Pepper leafroll virus


Basic Information

Genus Begomovirus
NCBI Assembly GCF_004787035.1
Isolate Peru: La Libertad, San Carlos Alto
Release date 2019/6/28
Submitter Martinez-Ayala,A., Sanchez-Campos,S., Aragon-Caballero,L., Navas-Castillo,J., Moriones,E.
Host
Download Genome |GFF3 |PEP |CDS

Genomic Organization


JBrowse


Genome

NC_050698
ACCGGATGGCCGCCGGGGACCGCTTTATCTTTGCACGTGGTGCAATCCCTGCCCTCCCTTGGCGTTAGTTTAAGGCCTAGAGATTTGCGAATTCAATTGAGCGCATTTTTGAGGTCCGCGAATTCAGTTAAGCGCATTATTTGAAATCCGCCCGTCTAGTCGTCCTCTACTTTAATTTGAATTAAAGCGTAGCTTTTCTATATAACCAATGAATTCGCGATTGTGGAATCTATATAGTCGTTATAAACCTTCGAATGTCGTGACGTTATATTTGTGTATGATTCCACTACGTACTACATATGACCTGGACCAATCACATTTCTTGTGTATAGTCAATTTAACAAGTGATTAATTCATTGAGCATTATATATGACCTATGGAATGAGTTATGAGTCATATGCATATTTGGAATCTCACTATGAATTCATGGAAATATGGACGTCGCGTTACTTGTACTGGTCGTCGAAATACTAATAGGTATTCCAAATATAAACGTACATATGGTGTGAAAAGGACCCAGTTGAACCAGGGTCCACTACTTCGAATAAGGGCCATGAAGATATGCCAGTGTCAGCCCAACGGATACATGAGAACCAATATGGGCCTGAGTTTGTTATGGCCCAAAATACAGCCATATCTAGTTACATCACATATCCTACACTTGGTAAGGGTGACTCTTGTCGATCACGGAGTTATATTAAGTTAAAACGTCTGCGTTTCAAAGGTACACTAAAGATTGAACGTATTAATCCGGATGTGAATATGCAAGATTTAAGCCCGAAGATTGAAGGTGTATTTTCTATGGTAATTGTTGTTGATCGTAAACCTCATCTTGGGGCATCTGGACGTCTGCATACGTTTGATGAACTATTTGGAGCAAGGATACATAGCCATGGGAATTTGGTTGTTACTGCTGCACAGAGAGACCGTTTTTATATACGGCATGTGTTTAAGCAAGTTATGTCCGTTGAAAATGATTCTACAATGGTCGATTTGGAAGGAGTGACATATTTATCGAACAGGCGTTATAATTGCTGGTCTACATTTAAAGACGTTGATCGTGATTCATGTAATGGGGTTTATGATAATATTAGCAAAAATGCTGTGTTAGTCTATTATTGCTGGATGACGGATATTCTATCTAAGGCATCGACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATATTGGATGAAATAATAACCATTTAACATATGACATGAATTTTTACTATTTAAAAAGAATTTGATATAAAAAACAAGTGCATAAGGCTTTATTTCAAGGATTTGGTCTCAGTAGGAGTACAGTTATTTTTAATACATTCCTGGGCCGCAGTCTTAACCAATTCATTTAACTGGGCCATAGACATTGTTATGTTGGACTCTGCTCGTCGCGCACCTACAATTGATGCGGAGTCACCTGGGTCTAATAAGCTCGTACCTATTCTGTGTAGTTCTTTGTAAGGATGTAGTGCGCTCTCAATATCAGAGTCCGCATCTGTATGACCAGACCCGATAGTACTTCGTGTTGCCCATGTTTCACCTGGTGCTATTGTAATTGGGCTGTGTAGCCCATATCTTGAACTGGATGCGGACCTGATGAGTTTCCTTTCATATTTGCCGTACCCAACATGCGAGAAATCTATATCTTTCTCGGTAAACTGCTTAGACAATATTTTTACAGTTGGGGGTCTGAAAGGAATATCCACGGAATGTTTAGCCGTCGATAATTTCAGCTTGCCTTTGAATTTGGCAAAATGTGTCCTTTGATGAACATTCGTGTCGCTAACTCTATAATATAATTTCCATGGAATTGGGTCTTTAAGCGAAAAGAATGACGAAGAGAAATAGTGGAGGTCTATGTTACATCTTATGGGAAATGTCCATGACGCTTGCAATGACTCATTATCAGTCATTCTTTTATCATGAATCTCCACTATTACAGAACCAGATGCGTTAATCGGTACTTGTTGTCTGTATTCAATGACGCAATGGTCAATTTTCATACAGCTACGACTCAGTCTTGCAGTAAGTTGTGAAGCTGTTGAAGGAAACTGCAAAATAATCTCAGTTAAGTCGTGAGATAATTGATATTCATCACGTTGAGATTCGACATAATTAAACGCTGTTGGTGGGAAATCTAGCTGTGAACCCATACTGCTTGATGCTACTAATATGAAAATTCGGCCGCGCAGCTGAACTGGAACCTGAAATCAATATGAGGGAATAAAATAAGATTTGGTTATGTGAATATGGAACTCGTAACAATCAGCGGTTGTCTAAAGTTATATGCATATATGTTATTTTGCAGAACGTTAATCTTGTTTATATAGAGTGATATGAAATGTTATACTATTTTCTAATATGTTGAATAATTTCCGATAAGGGCATTTTAGGGAATATTGAATGAGTACCGATTGCTCGCCCTCAAACTTGGCGAAATGAATTGGGGAATGGTACTCAATTTATAGTAGAGTCATTTAATTTTTATGCGACACGTGGCGGCCATCCGTTATATAATATT

NC_043517
ACCGGATGGCCGCCTGACCCCCTTTTATAGTTGGCCCACAACGAACGTACGATCCAATGAGAATGCGTCTGGCACGTCTAATTAAATGACTTTGACCCTAAGTTGTGGGCCTATAAATTTGAAATATGTGACGTTGCACTCTTGCCTTTAATTCAAAATGCCAAAGCGGGATGCCCCATGGCGTACTATGGCGGGGACCTCCAAGGTGTCTCGTAATGCCAACTATTCCCCTCGTGGTGGTCCAAAGTTTGACAAGGCCTCTGCTTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATTTACCGGACTCTACGAGGGCCCGATGTTCCAAGAGGTTGTGAAGGGCCTTGTAAGGTGCAGTCTTACGAGCAACGTCATGATATTTCCCATGTTGGTAAAGTTATGTGTATATCTGATGTCACGCGTGGTAACGGTATTACCCATCGTGTAGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGTAAGATATGGATGGACGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTGATGTTCTGGTTGGTGAGAGACCGTAGACCTTATTCCACGCCTATGGACTTTGGTCAAGTATTCAACATGTTTGATAATGAACCCAGTACTGCCACGGTGAAAAATGATTTGCGTGACCGTTATCAAGTTATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTTACTGGTGGACAATATGCAAGTAACGAACAGGCGTTGGTCAAACGTTTCTGGAAGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCGGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAATGCGTTACTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCTGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATATTAAATTAATAAATTTTGAATTTTATTTCATGATTCTCAAGTACATAATTTACATATGCTCTGTCTGTTGCGTAACGAACAGCTCTGATTACATTGTTGAGTCCAATAACACCTACTCTATCTAAAAACGACAATACTAAATATTTAAATCTACTTAAATATATCTGCCCAGAAGCTGTCGTCAATGTCGTCCAAACTTGGAAATTGAGAAATGCCTTGTGGAGATCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTGGTTGAAGCGTATCTGGACGTGGAATATTGTTGTCCTCGTGTAGAGAGGCTTCTCTACGTTGGTTATTTTGAAATAGAGGGGATTTTCTATCTCCCAGGTATATACGCCATTCTCTGCTTGAGGCACAGTGATGAGTTCCCCTGTGCGTAAATCCGTCGTTGCAGCAGTTGATGTGGACATAAATAGAACACCCACAATTAAGGTCGATGCGTCTACGTCTAGGTGCTCTACGTTTCGCTGCTGTGTGCTGTGCTTTGATACAAGGGGGCGTTGAGAGTGATGAATTTCGCATTATGGAGTGTCCACGATTTTAGCGATGCATTTTCCTGTCTGTCAAGGAAATATTTATAACTGGCCCCCTCTCCTGGATTGCACAGCACGATAGCGGGAATTCCTCCTTTAATTTGAACTGGCTTCCCGTATTTGCAGTTTGATTGCCAGTCCTTTTGAGCCCCAATTATCTCTTTCCAATGTTTCATCTTTAAATATTGCGGACTGACATCATCAATGACGTTGTACTCTGCATTATTTGAGTACACATTTGAATTAAAGTCGAGATGTCCGCTTAAATAATTATGTGGCCCTAGTGCACGCGCCCACATTGTCTTCCCTGTTCGACTATCACCTTCGATGATGATACTAATAGGTCTTTCCGGCCGCGCAGCGGCACCTCTCCCAAAATAATCATCAGCCCAATCTTGCATTTCTTTTGGGACATTATTGAACGAGGAGAGGTGGAATGGAGGTACCCAAGGTTCTGGAGCCTTTTGAAATAACTTATTAATATGCCCCCTAATTTTGTCTAAATGAAGAACATAATCTCTTGGCTGTTCTTCTCTTAATATATTAAGTGCCGTTGATGCACACTGTGCATTGAGAACCTTGGCGTACGTATCATTGGCAGATTGGCAACCTCCTCTAGCTGATCTTCCATCGACTTGGAAAATTCCAAAATCAATGAAGTCTCCGTCTTTCTCCATGTAGGTCTTGACATCTGACGAGCTCTTAGCTCCCTGAATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTTGTTGGGGAGACCAAGTCGAAGAATCTTGGATTTTGGCATCTGAATTTTCCTTCGAACTGGATAAGCACGTGTAGATGAGGTTGCCCATCCTCATGGAGTTCTCTTGTAACGCGAATGAACTTCTTATTTGTTGGTGTATTGAGTTGCTGTATCTGTGCAAGAGCTTCTTCTTTGGTTAATGGACAATGAGGGTATGTGAGGAAGAAGTTCTTCGCACTTACTTGAAAACGCTTTGGTAAGGGCATTTTAGGGAATATTGAATGAGTACCGATTGCTCGCCCTCAAACTTGGCGAAATGAATTGGGGAATGGTACTCAATTTATAGTAGAGTCATTTAATTTTTATGCGACACGTGGCGGCCATCCGTTATATAATATT

Gene Information

NCBI Accession YP_009927293.1
Location 562-1188
Gene Name BV1
Protein Name NSP
Coding Region ATGCCAGTGTCAGCCCAACGGATACATGAGAACCAATATGGGCCTGAGTTTGTTATGGCCCAAAATACAGCCATATCTAGTTACATCACATATCCTACACTTGGTAAGGGTGACTCTTGTCGATCACGGAGTTATATTAAGTTAAAACGTCTGCGTTTCAAAGGTACACTAAAGATTGAACGTATTAATCCGGATGTGAATATGCAAGATTTAAGCCCGAAGATTGAAGGTGTATTTTCTATGGTAATTGTTGTTGATCGTAAACCTCATCTTGGGGCATCTGGACGTCTGCATACGTTTGATGAACTATTTGGAGCAAGGATACATAGCCATGGGAATTTGGTTGTTACTGCTGCACAGAGAGACCGTTTTTATATACGGCATGTGTTTAAGCAAGTTATGTCCGTTGAAAATGATTCTACAATGGTCGATTTGGAAGGAGTGACATATTTATCGAACAGGCGTTATAATTGCTGGTCTACATTTAAAGACGTTGATCGTGATTCATGTAATGGGGTTTATGATAATATTAGCAAAAATGCTGTGTTAGTCTATTATTGCTGGATGACGGATATTCTATCTAAGGCATCGACATTTGTATCATTTGATCTTGATTATATTGGATGA
Protein Sequence MPVSAQRIHENQYGPEFVMAQNTAISSYITYPTLGKGDSCRSRSYIKLKRLRFKGTLKIERINPDVNMQDLSPKIEGVFSMVIVVDRKPHLGASGRLHTFDELFGARIHSHGNLVVTAAQRDRFYIRHVFKQVMSVENDSTMVDLEGVTYLSNRRYNCWSTFKDVDRDSCNGVYDNISKNAVLVYYCWMTDILSKASTFVSFDLDYIG

NCBI Accession YP_009927294.1
Location 1267-2148
Gene Name BC1
Protein Name MP
Coding Region ATGGGTTCACAGCTAGATTTCCCACCAACAGCGTTTAATTATGTCGAATCTCAACGTGATGAATATCAATTATCTCACGACTTAACTGAGATTATTTTGCAGTTTCCTTCAACAGCTTCACAACTTACTGCAAGACTGAGTCGTAGCTGTATGAAAATTGACCATTGCGTCATTGAATACAGACAACAAGTACCGATTAACGCATCTGGTTCTGTAATAGTGGAGATTCATGATAAAAGAATGACTGATAATGAGTCATTGCAAGCGTCATGGACATTTCCCATAAGATGTAACATAGACCTCCACTATTTCTCTTCGTCATTCTTTTCGCTTAAAGACCCAATTCCATGGAAATTATATTATAGAGTTAGCGACACGAATGTTCATCAAAGGACACATTTTGCCAAATTCAAAGGCAAGCTGAAATTATCGACGGCTAAACATTCCGTGGATATTCCTTTCAGACCCCCAACTGTAAAAATATTGTCTAAGCAGTTTACCGAGAAAGATATAGATTTCTCGCATGTTGGGTACGGCAAATATGAAAGGAAACTCATCAGGTCCGCATCCAGTTCAAGATATGGGCTACACAGCCCAATTACAATAGCACCAGGTGAAACATGGGCAACACGAAGTACTATCGGGTCTGGTCATACAGATGCGGACTCTGATATTGAGAGCGCACTACATCCTTACAAAGAACTACACAGAATAGGTACGAGCTTATTAGACCCAGGTGACTCCGCATCAATTGTAGGTGCGCGACGAGCAGAGTCCAACATAACAATGTCTATGGCCCAGTTAAATGAATTGGTTAAGACTGCGGCCCAGGAATGTATTAAAAATAACTGTACTCCTACTGAGACCAAATCCTTGAAATAA
Protein Sequence MGSQLDFPPTAFNYVESQRDEYQLSHDLTEIILQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGSVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVSDTNVHQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRPPTVKILSKQFTEKDIDFSHVGYGKYERKLIRSASSSRYGLHSPITIAPGETWATRSTIGSGHTDADSDIESALHPYKELHRIGTSLLDPGDSASIVGARRAESNITMSMAQLNELVKTAAQECIKNNCTPTETKSLK

NCBI Accession YP_009666355.1
Location 158-907
Gene Name AV1
Protein Name CP
Coding Region ATGCCAAAGCGGGATGCCCCATGGCGTACTATGGCGGGGACCTCCAAGGTGTCTCGTAATGCCAACTATTCCCCTCGTGGTGGTCCAAAGTTTGACAAGGCCTCTGCTTGGGTGAACAGGCCCATGTATAGGAAGCCCAGGATTTACCGGACTCTACGAGGGCCCGATGTTCCAAGAGGTTGTGAAGGGCCTTGTAAGGTGCAGTCTTACGAGCAACGTCATGATATTTCCCATGTTGGTAAAGTTATGTGTATATCTGATGTCACGCGTGGTAACGGTATTACCCATCGTGTAGGTAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTGTACATTTTAGGTAAGATATGGATGGACGAGAATATCAAGTTGAAGAACCACACCAACAGCGTGATGTTCTGGTTGGTGAGAGACCGTAGACCTTATTCCACGCCTATGGACTTTGGTCAAGTATTCAACATGTTTGATAATGAACCCAGTACTGCCACGGTGAAAAATGATTTGCGTGACCGTTATCAAGTTATGCACAAGTTTTATGCTAAGGTTACTGGTGGACAATATGCAAGTAACGAACAGGCGTTGGTCAAACGTTTCTGGAAGGTTAACAACTATGTGGTCTACAACCATCAGGAAGCGGGGAAATACGAGAATCATACGGAGAATGCGTTACTATTGTATATGGCATGTACTCATGCGTCTAATCCTGTGTATGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATATTAAATTAA
Protein Sequence MPKRDAPWRTMAGTSKVSRNANYSPRGGPKFDKASAWVNRPMYRKPRIYRTLRGPDVPRGCEGPCKVQSYEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYSTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVMHKFYAKVTGGQYASNEQALVKRFWKVNNYVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSILN

NCBI Accession YP_009666356.1
Location 904-1326
Gene Name AC3
Protein Name TrAP
Coding Region ATGTCCACATCAACTGCTGCAACGACGGATTTACGCACAGGGGAACTCATCACTGTGCCTCAAGCAGAGAATGGCGTATATACCTGGGAGATAGAAAATCCCCTCTATTTCAAAATAACCAACGTAGAGAAGCCTCTCTACACGAGGACAACAATATTCCACGTCCAGATACGCTTCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGATCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTTTGGACGACATTGACGACAGCTTCTGGGCAGATATATTTAAGTAGATTTAAATATTTAGTATTGTCGTTTTTAGATAGAGTAGGTGTTATTGGACTCAACAATGTAATCAGAGCTGTTCGTTACGCAACAGACAGAGCATATGTAAATTATGTACTTGAGAATCATGAAATAAAATTCAAAATTTATTAA
Protein Sequence MSTSTAATTDLRTGELITVPQAENGVYTWEIENPLYFKITNVEKPLYTRTTIFHVQIRFNHNLRKALDLHKAFLNFQVWTTLTTASGQIYLSRFKYLVLSFLDRVGVIGLNNVIRAVRYATDRAYVNYVLENHEIKFKIY

NCBI Accession YP_009666357.1
Location 1049-1438
Gene Name AC2
Protein Name REn
Coding Region ATGCGAAATTCATCACTCTCAACGCCCCCTTGTATCAAAGCACAGCACACAGCAGCGAAACGTAGAGCACCTAGACGTAGACGCATCGACCTTAATTGTGGGTGTTCTATTTATGTCCACATCAACTGCTGCAACGACGGATTTACGCACAGGGGAACTCATCACTGTGCCTCAAGCAGAGAATGGCGTATATACCTGGGAGATAGAAAATCCCCTCTATTTCAAAATAACCAACGTAGAGAAGCCTCTCTACACGAGGACAACAATATTCCACGTCCAGATACGCTTCAACCACAACCTGAGGAAAGCGTTGGATCTCCACAAGGCATTTCTCAATTTCCAAGTTTGGACGACATTGACGACAGCTTCTGGGCAGATATATTTAAGTAG
Protein Sequence MRNSSLSTPPCIKAQHTAAKRRAPRRRRIDLNCGCSIYVHINCCNDGFTHRGTHHCASSREWRIYLGDRKSPLFQNNQRREASLHEDNNIPRPDTLQPQPEESVGSPQGISQFPSLDDIDDSFWADIFK

NCBI Accession YP_009666358.1
Location 1374-2435
Gene Name AC1
Protein Name Rep
Coding Region ATGCCCTTACCAAAGCGTTTTCAAGTAAGTGCGAAGAACTTCTTCCTCACATACCCTCATTGTCCATTAACCAAAGAAGAAGCTCTTGCACAGATACAGCAACTCAATACACCAACAAATAAGAAGTTCATTCGCGTTACAAGAGAACTCCATGAGGATGGGCAACCTCATCTACACGTGCTTATCCAGTTCGAAGGAAAATTCAGATGCCAAAATCCAAGATTCTTCGACTTGGTCTCCCCAACAAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGGGAGCTAAGAGCTCGTCAGATGTCAAGACCTACATGGAGAAAGACGGAGACTTCATTGATTTTGGAATTTTCCAAGTCGATGGAAGATCAGCTAGAGGAGGTTGCCAATCTGCCAATGATACGTACGCCAAGGTTCTCAATGCACAGTGTGCATCAACGGCACTTAATATATTAAGAGAAGAACAGCCAAGAGATTATGTTCTTCATTTAGACAAAATTAGGGGGCATATTAATAAGTTATTTCAAAAGGCTCCAGAACCTTGGGTACCTCCATTCCACCTCTCCTCGTTCAATAATGTCCCAAAAGAAATGCAAGATTGGGCTGATGATTATTTTGGGAGAGGTGCCGCTGCGCGGCCGGAAAGACCTATTAGTATCATCATCGAAGGTGATAGTCGAACAGGGAAGACAATGTGGGCGCGTGCACTAGGGCCACATAATTATTTAAGCGGACATCTCGACTTTAATTCAAATGTGTACTCAAATAATGCAGAGTACAACGTCATTGATGATGTCAGTCCGCAATATTTAAAGATGAAACATTGGAAAGAGATAATTGGGGCTCAAAAGGACTGGCAATCAAACTGCAAATACGGGAAGCCAGTTCAAATTAAAGGAGGAATTCCCGCTATCGTGCTGTGCAATCCAGGAGAGGGGGCCAGTTATAAATATTTCCTTGACAGACAGGAAAATGCATCGCTAAAATCGTGGACACTCCATAATGCGAAATTCATCACTCTCAACGCCCCCTTGTATCAAAGCACAGCACACAGCAGCGAAACGTAG
Protein Sequence MPLPKRFQVSAKNFFLTYPHCPLTKEEALAQIQQLNTPTNKKFIRVTRELHEDGQPHLHVLIQFEGKFRCQNPRFFDLVSPTRSAHFHPNIQGAKSSSDVKTYMEKDGDFIDFGIFQVDGRSARGGCQSANDTYAKVLNAQCASTALNILREEQPRDYVLHLDKIRGHINKLFQKAPEPWVPPFHLSSFNNVPKEMQDWADDYFGRGAAARPERPISIIIEGDSRTGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNSNVYSNNAEYNVIDDVSPQYLKMKHWKEIIGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPAIVLCNPGEGASYKYFLDRQENASLKSWTLHNAKFITLNAPLYQSTAHSSET

NCBI Accession YP_009666359.1
Location 1985-2284
Gene Name AC4
Protein Name AC4
Coding Region ATGAGGATGGGCAACCTCATCTACACGTGCTTATCCAGTTCGAAGGAAAATTCAGATGCCAAAATCCAAGATTCTTCGACTTGGTCTCCCCAACAAGGTCAGCACATTTCCATCCAAACATTCAGGGAGCTAAGAGCTCGTCAGATGTCAAGACCTACATGGAGAAAGACGGAGACTTCATTGATTTTGGAATTTTCCAAGTCGATGGAAGATCAGCTAGAGGAGGTTGCCAATCTGCCAATGATACGTACGCCAAGGTTCTCAATGCACAGTGTGCATCAACGGCACTTAATATATTAA
Protein Sequence MRMGNLIYTCLSSSKENSDAKIQDSSTWSPQQGQHISIQTFRELRARQMSRPTWRKTETSLILEFSKSMEDQLEEVANLPMIRTPRFSMHSVHQRHLIY