Pepper golden mosaic virus
Basic Information
| Genus |
Begomovirus
|
| NCBI Assembly |
GCF_000842765.1 |
| Release date |
2015/2/12 |
| Submitter |
Torres-Pacheco,I., Garzon-Tiznado,J.A., Brown,J.K., Becerra-Flora,A., Rivera-Bustamante,R.F., Mendez-Lozano,J., Fauquet,C.M. |
| Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
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Genome
ACTGGATGGCCGCGATTTTTTGGAGTCCTGCCAGCCTGTCCCCCACTATCTTTGTGACTCCAGGCACATTTCCCAAAGCATGGGCCCACAATGTCCCATCACCCGGGACCACTACAACTGAAGGCTGTTCTTTTTTTGGAGATCAATCAGGACCGTTGGCTAAACCTTATCGCGCCCGTTCTTTTGAAATTTGAATTATTGGCGCGATTACCAATAAATGGACCATGTGTATAACTGGGTCGATGTTGACAGATTTGTATTTGAGCAGTACATGGTCCAGTAAAAACTCAAGTGTAGAGTTATGTAATTTGAAATGATAATCGTGTTGACTATATAATGGACTTGAGTTTTGATACATGAAATCGTCAGTTAAGGATTAAAGATATACATCGTTCTAATATGTATCAGTCAAGGTATACACGTGTGGCACCCTATGTGCAGAGACGATTTCAACGACGTAATCAAGTGTTTAAGCGCACAGTATCAGGGAGACGTAATGACGTTAAACGTCGATCAAGTCAATTAATTAAGAGTAATGAGGAACCTAAGATTACGTCGCAGCGCATACATGAAAACCAATATGGCCCTGAGTTCGTTATGGCGCATAATGCAGCTATTTCCACGTTCATTAATTATCCTGTACTTGGTAAGACTCAACCTAATCGAAGCAGGTCGTATATTAAGCTTAAACGTTTATCGTTTAAGGGAACCGTTAAGATTGAACGTGTGCATGCTGACGTGAACATGGACGGGGTCTGTCCTAAAATTGAAGGCGTCTTCTCACTGGTTATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTAAGTTCGTCTGGGGTGTTGCATACATTTGATGAAGTATTCGGTGCAAGAATCCACAGCCATGGGAACTTAGCCATTACAACATCTTTGAAAGATCGGTATTACGTCCGGCATGTATTGAAGCGCGTATTGTCAGTTGAGAAGGACACTGTCATGGTAGATATCGAAGGATGCACATCCCTTTCTAACAAGCGCTTCAACTGCTGGTCTACATTTAAGGATTTAGAACATGACACATGTAACGGTGTTTATGCGAATATAAGCAAGAATGCCATATTAGTTTACTATTGCTGGATGTCGGATGTCATGTCTAAAGCATCCACATTTGTATCATATGACCTAGAATATGTAGGGTGAATCCATAATAAAATATGTAAATATATTGGACAAGTAATTGACTGATACAAATGTATTTATTGCAAAGACTTCGGCTGTGCCGGGTTACAATTGTTACTAATACATTCGTGAACCGTAGTCCTAACAAGTTCGTTCAATTGGGCCATTGACATTGTTATATTGGAGTGGGCTCTTTGTAGACCAACCTGTGATGCGGAATCACCTGGGTCTAATACGCTTGGGCCCAATTGATGAAGCTCTCTATAGGGGTGCATCTTCGAATCCCTTGAAGGACTACTTGTACCCACGGTGCTCCTGGAAGCCCATGACTCACCTGGCCTCAATTCAATTGGGCCTGTAAGCCCAACCCTTGACATTGAATTGGACCGTAAGACTTTGCGCTCCCACTGGCCATAGTCCACATGGGAGAAGTCCACATCGTTATGGGAGAATTGTTTAGATAGTATTTTGACAGTGGGAGCCCGGAATGGTATATCTACCGAGTGCTTAGCTGTTGAGAGTTTTAGCTTGCCTTTGAACTTGGCAAAATGAGTCCTTTGATGTACATTTGTGTCGGACACTCGGTAGTATAATCTCCATGGAATGGGGTCCTTCAGTGAAAAGAATGACGACGAGAAGTAATGTAGGTCTATGTTGCATCGTATTGGAAATGTCCAAGATGCTTGTAATGACTCGTTATCCGTCATTCTTTGGTCATGAATCTCCACAATGACCGACCCAGAGGCGTTAATCGGAACCTGCTGTCTATATTCTATGACGCAGTGGTCAATTTTCATACAGCTGCGACTTAGTCGTGCCGTTAGCTGTGATGCCGTGGAAGGAAACTGAAGGACTATCTCMGTCAGATCATGCGACAGCTGGTATTCATCTCTATGAGATTCAAGATAATTAAAGGCGCTAGGAGCACTCGCCAACCCCGCTTCCATATCTGAAAATATGCCGCAGCAGAAGTGTTTCGCGCANAAGAGGATGTTGCTATCACGGNTTTATATACAGGTGCGGCATTAACAAGGCAAAACACTTGTACCGGTTGTTGCTGAAGTTCTGTCAAAGAATTAAAGAATTGGTAAAGGAAGTCTGTGGGAGCAGCTTAGTAATATGGGAAGCTATGGCAACAACCAACAAAGCTCAAACTGATATGAAGAGGATCAGAATTTTGGATATGGCGATACAAGTTGTTTATTAGAGAAACTGCAATGAGATGTCCTCTGAGTAAGGGATTATATAGAGATAACATCCGAACGTACGCTTAAGAATTGTTTGAACTAGTTGAGAAGAATGGCAAATATGTAAATATGGTATAGGACTCCAGCGGAGTCCCTCAACTCCTGTCATATATTGTGGAGTCCTGGAGTCCCTTATATACATAAAGCCTCTAGGACTCTAAAGGACAGGTGCCCTAATCGCGGCCATCCATATAATATT
ACCGGATGGCCGCGATTTTTTGGAGTCTTTAGGGGACCACTCACAATAGAGGGCTGAGATTAAATAGACAGAGTGAGGGGACCACCAATTATTTGATTTTGACTGACCAATCACATCCCGCCTGTCAAGTCTAGATATTTGTGCCTTGGTGACCAAGGTGTGGGCCTATAAATGCACGTGCATCTGCATTTATCGCTTTAATTCAAAATGGTTAAGCGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCTAAGGTTTCCGGCTCTGCGAATTATTCACGTGGCACGGGTATGGGGCCTAAATTCGATAAGGCCGCTGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGTATATATCGTACGTATAGAAGCCCAGATGTGCCTAGASSATGTGAAGGGCCATGTAAGGTCCAGTCCTTCGAGCAGCGGCATGATATCTCGCATGTTGGCAAGGTCATGTGCATTTCTGACGTGACACGTGGTAATGGTATTACCCATCGTGTAGGCAAGCGTTTCTGCGTCAAGTCTGCATACGTTCTGGGTAAGATATGGATGGACGAGAATATCAAGCTCAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGCTCGTGAGAGATAGGAGACCATATGGTACCCCTATGGACTTTGGTCAGGTGTTCAACATGTATGACAACGAGCCCAGTACAGCTACTGTGAAGAACGATTTGCGTGATCGTTTCCAAGTCATGCACAGGTTCTCGGCTAAGGTCACAGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGGCATTGGTTAGGCGTTTCTGGAAGGTGAACAACTACGTCGTGTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATACGAGAATCATACTGAGAACGCCCTGCTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAACCCTGTGTACGCGACATTGAAAATTCGAATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAAGTTTGCATTTTATTTCATGATTCTCAAGTACATAATTTACATAGGATTTGTCCGTCGCAAAACGAACAGCTCTGATTACATTGTTTATGCCTATGGCCCCTAGCGTATGTAAATACAACATGACGCGAAATTTGAATCTACTTAAATATGTCGTCCCAGAAGCTGTCATCGAAGTCGTCCAGACTTGGAAATGGAGGAATGCCTTGTGGAGAGCTAATGCTCGACGTAGGTTGTGGTTGAACCGGACTACGATGTGGTATATCCTGGTTCTGGTGAACAACGGGTCCTCCACGTGCTGTATCCTGAAAAATAGGGGATTTGGAACCTCCCAAATAAAAACGGAATTCTCTGCCTGATGCACAGTGATGCTCTCCCCTGTGCGTGAATCCATTATTAGCGCAGTTGATGTGGAGAAAGATAGAGCAGCCGCAGTTTAGGTCTATGCGTCGTCTGCGAATAGGTCGCTTCTTAGCTATCCTGTGCTGTGCTTTTATAGAGGGGAGCGTGGAGGATGACGAATTGAGCATTTTTTAATGTCCACGCTCTTAATTCTGCATTTTCCTCTTTGTTGAGGAAAGCTATATAGCTGCTACCTTCCCCTGGATTGCACAGCACGATTGATGGTATCCCGCCTTTAATTTGAACTGGCTTTCCGTATTTACAGTTGGACTGCCAGTCTTTTTGGGCCCCAATAAGCTCTTTCCAGTGTTTCATCTTTAGATATTGGGGCGTGATATCATCAATGACGTTATACTCCACATAGTTTGAATAGACCTTTGCATTGAAATCAAGATGACCGCTCAAATAATTATGTGGGCCTAGTGCACGTGCCCACATTGTCTTGCCGCATCGCGAATCACCCTCAATGACAATACTAATCGGTCTATCTGGCCGCGCACAACTCCGACCAAAATATTCAGCAACCCAATGTTGCATATCCTCAGGAACGTTGTTAAACGAGGATAATGGATAAGGAGGAGTCCATGGCATAGGAGGAGTTGTAAATAGGCGCTCGATGTTAGCCTTTATGTTATGATAACTAACAATGAACGTTTTCGGATCACCAGCTTTGATTATGTCGAGCGCCTCCCCCGCACTTGCAGCATTTACAGCGTTATGGTAGACGTCGTCTTTATTTGCTTTTGACCCCCCGGAAACTTTGTACTGCCCAGATTCACAATAATCACCATCTTTTGTTATGTAATTTTTAACGGCATTTGCGTCCTTGGATGCCTGAACGTTTGGATGAAACTGGGCAGATCTCCGGGGGTGAGTAATGTCGAAGAACCGGGCATCTTTGATGTTGCATTTTCCAGTCAACTGGATTAGACAGTGCAAGTGCGGGAACCCATCGGAATGCTCCTCTCGTGATACCCGGAGATAGATGGGTTTTACCACTGCCCATTTTAAATTACGGAGCATTTCGAGAGCTTCATCCTTTGGGATATCGCATTGTGGATATGTTAAGAAAATGTTTTTACATTGTAAACGAAAGGATTTTGGTGGTAGTGGCATTTTTGCAAATATGGTGTAGGACTCCAGCAGAGTCCCTCAACTTCTGTCATATGTTGTGGAGTCCTGGAGTCCCTTATATACATAAAGCCTCTTGGGGACTCCAAGGGCAAAAGCGGCCATCCTATAATATT
Gene Information
|
NCBI Accession
|
NP_671456.1
|
|
Location
|
400-1170 |
|
Gene Name
|
BR1 |
|
Protein Name
|
nuclear shuttle |
|
Coding Region
|
ATGTATCAGTCAAGGTATACACGTGTGGCACCCTATGTGCAGAGACGATTTCAACGACGTAATCAAGTGTTTAAGCGCACAGTATCAGGGAGACGTAATGACGTTAAACGTCGATCAAGTCAATTAATTAAGAGTAATGAGGAACCTAAGATTACGTCGCAGCGCATACATGAAAACCAATATGGCCCTGAGTTCGTTATGGCGCATAATGCAGCTATTTCCACGTTCATTAATTATCCTGTACTTGGTAAGACTCAACCTAATCGAAGCAGGTCGTATATTAAGCTTAAACGTTTATCGTTTAAGGGAACCGTTAAGATTGAACGTGTGCATGCTGACGTGAACATGGACGGGGTCTGTCCTAAAATTGAAGGCGTCTTCTCACTGGTTATTGTGGTTGATCGTAAACCACATTTAAGTTCGTCTGGGGTGTTGCATACATTTGATGAAGTATTCGGTGCAAGAATCCACAGCCATGGGAACTTAGCCATTACAACATCTTTGAAAGATCGGTATTACGTCCGGCATGTATTGAAGCGCGTATTGTCAGTTGAGAAGGACACTGTCATGGTAGATATCGAAGGATGCACATCCCTTTCTAACAAGCGCTTCAACTGCTGGTCTACATTTAAGGATTTAGAACATGACACATGTAACGGTGTTTATGCGAATATAAGCAAGAATGCCATATTAGTTTACTATTGCTGGATGTCGGATGTCATGTCTAAAGCATCCACATTTGTATCATATGACCTAGAATATGTAGGGTGA |
|
Protein Sequence
|
MYQSRYTRVAPYVQRRFQRRNQVFKRTVSGRRNDVKRRSSQLIKSNEEPKITSQRIHENQYGPEFVMAHNAAISTFINYPVLGKTQPNRSRSYIKLKRLSFKGTVKIERVHADVNMDGVCPKIEGVFSLVIVVDRKPHLSSSGVLHTFDEVFGARIHSHGNLAITTSLKDRYYVRHVLKRVLSVEKDTVMVDIEGCTSLSNKRFNCWSTFKDLEHDTCNGVYANISKNAILVYYCWMSDVMSKASTFVSYDLEYVG |
|
NCBI Accession
|
NP_671457.1
|
|
Location
|
1227-2096 |
|
Gene Name
|
BL1 |
|
Protein Name
|
viral movement protein |
|
Coding Region
|
ATGGAAGCGGGGTTGGCGAGTGCTCCTAGCGCCTTTAATTATCTTGAATCTCATAGAGATGAATACCAGCTGTCGCATGATCTGACKGAGATAGTCCTTCAGTTTCCTTCCACGGCATCACAGCTAACGGCACGACTAAGTCGCAGCTGTATGAAAATTGACCACTGCGTCATAGAATATAGACAGCAGGTTCCGATTAACGCCTCTGGGTCGGTCATTGTGGAGATTCATGACCAAAGAATGACGGATAACGAGTCATTACAAGCATCTTGGACATTTCCAATACGATGCAACATAGACCTACATTACTTCTCGTCGTCATTCTTTTCACTGAAGGACCCCATTCCATGGAGATTATACTACCGAGTGTCCGACACAAATGTACATCAAAGGACTCATTTTGCCAAGTTCAAAGGCAAGCTAAAACTCTCAACAGCTAAGCACTCGGTAGATATACCATTCCGGGCTCCCACTGTCAAAATACTATCTAAACAATTCTCCCATAACGATGTGGACTTCTCCCATGTGGACTATGGCCAGTGGGAGCGCAAAGTCTTACGGTCCAATTCAATGTCAAGGGTTGGGCTTACAGGCCCAATTGAATTGAGGCCAGGTGAGTCATGGGCTTCCAGGAGCACCGTGGGTACAAGTAGTCCTTCAAGGGATTCGAAGATGCACCCCTATAGAGAGCTTCATCAATTGGGCCCAAGCGTATTAGACCCAGGTGATTCCGCATCACAGGTTGGTCTACAAAGAGCCCACTCCAATATAACAATGTCAATGGCCCAATTGAACGAACTTGTTAGGACTACGGTTCACGAATGTATTAGTAACAATTGTAACCCGGCACAGCCGAAGTCTTTGCAATAA |
|
Protein Sequence
|
MEAGLASAPSAFNYLESHRDEYQLSHDLTEIVLQFPSTASQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGSVIVEIHDQRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWRLYYRVSDTNVHQRTHFAKFKGKLKLSTAKHSVDIPFRAPTVKILSKQFSHNDVDFSHVDYGQWERKVLRSNSMSRVGLTGPIELRPGESWASRSTVGTSSPSRDSKMHPYRELHQLGPSVLDPGDSASQVGLQRAHSNITMSMAQLNELVRTTVHECISNNCNPAQPKSLQ |
|
NCBI Accession
|
NP_671472.1
|
|
Location
|
208-963 |
|
Gene Name
|
CP |
|
Protein Name
|
coat protein |
|
Coding Region
|
ATGGTTAAGCGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCTAAGGTTTCCGGCTCTGCGAATTATTCACGTGGCACGGGTATGGGGCCTAAATTCGATAAGGCCGCTGCTTGGGTTAACAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGTATATATCGTACGTATAGAAGCCCAGATGTGCCTAGASSATGTGAAGGGCCATGTAAGGTCCAGTCCTTCGAGCAGCGGCATGATATCTCGCATGTTGGCAAGGTCATGTGCATTTCTGACGTGACACGTGGTAATGGTATTACCCATCGTGTAGGCAAGCGTTTCTGCGTCAAGTCTGCATACGTTCTGGGTAAGATATGGATGGACGAGAATATCAAGCTCAAGAACCACACCAACAGCGTCATGTTCTGGCTCGTGAGAGATAGGAGACCATATGGTACCCCTATGGACTTTGGTCAGGTGTTCAACATGTATGACAACGAGCCCAGTACAGCTACTGTGAAGAACGATTTGCGTGATCGTTTCCAAGTCATGCACAGGTTCTCGGCTAAGGTCACAGGTGGACAGTATGCCAGCAACGAGCAGGCATTGGTTAGGCGTTTCTGGAAGGTGAACAACTACGTCGTGTACAACCATCAGGAAGCTGGCAAATACGAGAATCATACTGAGAACGCCCTGCTATTGTATATGGCATGTACACATGCCTCTAACCCTGTGTACGCGACATTGAAAATTCGAATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA |
|
Protein Sequence
|
MVKRDAPWRLMAGTSKVSGSANYSRGTGMGPKFDKAAAWVNRPMYRKPSIYRTYRSPDVPRXCEGPCKVQSFEQRHDISHVGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSAYVLGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMYDNEPSTATVKNDLRDRFQVMHRFSAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNYVVYNHQEAGKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN |
|
NCBI Accession
|
NP_671473.1
|
|
Location
|
960-1358 |
|
Gene Name
|
AL3 |
|
Protein Name
|
AL3 protein |
|
Coding Region
|
ATGGATTCACGCACAGGGGAGAGCATCACTGTGCATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATTTGGGAGGTTCCAAATCCCCTATTTTTCAGGATACAGCACGTGGAGGACCCGTTGTTCACCAGAACCAGGATATACCACATCGTAGTCCGGTTCAACCACAACCTACGTCGAGCATTAGCTCTCCACAAGGCATTCCTCCATTTCCAAGTCTGGACGACTTCGATGACAGCTTCTGGGACGACATATTTAAGTAGATTCAAATTTCGCGTCATGTTGTATTTACATACGCTAGGGGCCATAGGCATAAACAATGTAATCAGAGCTGTTCGTTTTGCGACGGACAAATCCTATGTAAATTATGTACTTGAGAATCATGAAATAAAATGCAAACTTTATTAA |
|
Protein Sequence
|
MDSRTGESITVHQAENSVFIWEVPNPLFFRIQHVEDPLFTRTRIYHIVVRFNHNLRRALALHKAFLHFQVWTTSMTASGTTYLSRFKFRVMLYLHTLGAIGINNVIRAVRFATDKSYVNYVLENHEIKCKLY |
|
NCBI Accession
|
NP_671474.1
|
|
Location
|
1105-1494 |
|
Protein Name
|
trap |
|
Coding Region
|
ATGCTCAATTCGTCATCCTCCACGCTCCCCTCTATAAAAGCACAGCACAGGATAGCTAAGAAGCGACCTATTCGCAGACGACGCATAGACCTAAACTGCGGCTGCTCTATCTTTCTCCACATCAACTGCGCTAATAATGGATTCACGCACAGGGGAGAGCATCACTGTGCATCAGGCAGAGAATTCCGTTTTTATTTGGGAGGTTCCAAATCCCCTATTTTTCAGGATACAGCACGTGGAGGACCCGTTGTTCACCAGAACCAGGATATACCACATCGTAGTCCGGTTCAACCACAACCTACGTCGAGCATTAGCTCTCCACAAGGCATTCCTCCATTTCCAAGTCTGGACGACTTCGATGACAGCTTCTGGGACGACATATTTAAGTAG |
|
Protein Sequence
|
MLNSSSSTLPSIKAQHRIAKKRPIRRRRIDLNCGCSIFLHINCANNGFTHRGEHHCASGREFRFYLGGSKSPIFQDTARGGPVVHQNQDIPHRSPVQPQPTSSISSPQGIPPFPSLDDFDDSFWDDIFK |
|
NCBI Accession
|
NP_671475.1
|
|
Location
|
1436-2482 |
|
Gene Name
|
REP |
|
Protein Name
|
Rep |
|
Coding Region
|
ATGCCACTACCACCAAAATCCTTTCGTTTACAATGTAAAAACATTTTCTTAACATATCCACAATGCGATATCCCAAAGGATGAAGCTCTCGAAATGCTCCGTAATTTAAAATGGGCAGTGGTAAAACCCATCTATCTCCGGGTATCACGAGAGGAGCATTCCGATGGGTTCCCGCACTTGCACTGTCTAATCCAGTTGACTGGAAAATGCAACATCAAAGATGCCCGGTTCTTCGACATTACTCACCCCCGGAGATCTGCCCAGTTTCATCCAAACGTTCAGGCATCCAAGGACGCAAATGCCGTTAAAAATTACATAACAAAAGATGGTGATTATTGTGAATCTGGGCAGTACAAAGTTTCCGGGGGGTCAAAAGCAAATAAAGACGACGTCTACCATAACGCTGTAAATGCTGCAAGTGCGGGGGAGGCGCTCGACATAATCAAAGCTGGTGATCCGAAAACGTTCATTGTTAGTTATCATAACATAAAGGCTAACATCGAGCGCCTATTTACAACTCCTCCTATGCCATGGACTCCTCCTTATCCATTATCCTCGTTTAACAACGTTCCTGAGGATATGCAACATTGGGTTGCTGAATATTTTGGTCGGAGTTGTGCGCGGCCAGATAGACCGATTAGTATTGTCATTGAGGGTGATTCGCGATGCGGCAAGACAATGTGGGCACGTGCACTAGGCCCACATAATTATTTGAGCGGTCATCTTGATTTCAATGCAAAGGTCTATTCAAACTATGTGGAGTATAACGTCATTGATGATATCACGCCCCAATATCTAAAGATGAAACACTGGAAAGAGCTTATTGGGGCCCAAAAAGACTGGCAGTCCAACTGTAAATACGGAAAGCCAGTTCAAATTAAAGGCGGGATACCATCAATCGTGCTGTGCAATCCAGGGGAAGGTAGCAGCTATATAGCTTTCCTCAACAAAGAGGAAAATGCAGAATTAAGAGCGTGGACATTAAAAAATGCTCAATTCGTCATCCTCCACGCTCCCCTCTATAAAAGCACAGCACAGGATAGCTAA |
|
Protein Sequence
|
MPLPPKSFRLQCKNIFLTYPQCDIPKDEALEMLRNLKWAVVKPIYLRVSREEHSDGFPHLHCLIQLTGKCNIKDARFFDITHPRRSAQFHPNVQASKDANAVKNYITKDGDYCESGQYKVSGGSKANKDDVYHNAVNAASAGEALDIIKAGDPKTFIVSYHNIKANIERLFTTPPMPWTPPYPLSSFNNVPEDMQHWVAEYFGRSCARPDRPISIVIEGDSRCGKTMWARALGPHNYLSGHLDFNAKVYSNYVEYNVIDDITPQYLKMKHWKELIGAQKDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGSSYIAFLNKEENAELRAWTLKNAQFVILHAPLYKSTAQDS |