Squash leaf curl virus

Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_000837705.1
Release date 2015/2/12
Submitter Lazarowitz,S.G., Lazdins,I.B.
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization

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Genome

NC_001936
AACGAAAGGAATTAGGGTTTCGTGGCATATTTCGTAAATATGCATCGGGACACCAGGAGGTGTCCTCTCAACTTTCTCATATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCTATATATACCTCAAGACACATAAAGCCTCTAGGGGACACCAAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATTACCGGATGGCCGCCCGTTTTTGGTGTCCTCTACTTTAGCCCACGGGGCAGGCCCAGGCCCAAATCAACCACAACCTTTTTTTATTTTATGGGACCACTTTAATTATTCCAACCAACCACGTTCCGCCTGACGAGTCTAATAATAATGCCTTGGTGACTAAGTGTGGTCCCTATAAATAAAGCTGACATATCCCATACCTCTTTAATTCAAAATGGTTAAGAGAGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCAAAGGTCTCACGCTCTGCTAACTTTTCGCCTCGTGAAGGTATGGGCCCAAAATTCAACAAGGCCGCTGCATGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATCTATCGCACAATGAGAGGCCCAGACATCCCCAAGGGATGTGAGGGGCCATGCAAGGTTCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATATCTCTCATCTTGGCAAGGTAATGTGTATTTCTGACGTGACGCGTGGTAATGGCATTACTCACCGCGTCGGCAAGCGCTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGCAAGATATGGATGGACGAAAATATCAAGTTGAAGAATCACACGAACAGTGTGATGTTTTGGTTAGTTCGAGACCGTAGACCATATGGCACTCCTATGGATTTCGGCCAGGTGTTCAATATGTTCGACAACGAGCCCAGTACGGCAACTATCAAGAACGATCTACGTGATCGTTATCAAGTCATGCACAGGTTCTACGCGAAGGTCACTGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAACAAGCCTTGGTTAGGCGTTTCTGGAAGGTCAACAACCATGTTGTGTATAACCACCAGGAAGCCGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCTCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTATATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAATTTTGAATTTTATTTCATGATTCTCGAGTACATAATTTACATATGAACGGTCTGTTGCCCAAGATACAGCTCGTATAACGTTATTGAGACCAATAACTCCTAACCTATCTAAGTACAACATAACTAAATGCCTAAATCTATTCAAATATGTCGTCCCAGAAGCTCGAATCGATTCCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGAACGCTTTGTGAAGATTTAGTGCTCTCCTCAGGTTGTGGTTGAACCGGATTTGTATGTGGTATATCCTTGTGTGCGTGTAGAGTGGATCCTCCACNTTGTACATCTTGAAATAGAGGGGATTTGGAACCTCCCAAATAAAAACGGAATTCTCTGCCTGATGCACAGTGATGTCGTCCCATGTGCGTAAATCCATTACCATCTTTGGCGCAGTTGATATGAATGTATATGGAACAGCCACAGTCTAAGTCGATTCTTCGACGACGAACAGCTCTCTTTTTAGCAATCCTGTGCTGTGCTTTGATAGAGGGGACCTTCGAGGAAGATGAATTTGGCATTTTTTTCAGTCCACTCTCTTAGAGCCGAGTTCTCGGCTTTGTCGAGGAAATCTTTATAACTGGACCCCTCTCCAGGATTGCACAGCACGATTGATGGGATTCCACCTTTAATTTGAACCGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCAATCAATTCCTTCCAGTGCTTTAGCTTTAGGTAATGCGGAGCGACGTCATCAATGACGTTATACTTGACGTCATTTGAGAAAACCCTAGAATTGAAATCAAGATGGCCGCTCAAGTAATTATGTGGGCCTAACGACCTAGCCCACATTGTCTTGCCCGTTCTTGAACCACCTTCTATGATTATACTAGTTGGCCTTGCCGCAGCGGAACACTCATTAAAATAATCATCAGCCCAATCTTGTAACTCTTCTGGAACTGACGTGAACGAAGAGAGCTCAAACGGAGGAACCCACGGTTCCGGAGGTTTCTGAAATAATCTCTCGACGTTAGCTAATAAATTGTGATAATTAACGATAAACGTCTTTGGATCACCAGCTTTTATAATGTCGAGAGCTTCTCCCGCACTACCTGCATTAACGGCATTGTGATATACGTCGTCTTTGTTTGACTTTGAACCCCCAGACACTTTATATTGCCCGGATTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAGTTCTTGACGGCGTTGGTGTCTTTGGCAGCCTGAATGTTTGGGTGAAATCGGGCAGACCGTCTGGGGTGAGTGAGGTCGAAAAATCCAGCATCCTTGATGTTGGATTTTCCAGATAATTGAATGAGGCAGTGTAAGTGCGGAGACCCGTCGGAATGTTCCTCTCTGGCGACTCTAACGTAATTCGGTTTGACGACCGACCACGAGAGATGCAGAAGCATCTCAAGAACTTCTTCTTTGGGAACATCGCACCTTGGATAAGTTAAGAATATGTTTCTGGCAGTTA
NC_001937
AACGAAGTGAGTTAGGGTTTGAGTGGCATATTATGTAAATATGCATCGGGACACCAGGAGGTGTCCTCTCAACTTTCTCATATTGCTGGTGTCCTGGTGTCCTATATATACCTCAAGACACATAAAGCCTCTAGGGGACACCAAGGGGCAAAATCGGCCATCCGCAATAATATTACCGGATGGCCGCCCGATTTTTGGTGTCCTCCCCTTTAGCCCACGGCCCAGGCCCATGTTTTGCTTATTGGGCCGACTTTTGACCCATTTAAGCCGCGCGCCTTCTTCCTTCGGGGACCACACAGCACTTTCAACCAATCACGTTGTTACCAACGAACTTCGTTGATATGGACCGTACGACATGTGTGGACCACTGTCACATGATGCTGTGTCAGACGCTCGACTTTAATTCAAATTCACAAAGTGATTATCTTCGTCTTTAATTTGTACTGTCACAGAGTGTTGGACCATCTCTGTGCACTATCGACGATGTCCTTTTGTTCTGTGGACCTTGTTCTGTTAATTTGAATTAATCTTTAGTGCTACCAATTACATTTTAGCTACAAAGTCTAGTTATTGGTCATGGATTGGTTCTTCGTCTATTAATAATTGAAACGTGTAATTGGCTTATGCGTCGAATTCATATATTAGACAACACTTGTATTATCTACACGTATATACATTGTGCAGTCGCTATAGCATCGTCCTTGATGTATTCGACGAGCAATAGACGGGGTCGATCGCAAACTCAGCGAGGTTCTCATGTACGCCGTACAGGTGTCAAGCGTTCATATGGTGCAGCCCGTGGTGATGATAGGCGTCGACCCAACGTGGTATCAAAGACTCAAGTTGAACCGAGAATGACTATTCAGCGTGTTCAAGAGAACCAGTTTGGCCCAGAATTTGTCTTGAGTCAAAACTCAGCGTTGTCCACGTTTGTAACATATCCTAGCTATGTTAAGACTGTTCCCAATCGCACTAGAACGTATATAAAATTGAAACGAGTGCGTTTTAAGGGAACTCTGAAAATTGAACGTGGACAAGGTGACACTATTATGGACGGGCCCAGTTCTAATATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCATCGTGGTTGATCGGAAACCACATGTTAGTCAATCTGGCCGTCTACATACATTTGATGAGTTGTTTGGCGCGCGTATCCATTGTCACGGTAATTTATCTGTCGTACCTGCATTGAAGGACCGTTACTACATTAGACACGTTACGAAGCGTGTGGTGTCTCTTGAAAAGGACACGTTACTGATTGATCTCCATGGTACGACACAACTGTCTAACAAGCGTTATAATTGTTGGGCATCGTTCAGCGATCTTGAACGGGATTCATGTAATGGCGTTTACGGTAACATAACCAAGAACGCTCTGTTAGTGTATTACTGTTGGCTGTCGGATGCCCAGTCCAAGGCATCAACATATGTATCGTTTGAACTGGACTATTTGGGATGATTAAGAATAATAAATTGCACAAGTCCCGCAATTAAATAAGAACTAAATACTGAACAGGGCTGTTTATTCTACTATTAAAAATGGCGCGCAGCGGAACACTCTCCAAAACATGATGAGCACTAGCATTAACAACTAATGTGAGCCTAAAGCGAACTAATAATTTAATTGTGATTAGCTTAGGGATTTTGGAGTGCTCGGGATACAACTGGTTTTAATGCATTCATGTACAGTGGATCTAACTAATTCGTTCAACTGTGACATTGACATGGTGATGTTCGATTGCGACCGTTGTATTCCGACTATTGAAGCTGATTCCCCAGGATCTAAGATGTTAGTTCCCAATCTGTTGAGTTCCCTGTATGGAAGCAGCTCTTCTTCAATATCCAAATCCGCATTTCTGTTAGTTGGGCCTATTGCACTTTTTGTGGCCCAAGATTCACCTGGATTAATTTCAATTGGGCCTCTTAGCCCAAATCTAGATGATGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCACTTGCCGTATCCCACGTGCCAGAAATCAATGTCCTTTTCGCTAAATTGTTTTGCAAGTATCTTTACTGTTGGTGCCCGGAAAGGGATATCAACGGAGTGCTTCGCCGACGATAGCTTCAGTTTGCCCTTGAATTTAGCGAAATGCGTCATTTGATGCACATTCGAGTCTGAGACTCGATAGTATAACTTCCATGGGATTGGGTCTTTTAGAGAGAAGAACGATGATGAAAAATAGTGGAGATCTATGTTACATCTTATCGGAAAAGTCCACGACGCTTGCAGAGATTCATTGTCCGTCATGCGTTTGTCGTGAATCTCCACTATCACCGTACCAGATGCGTTGATCGGAACCTGTTGCCGATATTCTATGACGCAGTGGTCGATTTTCATACAACTACGACTCAGCCTCGCTGTTATCTGAGATGCCGTCGAGGGAAATTGCAGAACAATTTCCGTTAGGTCGTGCGATAACTGAAATTCGTCCCTCTGCGATTCTATGTAATTGAATGCGCTTGGGGGTGGAACTAATTGAGAACCCATTAGCTCTTGTACACACTGAACAAGCAATTTAGGTCAGGACCCTCACTGGAAAATATGAGTTCAGGAGAGATATATGAGG

Gene Information

NCBI Accession NP_047243.2
Location 1619-2634,1->28
Protein Name replication-associated protein
Coding Region ATGCCACGAAACCCTAATTCCTTTCGTTTAACTGCCAGAAACATATTCTTAACTTATCCAAGGTGCGATGTTCCCAAAGAAGAAGTTCTTGAGATGCTTCTGCATCTCTCGTGGTCGGTCGTCAAACCGAATTACGTTAGAGTCGCCAGAGAGGAACATTCCGACGGGTCTCCGCACTTACACTGCCTCATTCAATTATCTGGAAAATCCAACATCAAGGATGCTGGATTTTTCGACCTCACTCACCCCAGACGGTCTGCCCGATTTCACCCAAACATTCAGGCTGCCAAAGACACCAACGCCGTCAAGAACTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAATCCGGGCAATATAAAGTGTCTGGGGGTTCAAAGTCAAACAAAGACGACGTATATCACAATGCCGTTAATGCAGGTAGTGCGGGAGAAGCTCTCGACATTATAAAAGCTGGTGATCCAAAGACGTTTATCGTTAATTATCACAATTTATTAGCTAACGTCGAGAGATTATTTCAGAAACCTCCGGAACCGTGGGTTCCTCCGTTTGAGCTCTCTTCGTTCACGTCAGTTCCAGAAGAGTTACAAGATTGGGCTGATGATTATTTTAATGAGTGTTCCGCTGCGGCAAGGCCAACTAGTATAATCATAGAAGGTGGTTCAAGAACGGGCAAGACAATGTGGGCTAGGTCGTTAGGCCCACATAATTACTTGAGCGGCCATCTTGATTTCAATTCTAGGGTTTTCTCAAATGACGTCAAGTATAACGTCATTGATGACGTCGCTCCGCATTACCTAAAGCTAAAGCACTGGAAGGAATTGATTGGGGCCCAAAGGGACTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCGGTTCAAATTAAAGGTGGAATCCCATCAATCGTGCTGTGCAATCCTGGAGAGGGGTCCAGTTATAAAGATTTCCTCGACAAAGCCGAGAACTCGGCTCTAAGAGAGTGGACTGAAAAAAATGCCAAATTCATCTTCCTCGAAGGTCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGGATTGCTAA
Protein Sequence MPRNPNSFRLTARNIFLTYPRCDVPKEEVLEMLLHLSWSVVKPNYVRVAREEHSDGSPHLHCLIQLSGKSNIKDAGFFDLTHPRRSARFHPNIQAAKDTNAVKNYITKEGDYCESGQYKVSGGSKSNKDDVYHNAVNAGSAGEALDIIKAGDPKTFIVNYHNLLANVERLFQKPPEPWVPPFELSSFTSVPEELQDWADDYFNECSAAARPTSIIIEGGSRTGKTMWARSLGPHNYLSGHLDFNSRVFSNDVKYNVIDDVAPHYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGSSYKDFLDKAENSALREWTEKNAKFIFLEGPLYQSTAQDC

NCBI Accession NP_047244.1
Location 385-1140
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGTTAAGAGAGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCAAAGGTCTCACGCTCTGCTAACTTTTCGCCTCGTGAAGGTATGGGCCCAAAATTCAACAAGGCCGCTGCATGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATCTATCGCACAATGAGAGGCCCAGACATCCCCAAGGGATGTGAGGGGCCATGCAAGGTTCAGTCTTACGAGCAGCGGCATGATATCTCTCATCTTGGCAAGGTAATGTGTATTTCTGACGTGACGCGTGGTAATGGCATTACTCACCGCGTCGGCAAGCGCTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGCAAGATATGGATGGACGAAAATATCAAGTTGAAGAATCACACGAACAGTGTGATGTTTTGGTTAGTTCGAGACCGTAGACCATATGGCACTCCTATGGATTTCGGCCAGGTGTTCAATATGTTCGACAACGAGCCCAGTACGGCAACTATCAAGAACGATCTACGTGATCGTTATCAAGTCATGCACAGGTTCTACGCGAAGGTCACTGGTGGTCAGTATGCGAGCAACGAACAAGCCTTGGTTAGGCGTTTCTGGAAGGTCAACAACCATGTTGTGTATAACCACCAGGAAGCCGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCTCTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCTAACCCTGTATATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA
Protein Sequence MVKRDAPWRLMAGTSKVSRSANFSPREGMGPKFNKAAAWVNRPMYRKPRIYRTMRGPDIPKGCEGPCKVQSYEQRHDISHLGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATIKNDLRDRYQVMHRFYAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNHVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN

NCBI Accession NP_047245.1
Location 1137-1541
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGTAATGGATTTACGCACATGGGACGACATCACTGTGCATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATTTGGGAGGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAANGTGGAGGATCCACTCTACACGCACACAAGGATATACCACATACAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACGGAATCGATTCGAGCTTCTGGGACGACATATTTGAATAGATTTAGGCATTTAGTTATGTTGTACTTAGATAGGTTAGGAGTTATTGGTCTCAATAACGTTATACGAGCTGTATCTTGGGCAACAGACCGTTCATATGTAAATTATGTACTCGAGAATCATGAAATAAAATTCAAAATTTATTAA
Protein Sequence MVMDLRTWDDITVHQAENSVFIWEVPNPLYFKMYXVEDPLYTHTRIYHIQIRFNHNLRRALNLHKAFLNFQVWTESIRASGTTYLNRFRHLVMLYLDRLGVIGLNNVIRAVSWATDRSYVNYVLENHEIKFKIY

NCBI Accession NP_047246.1
Location 1282-1677
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGCCAAATTCATCTTCCTCGAAGGTCCCCTCTATCAAAGCACAGCACAGGATTGCTAAAAAGAGAGCTGTTCGTCGTCGAAGAATCGACTTAGACTGTGGCTGTTCCATATACATTCATATCAACTGCGCCAAAGATGGTAATGGATTTACGCACATGGGACGACATCACTGTGCATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATTTGGGAGGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATGTACAANGTGGAGGATCCACTCTACACGCACACAAGGATATACCACATACAAATCCGGTTCAACCACAACCTGAGGAGAGCACTAAATCTTCACAAAGCGTTCCTGAACTTCCAAGTCTGGACGGAATCGATTCGAGCTTCTGGGACGACATATTTGAATAG
Protein Sequence MPNSSSSKVPSIKAQHRIAKKRAVRRRRIDLDCGCSIYIHINCAKDGNGFTHMGRHHCASGREFRFYLGGSKSPLFQDVQXGGSTLHAHKDIPHTNPVQPQPEESTKSSQSVPELPSLDGIDSSFWDDIFE

NCBI Accession NP_047247.2
Location 705-1475
Protein Name Nuclear shuttle protein
Coding Region ATGTATTCGACGAGCAATAGACGGGGTCGATCGCAAACTCAGCGAGGTTCTCATGTACGCCGTACAGGTGTCAAGCGTTCATATGGTGCAGCCCGTGGTGATGATAGGCGTCGACCCAACGTGGTATCAAAGACTCAAGTTGAACCGAGAATGACTATTCAGCGTGTTCAAGAGAACCAGTTTGGCCCAGAATTTGTCTTGAGTCAAAACTCAGCGTTGTCCACGTTTGTAACATATCCTAGCTATGTTAAGACTGTTCCCAATCGCACTAGAACGTATATAAAATTGAAACGAGTGCGTTTTAAGGGAACTCTGAAAATTGAACGTGGACAAGGTGACACTATTATGGACGGGCCCAGTTCTAATATTGAAGGAGTATTTTCTATGGTCATCGTGGTTGATCGGAAACCACATGTTAGTCAATCTGGCCGTCTACATACATTTGATGAGTTGTTTGGCGCGCGTATCCATTGTCACGGTAATTTATCTGTCGTACCTGCATTGAAGGACCGTTACTACATTAGACACGTTACGAAGCGTGTGGTGTCTCTTGAAAAGGACACGTTACTGATTGATCTCCATGGTACGACACAACTGTCTAACAAGCGTTATAATTGTTGGGCATCGTTCAGCGATCTTGAACGGGATTCATGTAATGGCGTTTACGGTAACATAACCAAGAACGCTCTGTTAGTGTATTACTGTTGGCTGTCGGATGCCCAGTCCAAGGCATCAACATATGTATCGTTTGAACTGGACTATTTGGGATGA
Protein Sequence MYSTSNRRGRSQTQRGSHVRRTGVKRSYGAARGDDRRRPNVVSKTQVEPRMTIQRVQENQFGPEFVLSQNSALSTFVTYPSYVKTVPNRTRTYIKLKRVRFKGTLKIERGQGDTIMDGPSSNIEGVFSMVIVVDRKPHVSQSGRLHTFDELFGARIHCHGNLSVVPALKDRYYIRHVTKRVVSLEKDTLLIDLHGTTQLSNKRYNCWASFSDLERDSCNGVYGNITKNALLVYYCWLSDAQSKASTYVSFELDYLG

NCBI Accession NP_047248.1
Location 1647-2528
Protein Name hypothetical protein
Coding Region ATGGGTTCTCAATTAGTTCCACCCCCAAGCGCATTCAATTACATAGAATCGCAGAGGGACGAATTTCAGTTATCGCACGACCTAACGGAAATTGTTCTGCAATTTCCCTCGACGGCATCTCAGATAACAGCGAGGCTGAGTCGTAGTTGTATGAAAATCGACCACTGCGTCATAGAATATCGGCAACAGGTTCCGATCAACGCATCTGGTACGGTGATAGTGGAGATTCACGACAAACGCATGACGGACAATGAATCTCTGCAAGCGTCGTGGACTTTTCCGATAAGATGTAACATAGATCTCCACTATTTTTCATCATCGTTCTTCTCTCTAAAAGACCCAATCCCATGGAAGTTATACTATCGAGTCTCAGACTCGAATGTGCATCAAATGACGCATTTCGCTAAATTCAAGGGCAAACTGAAGCTATCGTCGGCGAAGCACTCCGTTGATATCCCTTTCCGGGCACCAACAGTAAAGATACTTGCAAAACAATTTAGCGAAAAGGACATTGATTTCTGGCACGTGGGATACGGCAAGTGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCATCATCTAGATTTGGGCTAAGAGGCCCAATTGAAATTAATCCAGGTGAATCTTGGGCCACAAAAAGTGCAATAGGCCCAACTAACAGAAATGCGGATTTGGATATTGAAGAAGAGCTGCTTCCATACAGGGAACTCAACAGATTGGGAACTAACATCTTAGATCCTGGGGAATCAGCTTCAATAGTCGGAATACAACGGTCGCAATCGAACATCACCATGTCAATGTCACAGTTGAACGAATTAGTTAGATCCACTGTACATGAATGCATTAAAACCAGTTGTATCCCGAGCACTCCAAAATCCCTAAGCTAA
Protein Sequence MGSQLVPPPSAFNYIESQRDEFQLSHDLTEIVLQFPSTASQITARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVSDSNVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKILAKQFSEKDIDFWHVGYGKWERRLVKSASSSRFGLRGPIEINPGESWATKSAIGPTNRNADLDIEEELLPYRELNRLGTNILDPGESASIVGIQRSQSNITMSMSQLNELVRSTVHECIKTSCIPSTPKSLS