATGTATTCGTCTAGACGCGGTCGACCCAATGTTCAACGAGTAAGTCATCTACGGCGTACTTATTTCAAACGTCCATATTATCAGACACGTGGTGATGAGAAGCGTCGACCGACTGCTGTTAATAAGACTCATGACGACACAAAGATGTCACTACAACGTCTACACGAGGATCAGTTTGGTCCAGATTTCGTTTTAGGTCATAATACAGCTTTGTCCACGTTTATCACCTACCCAAGTATTGTTAAGACTGAACCCAATCGGACGCGGTCGTATATCAAGTTGAAACGACTGCGTTTTAAAGGCACATTGAAAATTGAACGTGGACATGGTGGTACGGTGATGGAAGATCCAACGTCTAAGATTGAAGGGGTTTTCTCTATGGTTGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTAAACCCTTCTGGACGACTACATACATTCGACGAACTATTTGGCGCGCGGATCCATAGTCACGGTAATCTAGCTATCGTTCCCGCGCTCAAGGATCGTTTTTACATTAAACATGTAATGAAACGCGTTTTATCGGTCGAGAAGGATACATTAATGGTTGATCTACAGGGATCGACAACGTTTTCCAACAAGCGTTTCAATTGCTGGTCTGCGTTTAATGATCTTGAACGGGATTCATGTAACGGGGTTTACGCAAACATAAGCAAGAACGCCATTCTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATACGCCTTCTAAGGCATCCACATATGTATCATTTGACCTTGAATATGTTGGATGAATAAGAATAATATATTCCACAATACTATCTCCACAGGACCCAGGATCATCTATAAAACAAGCCCCAATTTTCTTATTTTAAAATTGGGAGCGCAGCGGGACACTCTTCAAAATCATGTTCAACCCATAAATTTAATCTGTCAAGTCAACTACAAGATAAGTTTATATAATAAAGAAACGCTAATTTAGAGATTTTGGAGTACTCGGAATACAACTGGTCTTAATGCATTCATGAACAGTCGACTTAACTAACTCGTTCAGCTGCGACATCGACATGGTTATGGTAGATTGCGACCGTTGTATTCCGACGATGGATGCTGATTCCCCGGGGTCTAATACAGTCGTCCCTAACCTGTTTAGTTCCCTGTATGGAAGCATCTCATCGTCCATCTCTAAATCCGCATTTGTAGGACCTGGACCAATCATACTTCTAGTGGCCCAAGATTCACCAGGATTAATTTCTATTGGGCCTCTAAGCCCATATCTGGAAAGTGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCATTTGCCGTATCCAACGTGCCAGAAATCTATATCCTTTTCGCTAAATTGTTTGGTAAGTATCTTTACGGTTGGTGCCCGGAATGGGATGTCGACGGAGTGCTTTGCCGACGATAGCTTTAGCTTGCCCTTGAATTTAGCGAAATGCGTCATCTGATGAACATTCGATTCTGACACTCTATAGTATAATTTCCATGGAATTGGGTCTTTGAGAGAGAAGAATGATGATGAGAAATAGTGGAGATCTATGTTGCATCTAATCGGAAACGTCCAGGATGCTTGCAGCGACTCATTGTCCGTCATGCGTTTGTCGTGGATCTCCACTATTACGGTACCGGAGGCGTTTATAGGTACCTGCTGTCTGTATTCTATGACACAATGGTCGATCTTCATACAACTACGACTCAGGCGCGCAGTTAATTGAGATGCAGTCGACGGAAATTGCAGAACAATTTCTGTTAGGTCGTGAGACAGTTGAAATTCATCCCGATGAGATTCTATATAATTAAATGCGCTTGGAGGAGGAACTAATTGTGAACCCATCTTACTATTAGCTCGATCTAACAATTCTGGATGTGTACCAGTGACCTTAAATAAATTTATAGATGAGGAACGAAGTGAGTTAGGGTTTCAGTGGCATATTTGGTAAATATGAACCGGGACACCAGGGGGAGCTCTCTCTAAAACCTATTATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCCATTTATACAACTCTCTGGGGAGGACACCAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
NP_808801.1
|
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Location
|
203-958 |
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Protein Name
|
AV1 coat protein |
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Coding Region
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ATGCCTAAGCGTGATGCCCCATCGCGTTTAATGGCGGGGACCTCGAAAGTCTCCCGCTCTGCTAACTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCGTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATCTATCGGACGTTCAGAAGTCCCGATGTTCCCAAGGGGTGTGAAGGACCTTGTAAGGTCCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATGTCTCTCATGTTGGCAAGGTAATGTGTATATCTGACGTGACCCGTGGTAACGGTATTACACACCGTGTCGGGAAACGTTTTTGTGTCAAGTCTGTATATATATTAGGGAAGATATGGATGGACGAGAACATCAAGCTGAAGAACCACACTAACAGCGTTATGTTTTGGTTGGTACGAGACCGTAGACCGTATGGGACTCCTATGGAGTTCGGCCAAGTGTTCAACATGTTCGACAATGAGCCCAGTACGGCGACTGTTAAGAACGATCTCCGTGATCGTTTTCAAGTTATGCACAAGTTCTATGCTAAGGTCACTGGTGGTCAATATGCTAGCAACGAGCAAGCGTTGGTTAAAAGATTTTGGAAGGTCAACAACCATGTCGTCTATAACCACCAGGAAGCTGGGAAGTACGAGAATCATACAGAGAATGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCCGTGTATGCGACATTGAAAATACGGATCTATTTTTATGATTCAATAACAAATTAA |
|
Protein Sequence
|
MPKRDAPSRLMAGTSKVSRSANYSPRGGMGPKFNKAAAWVNRPMYRKPRIYRTFRSPDVPKGCEGPCKVQSYEQRHDVSHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMEFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN |
|
NCBI Accession
|
NP_808802.1
|
|
Location
|
955-1353 |
|
Protein Name
|
AC3 |
|
Coding Region
|
ATGGATTTACGCACCGGGGAGAGCATCACTGTGTATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTGTATTTCAAGATAACAGAAGTGGAGGATACCGTCCACTCTCACATGCGGATATATCATATCCAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTACCAAGTCTGGACGGAGTCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAGATTTAAACATTTAGTGCTATTGTACTTAGATAGGTTAGGAGTTATTGGTCTCAATAACGTTGTTAGAGCTGTTTCCTGGGCAACTGATCGTTCTTATGTATATTATGTACACGAGAAGCATGAAATAAAATTTAATCTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MDLRTGESITVYQAENSVFIWEVPNPLYFKITEVEDTVHSHMRIYHIQIRFNHNLRRALNLHKAFLNYQVWTESIRASGTTYLNRFKHLVLLYLDRLGVIGLNNVVRAVSWATDRSYVYYVHEKHEIKFNLY |
|
NCBI Accession
|
NP_808803.1
|
|
Location
|
1100-1489 |
|
Protein Name
|
AC2 |
|
Coding Region
|
ATGCTAAATTCATCTTCCTCGAGAGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAAGATTGCTAAAAGAAGGGCTGTACGTCGACGACGAATCGATCTAAACTGCGGCTGTTCCATATTTTTCCATATCAACTGCACGAACCATGGATTTACGCACCGGGGAGAGCATCACTGTGTATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAGGTTCCAAATCCCCTGTATTTCAAGATAACAGAAGTGGAGGATACCGTCCACTCTCACATGCGGATATATCATATCCAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTACCAAGTCTGGACGGAGTCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAG |
|
Protein Sequence
|
MLNSSSSRAPSIKAQHKIAKRRAVRRRRIDLNCGCSIFFHINCTNHGFTHRGEHHCVSGREFRFYLGGSKSPVFQDNRSGGYRPLSHADISYPNPVQPQPEESTKSSQSVPELPSLDGVDSSFWDDLFK |
|
NCBI Accession
|
NP_808804.1
|
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Location
|
1431-2480 |
|
Protein Name
|
Rep associated protein |
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Coding Region
|
ATGCCACGGAACCCTAATTCATTTCGTTTTACAGCCAGGAACATTTTCTTAACATATCCTCAGTGCGACATCCCCAAAGATGAAGCTATTCAGATGCTTGAGCATCTGCAATGGTCGGTCGTCAAACCAACATATATCAGAGTCGCACGAGAGGAACATTCCGACGGGTTCCCGCACTTACACTGCCTCATACAGTTATCCGGTAAGACTAACATCAAGAATGCTAGATTTTTCGACCTTACTCACCCCAGAAGGGCTGCCTGTTTTCACCCGAACATTCAGGCAGCCAAAGACACCAACGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAGTCCGGGAAATATAAAGTGTCTGGGGGTACAAAATCTAGCAAAGACGACGTATATCACAACGCCGTCAATGCAGGAAGTGCGGGAGAGGCTCTCGACATTATAAAGGCCGGAGATCCTAAAACATTTCTTGTTAGTTATCACAATTTGAAGGCTAACATCGAGCGCCTCTTTCATCAGCCTCCTGAACCATGGGTCCCTCCGTTTCCACTCTCGTCGTTCACACTAGTTCCAGAAGAGTTACAGGAATGGGCTGATGATTATTTTAATAAGGGTTCCGCTGCGCGGCCATATAGAAATATAAGTATAATAGTAGAGGGTGATTCTAGAACCGGCAAGACAATGTGGGCTCGTGCCCTAGGGCGTCATAACTATATCAGTGGGCACCTTGATTTCAATTCTAGGGTTTTCTCGAACGATGCCGAGTATAACGTCATCGATGACGTCGCTCCGCAATACCTAAAGCTAAAGCATTGGAAAGAATTGATTGGGGCCCAGAGAGACTGGCAATCCAACTGTAAATATGGAAAGCCGGTTCAAATTAAAGGTGGGATCCCGTCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGCGAGGGGGCCAGCTATAAAGATTTCCTGGACAAAGCGGAAAATACCGCACTAAAGGCCTGGACATTAAAAAATGCTAAATTCATCTTCCTCGAGAGCCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAAGATTGCTAA |
|
Protein Sequence
|
MPRNPNSFRFTARNIFLTYPQCDIPKDEAIQMLEHLQWSVVKPTYIRVAREEHSDGFPHLHCLIQLSGKTNIKNARFFDLTHPRRAACFHPNIQAAKDTNAVKNYITKEGDYCESGKYKVSGGTKSSKDDVYHNAVNAGSAGEALDIIKAGDPKTFLVSYHNLKANIERLFHQPPEPWVPPFPLSSFTLVPEELQEWADDYFNKGSAARPYRNISIIVEGDSRTGKTMWARALGRHNYISGHLDFNSRVFSNDAEYNVIDDVAPQYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKDFLDKAENTALKAWTLKNAKFIFLESPLYQSTAQDC |
|
NCBI Accession
|
NP_808805.1
|
|
Location
|
523-1287 |
|
Protein Name
|
BV1 |
|
Coding Region
|
ATGTATTCGTCTAGACGCGGTCGACCCAATGTTCAACGAGTAAGTCATCTACGGCGTACTTATTTCAAACGTCCATATTATCAGACACGTGGTGATGAGAAGCGTCGACCGACTGCTGTTAATAAGACTCATGACGACACAAAGATGTCACTACAACGTCTACACGAGGATCAGTTTGGTCCAGATTTCGTTTTAGGTCATAATACAGCTTTGTCCACGTTTATCACCTACCCAAGTATTGTTAAGACTGAACCCAATCGGACGCGGTCGTATATCAAGTTGAAACGACTGCGTTTTAAAGGCACATTGAAAATTGAACGTGGACATGGTGGTACGGTGATGGAAGATCCAACGTCTAAGATTGAAGGGGTTTTCTCTATGGTTGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTAAACCCTTCTGGACGACTACATACATTCGACGAACTATTTGGCGCGCGGATCCATAGTCACGGTAATCTAGCTATCGTTCCCGCGCTCAAGGATCGTTTTTACATTAAACATGTAATGAAACGCGTTTTATCGGTCGAGAAGGATACATTAATGGTTGATCTACAGGGATCGACAACGTTTTCCAACAAGCGTTTCAATTGCTGGTCTGCGTTTAATGATCTTGAACGGGATTCATGTAACGGGGTTTACGCAAACATAAGCAAGAACGCCATTCTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATACGCCTTCTAAGGCATCCACATATGTATCATTTGACCTTGAATATGTTGGATGA |
|
Protein Sequence
|
MYSSRRGRPNVQRVSHLRRTYFKRPYYQTRGDEKRRPTAVNKTHDDTKMSLQRLHEDQFGPDFVLGHNTALSTFITYPSIVKTEPNRTRSYIKLKRLRFKGTLKIERGHGGTVMEDPTSKIEGVFSMVVVVDRKPHVNPSGRLHTFDELFGARIHSHGNLAIVPALKDRFYIKHVMKRVLSVEKDTLMVDLQGSTTFSNKRFNCWSAFNDLERDSCNGVYANISKNAILVYYCWMSDTPSKASTYVSFDLEYVG |
|
NCBI Accession
|
NP_808806.1
|
|
Location
|
1467-2348 |
|
Protein Name
|
BC1 |
|
Coding Region
|
ATGGGTTCACAATTAGTTCCTCCTCCAAGCGCATTTAATTATATAGAATCTCATCGGGATGAATTTCAACTGTCTCACGACCTAACAGAAATTGTTCTGCAATTTCCGTCGACTGCATCTCAATTAACTGCGCGCCTGAGTCGTAGTTGTATGAAGATCGACCATTGTGTCATAGAATACAGACAGCAGGTACCTATAAACGCCTCCGGTACCGTAATAGTGGAGATCCACGACAAACGCATGACGGACAATGAGTCGCTGCAAGCATCCTGGACGTTTCCGATTAGATGCAACATAGATCTCCACTATTTCTCATCATCATTCTTCTCTCTCAAAGACCCAATTCCATGGAAATTATACTATAGAGTGTCAGAATCGAATGTTCATCAGATGACGCATTTCGCTAAATTCAAGGGCAAGCTAAAGCTATCGTCGGCAAAGCACTCCGTCGACATCCCATTCCGGGCACCAACCGTAAAGATACTTACCAAACAATTTAGCGAAAAGGATATAGATTTCTGGCACGTTGGATACGGCAAATGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCACTTTCCAGATATGGGCTTAGAGGCCCAATAGAAATTAATCCTGGTGAATCTTGGGCCACTAGAAGTATGATTGGTCCAGGTCCTACAAATGCGGATTTAGAGATGGACGATGAGATGCTTCCATACAGGGAACTAAACAGGTTAGGGACGACTGTATTAGACCCCGGGGAATCAGCATCCATCGTCGGAATACAACGGTCGCAATCTACCATAACCATGTCGATGTCGCAGCTGAACGAGTTAGTTAAGTCGACTGTTCATGAATGCATTAAGACCAGTTGTATTCCGAGTACTCCAAAATCTCTAAATTAG |
|
Protein Sequence
|
MGSQLVPPPSAFNYIESHRDEFQLSHDLTEIVLQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVSESNVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKILTKQFSEKDIDFWHVGYGKWERRLVKSASLSRYGLRGPIEINPGESWATRSMIGPGPTNADLEMDDEMLPYRELNRLGTTVLDPGESASIVGIQRSQSTITMSMSQLNELVKSTVHECIKTSCIPSTPKSLN |