Rhynchosia mild mosaic virus
Basic Information
| Genus |
Begomovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000891055.1 |
| Isolate |
Puerto Rico |
| Release date |
2015/2/22 |
| Submitter |
Zhao,Z.C., Hu,G.B., Hu,F.C., Wang,H.C., Yang,Z.Y., Lai,B., Idris,A.M., Brown,J.K. |
| Host |
|
| Vector |
|
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGACCGCTGGCTTTGGTGTATGGCCTGTACGCACGTGATGCTGTTGTTCGAATTAAAGATGTTTATTTTGCTTTGTCCAATGACGTTTGTCGTGGCGCGTCTAGATAATTGTGTTCAACTTAGCGCCCAAGTATTGACTGTATATAAATACGAGCTATGTGACGTGGAACTAATCATCTTTAATTCAAAATGCCTAAGCGGGATGCCCCGTGGCGTTCTACTGCGGGGACCTCTAAGGTTAGTCGCAATTTGAATTACTCCCCTGGTGGAGGCCCAAAAACCAACAGGGCCAATGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGGATGTACAGGACCCCCGATGTTCCAAGAGGCTGTGAAGGGCCCTGTAAGATCCAGTCGTTTGAACAACGCCATGATGTTTCGCACGTTGGTAGGGTTATGTGTATATCCGACGTGACACGTGGTAGTGGTATTACCCATCGCGTTGGGAAACGATTTTGTGTTAAGTCTGTGTATATTTTAGGCAAAGTATGGATGGACGACAACATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGTGTTATGTTTTGGTTGGTTAGGGATAGGAGACCATATGGCACCCCTATGGATTTTGGGCAGGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCCAGTACCGCTACTGTTAAGAACGATCTTCGTGATCGTTTCCAGGTGATGCATAAGTTTTATGCCAAGGTTACAGGTGGACAATATGCGAGCAATGAACAGGCAATTGTTAAGCGTTTTTGGAAGGTCAACACTCATGTGGTGTACAACCATCAGGAAGCCGCAAAGTACGAGAACCATACTGAGAACGCTCTATTGTTGTATATGGCTTGTACTCATGCCTCGAACCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTACGATTCGATAATGAATTAATAAAATTTGTATTTTATTTCATGATCTTCAACTACATTATTTACATAACGTCTGTCCGTTGCATATGAGACAGCTCTGATTATATTGTTAACTGAAATAACACCTAAATTGTCTAAGTAATACATGACAAGGTACTTAAATCTACTTAAATAAATCTGCCCAGAAGCTGTCGTCAATGTCGTCCAGACTTGGAAATTGAAGTAGGCTTTGTGAAGTGCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTGGTTGGCTCGGATTTGTATGTCGAACACCGTGCTGTTCGTGTACATCGGACGCTCCACGTTGATTATCTTGAAATAAAGGGGATTTTGAACCTCCCAAATAAAAACGCCATTCGTTGCTTGAGCTGCAGTGATGGGTTCCCCTGTGCGTGAATCCATGATTGCTGCAGTTAATGTGGACGTAAATCGAACAGCCGCACTGCAGATCAAATCTTCTACGTCGAGTCTGTCTCTTCGCGTAACGATGACGAGGTTTGATTGACGGTGGAGTAGAGTGGTTCCTCAATGGAGACGTAGACGGCGTTTTTTTGTGCCCAGTCATTGAGTGATTTGTTTTTCTCTTCTCCGAGATACTCCTTATATGATGAATGGGGACCAGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCTCCTTTAATTTGAATTGGCTTTCCGTATTTGCAGTTTGATTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCCATGAACTCTTTAAAGTGCTTCAGATAATGCGGATCAACGTCATCGATGACGTTATACCACGCATCGTTGGAGTATATCCTTGGGTTGAGATCGATATGACCACATAAATAATTGTGAGGGCCCAGACTTCGGGCCCATATTGTTTTGCCCGTTCTTGATGGACCTTCAACAATGATTGATATCGGTCTCAATGGCCGCGCAGCGGAATCGGAAATATTTTCGTTAACCCAATCGGACATGATTTCTGGGACATTGTTGAACGTGGATAATTGAAACGGAGAAACCCATGGTTCTGGTGGTTTATGAAATATTTTCGTTATGTTGGACACCAGATTGTGATATTGAAGGACGAAATGTTTAGGTTGTTGCTCTTTAATAATCTGCATAGCCTCTTCTGCAGATTCTGCATTTAACGCCCTTGCATATGAATCGTTAGCAGATTGCTGACCTCCTCTAGCAGATCTGCCGTCGATCTGAAATTCTCCCCATTCAATTGTATCGCCGTCCTTGTCGATGTAGGACTTGACGTCGGAGCTTGACTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGAAACCAAGTCGAAGAATCTGTTATTCGTGCACTGGTATTTCCCTTCGAACTGGATGAGCACGTGAAGATGAGGTTCCCCATTTTCATGGAGTTCCGTGCATATTTTGATGAACTTCTTGTTAACTGGAGTTGATAGGTTTTGCAATTGGGAAAGAGCTTCTTCTTTTGTTAGAGAGCATTTGGGGTATGTGAGGAAATAGTTTTTGGCATTTAAGCGGAAACGCTTCTGGAGTGGCATTTTTGTAATAAGAAGGGTGTACCCCGATTGAGGTTCTCAACACTGGCTTATACTATTGGTGTATTGGGGGTCAATATATAGTATACCTTCTTACTAGCATCTGCTGACACGTGGAGGCCATCCGTTATAATATT
ACCGGATGGCCGACCGCTGCCTTTGGTGTATGGTCCCTTTTGCGCTGGAGTGACGCTCTCCCGCTATTGGCGCTCTCTCTCTTCTGACGTGGAGTCTCCTCTACCGTTGGATAAAGCTTATCGCGTTATTGATTTTGAAATTTGAATTATGTGCACGTCGTTTCATGATTATGGTCGTCATGTGAGGCGATAAGGTTTTCTGACACATTGTACGATGTATGAGACGTGGCCCAATAAAATATTATGTGGCGAGTTTAATTATGTTGAGTTGAATAATGTTTGTGTATATAACGACCGAACATGAATAATATTTTAAATCGTCTTTTGACATTAAAACTTGTAATTTTATTTGTACAGGAAAGTTTTAATATGTTTTCGTCGAGATATAGACGTGGTGTACATTATTATGGACGGCAAAATAGTTCAGGTAACAATTTGTTTAAGCGATCATCAAATGTTAAACGTAAGGTTGTTAAACGGCGAATAAGTCATGCAAATAATGTTCAAGAGGATGCGAAAATGGTATCTCAACGCATCCATGAAAATCAGTATGGTCCTGAATTTGTTATGGCGCACAACGCGGCGTTATCTACGTTTATTAATTTCCCTCATTTGGGTCAGAGTCAACCCAATCGGAGCAGGTCATATATTAAGTTAAAACGTCTACGTTTTAAAGGAACGGTTAAGATTGAACGTGTGCATGCTGATGTTAACATGGATGGGTTAAATCCGAAGATTGAAGGAGTGTTCTCTCTTGTAATTGTGGTGGATCGTAAACCTCATTTGAGCTCTACGGGTTGTTTGCATACATTTGATGAATTATTTGGTGCAAGGATCCACAGCCACGGTAATTTAGCTATTACACCGTCATTGAAAGACCGGTTTTATGTTCGCCATGTACTGAAGCGTGTGTTGTCTGTTGAGAAAGACAGTCTGATGGTGGATTTGGAAGGATCTATCGCTCTTTCTAACAGGCGTTTTAATTGTTGGTCTACGTTTAAAGACTTAGATCATGACTCATGTAATGGCGTTTATGACAATATTAGCAAGAACGCCTTGTTAGTATATTATTGTTGGATGTCGGATGTTATGTCTAAGGCATCCACATTTGTATCGTTTGACCTTGACTATGTTGGATGAACATGAATAAAATGAAGATTATAATATAATGTGTATATGTAAATAAAATGTGGCGATTTTATTTCAAAGATTTGGGCTGATTTGGATTACAATTATTGTTTATACATTCTTGAACCGTTGTCCTAACAAGCTCGCTTAATTGGGCTACTGACATTGTAATGTTAGATTGGGCCCTCTGCAACCCGGTTTGTGATGCTGAATCACCTGGGTCTAACGCGCTGGATCCTAAACGATTCAATTCTCTGTATGGGTGTAATGCGTTCTCCAATTCTGACTCTGTGTCCGCTTGATTCAGTCCAACTGTACTTCTGGAAGCCCATGATTCACCTGGCCTTAATTCAATTGGGCCTGGTAGCCCAACTCTTGACATGGATGTGGACCTCAATGTTTTCCTTTCCCATTTGCCGTAGTCCACATGTGAAAAATCAACATCTTTATGTGAAAATTGTTTGGAGTGAATTTTCACTGTTGGTGCCCGGAATGGTATATCCACTGAATGTTTAGCTGTGGACAACTTCAATTTCCCCTTAAACTTGGCAAAATGTGTTCGTTGATGTACATTTGTGTCGCTAACCCTGTAGTATAGCTTCCATGGAATTGGGTCTTTAAGGGAAAAGAACGAACATGAAAAAAAGTGGAGATCTATGTTGCATCGTATGGGAAATGTCCATGACGCTTGTAATGATTCGTCGTCAGTCATTCGTTTGTCATGGATCTCCACAATTACCGACCCAGTCGCGTTTATCGGCACCTGCTGTCTATATTCAATAACGCAATGGTCGATTTTCATACAGCTACGACTAAGTCTTGCTGTTAATTGCGCTGCTGTTGAGGGAAATTGAAGGATTATCTCAGTTAGGTCATGAGACAGTTGATATTCATCCCTATGAGACTCTATATAATTGAAGGCATTTGGAGGATTTGCTAACTGGGAATCCATATATGAACAATTGGCCGCGCAGCGGAACTGGCAGGACAATATGTTTATGAACCACGGATGAACAGAATGAACAACAAGACTATGATAAGCAGGTTATTATGAAACACAATGAACAAGAACAACTGGAAATGAATAACGATAAGCAACTGTTTAAATCATGTTCAATATGCATTTCTGAACGGGGCTGATATGAATATGATGAATAAGAACTGTTTATGCGAAAATTTTTCTGGGTTAACAAATGCTGGTTATGCATATGAATGTTCATTTGCGTTGTTTAAATAGACACGCGGAAGCGTTTGGGTGTGTAATGAAGCGAGAGCGCTCTAAGTGGCATTTTTGTAATAAGAAGGGTGTACCCCGATTGAGGCTCTCAACACTGGCTTATACTATTGGTGTATTGGGGGTCAATATATAGTATACCTTCTTACTAGCATCTGCTGACACGTGGAGGCCATCCGTTATAATATT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
YP_004429236.1
|
|
Location
|
200-949 |
|
Protein Name
|
coat protein |
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Coding Region
|
ATGCCTAAGCGGGATGCCCCGTGGCGTTCTACTGCGGGGACCTCTAAGGTTAGTCGCAATTTGAATTACTCCCCTGGTGGAGGCCCAAAAACCAACAGGGCCAATGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGGATATATCGGATGTACAGGACCCCCGATGTTCCAAGAGGCTGTGAAGGGCCCTGTAAGATCCAGTCGTTTGAACAACGCCATGATGTTTCGCACGTTGGTAGGGTTATGTGTATATCCGACGTGACACGTGGTAGTGGTATTACCCATCGCGTTGGGAAACGATTTTGTGTTAAGTCTGTGTATATTTTAGGCAAAGTATGGATGGACGACAACATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGTGTTATGTTTTGGTTGGTTAGGGATAGGAGACCATATGGCACCCCTATGGATTTTGGGCAGGTGTTTAATATGTTTGACAATGAGCCCAGTACCGCTACTGTTAAGAACGATCTTCGTGATCGTTTCCAGGTGATGCATAAGTTTTATGCCAAGGTTACAGGTGGACAATATGCGAGCAATGAACAGGCAATTGTTAAGCGTTTTTGGAAGGTCAACACTCATGTGGTGTACAACCATCAGGAAGCCGCAAAGTACGAGAACCATACTGAGAACGCTCTATTGTTGTATATGGCTTGTACTCATGCCTCGAACCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATTCGGATCTATTTTTACGATTCGATAATGAATTAA |
|
Protein Sequence
|
MPKRDAPWRSTAGTSKVSRNLNYSPGGGPKTNRANAWVNRPMYRKPRIYRMYRTPDVPRGCEGPCKIQSFEQRHDVSHVGRVMCISDVTRGSGITHRVGKRFCVKSVYILGKVWMDDNIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHKFYAKVTGGQYASNEQAIVKRFWKVNTHVVYNHQEAAKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSIMN |
|
NCBI Accession
|
YP_004429237.1
|
|
Location
|
946-1344 |
|
Protein Name
|
REn |
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Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGGGGAACCCATCACTGCAGCTCAAGCAACGAATGGCGTTTTTATTTGGGAGGTTCAAAATCCCCTTTATTTCAAGATAATCAACGTGGAGCGTCCGATGTACACGAACAGCACGGTGTTCGACATACAAATCCGAGCCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGCACTTCACAAAGCCTACTTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATTGACGACAGCTTCTGGGCAGATTTATTTAAGTAGATTTAAGTACCTTGTCATGTATTACTTAGACAATTTAGGTGTTATTTCAGTTAACAATATAATCAGAGCTGTCTCATATGCAACGGACAGACGTTATGTAAATAATGTAGTTGAAGATCATGAAATAAAATACAAATTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MDSRTGEPITAAQATNGVFIWEVQNPLYFKIINVERPMYTNSTVFDIQIRANHNLRKALALHKAYFNFQVWTTLTTASGQIYLSRFKYLVMYYLDNLGVISVNNIIRAVSYATDRRYVNNVVEDHEIKYKFY |
|
NCBI Accession
|
YP_004429238.1
|
|
Location
|
1091-1507 |
|
Protein Name
|
TrAP |
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Coding Region
|
ATGACTGGGCACAAAAAAACGCCGTCTACGTCTCCATTGAGGAACCACTCTACTCCACCGTCAATCAAACCTCGTCATCGTTACGCGAAGAGACAGACTCGACGTAGAAGATTTGATCTGCAGTGCGGCTGTTCGATTTACGTCCACATTAACTGCAGCAATCATGGATTCACGCACAGGGGAACCCATCACTGCAGCTCAAGCAACGAATGGCGTTTTTATTTGGGAGGTTCAAAATCCCCTTTATTTCAAGATAATCAACGTGGAGCGTCCGATGTACACGAACAGCACGGTGTTCGACATACAAATCCGAGCCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGCACTTCACAAAGCCTACTTCAATTTCCAAGTCTGGACGACATTGACGACAGCTTCTGGGCAGATTTATTTAAGTAG |
|
Protein Sequence
|
MTGHKKTPSTSPLRNHSTPPSIKPRHRYAKRQTRRRRFDLQCGCSIYVHINCSNHGFTHRGTHHCSSSNEWRFYLGGSKSPLFQDNQRGASDVHEQHGVRHTNPSQPQPEESVGTSQSLLQFPSLDDIDDSFWADLFK |
|
NCBI Accession
|
YP_004429239.1
|
|
Location
|
1401-2477 |
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Protein Name
|
Rep |
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Coding Region
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ATGCCACTCCAGAAGCGTTTCCGCTTAAATGCCAAAAACTATTTCCTCACATACCCCAAATGCTCTCTAACAAAAGAAGAAGCTCTTTCCCAATTGCAAAACCTATCAACTCCAGTTAACAAGAAGTTCATCAAAATATGCACGGAACTCCATGAAAATGGGGAACCTCATCTTCACGTGCTCATCCAGTTCGAAGGGAAATACCAGTGCACGAATAACAGATTCTTCGACTTGGTTTCCCCAACCAGGTCAGCACATTTCCATCCGAACATTCAGGGAGCTAAGTCAAGCTCCGACGTCAAGTCCTACATCGACAAGGACGGCGATACAATTGAATGGGGAGAATTTCAGATCGACGGCAGATCTGCTAGAGGAGGTCAGCAATCTGCTAACGATTCATATGCAAGGGCGTTAAATGCAGAATCTGCAGAAGAGGCTATGCAGATTATTAAAGAGCAACAACCTAAACATTTCGTCCTTCAATATCACAATCTGGTGTCCAACATAACGAAAATATTTCATAAACCACCAGAACCATGGGTTTCTCCGTTTCAATTATCCACGTTCAACAATGTCCCAGAAATCATGTCCGATTGGGTTAACGAAAATATTTCCGATTCCGCTGCGCGGCCATTGAGACCGATATCAATCATTGTTGAAGGTCCATCAAGAACGGGCAAAACAATATGGGCCCGAAGTCTGGGCCCTCACAATTATTTATGTGGTCATATCGATCTCAACCCAAGGATATACTCCAACGATGCGTGGTATAACGTCATCGATGACGTTGATCCGCATTATCTGAAGCACTTTAAAGAGTTCATGGGGGCCCAAAGGGACTGGCAATCAAACTGCAAATACGGAAAGCCAATTCAAATTAAAGGAGGAATTCCCACTATCTTCCTCTGCAATCCTGGTCCCCATTCATCATATAAGGAGTATCTCGGAGAAGAGAAAAACAAATCACTCAATGACTGGGCACAAAAAAACGCCGTCTACGTCTCCATTGAGGAACCACTCTACTCCACCGTCAATCAAACCTCGTCATCGTTACGCGAAGAGACAGACTCGACGTAG |
|
Protein Sequence
|
MPLQKRFRLNAKNYFLTYPKCSLTKEEALSQLQNLSTPVNKKFIKICTELHENGEPHLHVLIQFEGKYQCTNNRFFDLVSPTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKSYIDKDGDTIEWGEFQIDGRSARGGQQSANDSYARALNAESAEEAMQIIKEQQPKHFVLQYHNLVSNITKIFHKPPEPWVSPFQLSTFNNVPEIMSDWVNENISDSAARPLRPISIIVEGPSRTGKTIWARSLGPHNYLCGHIDLNPRIYSNDAWYNVIDDVDPHYLKHFKEFMGAQRDWQSNCKYGKPIQIKGGIPTIFLCNPGPHSSYKEYLGEEKNKSLNDWAQKNAVYVSIEEPLYSTVNQTSSSLREETDST |
|
NCBI Accession
|
YP_004429240.1
|
|
Location
|
370-1140 |
|
Protein Name
|
movement protein |
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Coding Region
|
ATGTTTTCGTCGAGATATAGACGTGGTGTACATTATTATGGACGGCAAAATAGTTCAGGTAACAATTTGTTTAAGCGATCATCAAATGTTAAACGTAAGGTTGTTAAACGGCGAATAAGTCATGCAAATAATGTTCAAGAGGATGCGAAAATGGTATCTCAACGCATCCATGAAAATCAGTATGGTCCTGAATTTGTTATGGCGCACAACGCGGCGTTATCTACGTTTATTAATTTCCCTCATTTGGGTCAGAGTCAACCCAATCGGAGCAGGTCATATATTAAGTTAAAACGTCTACGTTTTAAAGGAACGGTTAAGATTGAACGTGTGCATGCTGATGTTAACATGGATGGGTTAAATCCGAAGATTGAAGGAGTGTTCTCTCTTGTAATTGTGGTGGATCGTAAACCTCATTTGAGCTCTACGGGTTGTTTGCATACATTTGATGAATTATTTGGTGCAAGGATCCACAGCCACGGTAATTTAGCTATTACACCGTCATTGAAAGACCGGTTTTATGTTCGCCATGTACTGAAGCGTGTGTTGTCTGTTGAGAAAGACAGTCTGATGGTGGATTTGGAAGGATCTATCGCTCTTTCTAACAGGCGTTTTAATTGTTGGTCTACGTTTAAAGACTTAGATCATGACTCATGTAATGGCGTTTATGACAATATTAGCAAGAACGCCTTGTTAGTATATTATTGTTGGATGTCGGATGTTATGTCTAAGGCATCCACATTTGTATCGTTTGACCTTGACTATGTTGGATGA |
|
Protein Sequence
|
MFSSRYRRGVHYYGRQNSSGNNLFKRSSNVKRKVVKRRISHANNVQEDAKMVSQRIHENQYGPEFVMAHNAALSTFINFPHLGQSQPNRSRSYIKLKRLRFKGTVKIERVHADVNMDGLNPKIEGVFSLVIVVDRKPHLSSTGCLHTFDELFGARIHSHGNLAITPSLKDRFYVRHVLKRVLSVEKDSLMVDLEGSIALSNRRFNCWSTFKDLDHDSCNGVYDNISKNALLVYYCWMSDVMSKASTFVSFDLDYVG |
|
NCBI Accession
|
YP_004429241.1
|
|
Location
|
1199-2080 |
|
Protein Name
|
nuclear shuttle protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCCCAGTTAGCAAATCCTCCAAATGCCTTCAATTATATAGAGTCTCATAGGGATGAATATCAACTGTCTCATGACCTAACTGAGATAATCCTTCAATTTCCCTCAACAGCAGCGCAATTAACAGCAAGACTTAGTCGTAGCTGTATGAAAATCGACCATTGCGTTATTGAATATAGACAGCAGGTGCCGATAAACGCGACTGGGTCGGTAATTGTGGAGATCCATGACAAACGAATGACTGACGACGAATCATTACAAGCGTCATGGACATTTCCCATACGATGCAACATAGATCTCCACTTTTTTTCATGTTCGTTCTTTTCCCTTAAAGACCCAATTCCATGGAAGCTATACTACAGGGTTAGCGACACAAATGTACATCAACGAACACATTTTGCCAAGTTTAAGGGGAAATTGAAGTTGTCCACAGCTAAACATTCAGTGGATATACCATTCCGGGCACCAACAGTGAAAATTCACTCCAAACAATTTTCACATAAAGATGTTGATTTTTCACATGTGGACTACGGCAAATGGGAAAGGAAAACATTGAGGTCCACATCCATGTCAAGAGTTGGGCTACCAGGCCCAATTGAATTAAGGCCAGGTGAATCATGGGCTTCCAGAAGTACAGTTGGACTGAATCAAGCGGACACAGAGTCAGAATTGGAGAACGCATTACACCCATACAGAGAATTGAATCGTTTAGGATCCAGCGCGTTAGACCCAGGTGATTCAGCATCACAAACCGGGTTGCAGAGGGCCCAATCTAACATTACAATGTCAGTAGCCCAATTAAGCGAGCTTGTTAGGACAACGGTTCAAGAATGTATAAACAATAATTGTAATCCAAATCAGCCCAAATCTTTGAAATAA |
|
Protein Sequence
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MDSQLANPPNAFNYIESHRDEYQLSHDLTEIILQFPSTAAQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINATGSVIVEIHDKRMTDDESLQASWTFPIRCNIDLHFFSCSFFSLKDPIPWKLYYRVSDTNVHQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKIHSKQFSHKDVDFSHVDYGKWERKTLRSTSMSRVGLPGPIELRPGESWASRSTVGLNQADTESELENALHPYRELNRLGSSALDPGDSASQTGLQRAQSNITMSVAQLSELVRTTVQECINNNCNPNQPKSLK |