Melon chlorotic leaf curl virus
Basic Information
Genus |
Begomovirus
|
NCBI Assembly |
GCF_001430695.1 |
Isolate |
Guatemala |
Release date |
2015/11/3 |
Submitter |
Brown,J.K., Idris,A.M., Rogan,D., Hussein,M.H., Palmieri,M., Mills-Lujan,K., Martin,K. |
Download |
Genome
|GFF3
|PEP
|CDS |
Genomic Organization
JBrowse
Genome
ACCGGATGGCCGCCCTTTTTTGGTGTCCTCCACTTTATTCCCGGGCCTGGACCATCTGCGGTGTGCAGGATGAAAGGCCCAGCCCATCTTGACGTGCGCCTTTACTCTTTATGGGACCACACAGCACAAACAACCAATCATATTCGGAGTTTGTATCTTGTATATCTGCTAATTGTAACACAATGGTGGACCCATGTGAACATTGTGCTGTGTAAGAAACTTCGTCTTTAATTCAAATTGCCAAAGTGGGCATCTCGTCTTTATTTTGAACATTTAAAGAAAGCTGTACGAATGTCAGCTTTAACCCATTACTTCTTCGCTCGGTACCGCATATTAATAATTTGAATTATACTTTATTGTGGCCAATTACATTTCAACTACGTGTCTTGTTAGATGATCAGGACCACGTTATTTGTCTATTTATATGTGCTTCGTGTAATTGGCCTCCACGTCGTATACATGCTTTAGCCACATTGTTTAGTTTATACACGATTGATATCGGGTATAGTATTTAATTTACCTGTTCGTTATGTATTCGGCGAACTATAGACGTACTCGTGGGACTACCCAACGTGGTTCATATTCACGACGTCCAATATTCAAGCGTCCACATTATTTGTCTCGGTCAGATGATAAGCGTCGCACTAATTCGACTATTGTGCCTCATGCCGACACTAAGATGTTAAAACAACGGTTGCATGAGGATCAATTTGGCCCAGATTATGTTTTGTGTCATAATAGTGCGATGTCCACGTTTATTACTCTTCCTAGTCTTGGTAAGCACGAGCCCAATCGTTCAAGGTCGTTTATAAAGTTACAACGACTCCGTTACAAGGGAACTCTGAAAATTGAACGTGGACCTGGTGACACGTTCATGGAAGGTCCCACGTCAAAGGTAGAAGGCGTCTTTTCTATGGTAGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTTAACCCATCTGGACGCTTACATTCCTTTGATGAGTTATTCGGCGCGCGTATCCATAGTCACGGTAATTTAGCCATAGTCCCGGCATTGAAGGAGCGTTTTTACATTCGCCACGTATTGAAACGAGTATTATCCGTCGAGAAAGACACGTTGATGGTTGATCTACATGGAACAACCGCATTATCTAATAGGCGATTCAATTGTTGGTCCTCGTTTAATGATCTTGAACGCGATTCATGTAACGGCGTTTACGCTAATATAAACAAGAACGCTCTTTTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATATGCCTTCGAAGGCATCGACATATGTAACGTTTGATCTCGACTATGTCGGATAAATAGGAATATTTTATTGATCAAATATGTTGCCTACCGCCATATATTACAAACAATAATCTTTTACCCAGATCTTTTAATTAAACCCGTAGTTTAATTATCCTATTAAATATGGCCACGCAGTGGAACACTCTCCAAAATGAAGAACAGCAATATTTTCATTAACCAATTATCGTCATGATGTGACAATAAACCTAAATACAATATTATCCTAAGGATTTTGGAGTTGAGGGAATACAACTGGTCTTGATGCACTCCTGAACGGTGGATCTAACTAATTCGTTCAGTTGTGCCATTGACATGGTAATGTTTGATTGCGACCGTTGTATTCCGACCATTGACGCCGATTCTCCAGGGTCTAATATAGATGTACCCAACCTGTTAAGCTCGCGATAGGGAAGCATCTCATCTGTTGTATCCAAGTCCGCATTTAGTGGGCTCGTACCCAGAGCACTTCTAGTGGCCCAAGATTCGCCTGGATTTAATTCAATTGGGCCTCTGAGCCCATATCTTGACATCGATGCGGATTTGACCAGTCTTCTCTCCCATTTGCCGTACCCAACGTGCCAGAAATCGACGTCCTTTTGGCTAAATTGCTTTGTAAGGATTTTGACTGTTGGTGCCCGGAAGGGAATATCGACGGAATGTTTCGCCGACGATAACTTCAATTTACCTTTGAATTTAGCGAAATGAGTCATCTGATGCACGTTCGAGTCTGTTACCCGATAATATAACTTCCAAGGAATGGGATCTTTGAGAGAGAAGAATGATGACGAGAAATAGTGGAGATCTATGTTACATCTGATCGGAAACGTCCACGAGGCTTGTAAGGACTCATTGTCGGTCATTCGTTTATCGTGAATCTCCACTATTACTGTTCCAGATGCGTTGATAGGTACTTGTTGCCTATATTCTATGACACAATGGTCGATCTTCATACAACTCCGACTAAGTCTTGCAGTTAATTGGGAAGTAGTCGACGGAAATTGCAGAATAATTTCCGTTAAGTCGTGCGATAACTGAAATTCATCCCGACTAGACTCTATATAATTGAACGCATTCGGTGGAGGAGCTAATTGAGAACCCATTTAGAGAAACACAAATCTTGTCATGCTAATTCGGAAACGGACACTGCGTATAAATAATAATTCATGACTCGGATATGAGGAACGAAGTTTGTTAGGGTTTCAATGGCATATTTTGTAGATATGATTCGGGACACCAGGAGGAGCTCTCTCTAAAACCTATATTTGTGGTGTCCTGGTGTCCTATATATACTACAAGGCTTCTAGGAGGCTACTAGGACACCAGGGGTAAATTCGGCCATCCGCAATAATATT
ACCGGATGGCCGCCCTTTTTTGGTGTCCTACACTTTATCCCAGGCCCAAGCCCAAAGCAACCACAACCTTTACTTTTCTATGGGACCACTATAATTATTCCAACCTATCAAATCGCTCCAGTACAGTCTATATAATTATGCCTTGGTGAGTCAGCGTGGTCCCTATAAATGAAAGCAGTCTAAACCCATACCTCTTTAATTCGAAATGGTTAAGAGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCCAAGGTTTCCCGCTCTGCTAATTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCATGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGAATTTATCGCACGTTACGAGGTCCTGACATCCCCAAAGGATGTGAAGGACCATGCAAGGTTCAATCATTTGAGCAGCGGCATGATATCTCTCATATTGGTAAGGTTATGTGTATTTCTGACGTGACGCGTGGCAATGGTATTACTCACCGCGTCGGCAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGCAAGATATGGATGGACGAAAACATCAAGCTGAAGAATCACACAAACAGTGTGATGTTTTGGCTAGTTCGAGATCGGAGACCCTATGGCACTCCTATGGATTTCGGCCAAGTATTCAACATGTTTGACAACGAGCCTAGCACTGCAACCGTTAAGAACGATCTACGAGATCGTTATCAAGTTTTGCACAGGTTTTACGCGAAAGTCACTGGTGGTCAGTATGCTAGCAACGAACAAGCCTTGGTGAGGCGTTTTTGGAAGGTCAACAATTATGTTGTCTACAATCACCAGGAAGCAGCAAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCTTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCATCTAACCCTGTGTACGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAATAAACGTTGAATTTTATTATATGATTCTCGATTACATAATTTACATATGAACGGTCTGTCGCCCATGATACAGCACGTATGACGTTATTGAGACCGATAACCCCTAATCTATCTAAATACAACATAACTAAATGTTTAAATCTATTTAAATAAGTCGTCCCAGAAGCTCGAATCGATTCCGTCCAGACTTGGAAGTTCAGGTATGCTTTGTGAAGATTTAGCGCTCTCCGCAGGTTGTGGTTGAATCGGATTTGTATGTGGTATATTCTTGTGTGCGTATACAGTGGATCCTCCACTTTGTATATCTTGAAATAGAGGGGATTTGGAACTTCCCAGATAAAAACGGAATTCTCCGCCTGATACACAGTGATGTCTTCCCAAGTGCGTAAATCCATTACCATTTTTTTGGCAGCTAAGATGGAGGAATATGGAACAGCCGCAGTTCAGGTCGATGCGTCTACGACGGATAGCTCTTGTTTTAGCGATCTTGTGTTGTGCTTTGATAGAGGGGGCAGTCGAGGAAGATGAATTGGGCATTTTTTAGTGTCCACTCTCTTAGTGCTGCATTTTCAGCTTTGTCGAGAAACTCTTTATAGCTGGCCCCCTCTCCGGGATTGCAAAGCACTATTGATGGGATTCCACCTTTAATTTGAACCGGCTTTCCATATTTACAGTTGGACTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCAATCAATTCTTTCCAGTGCTTTAGCTTTAAATAATGCGGAGCGACGTCATCAATGACGTTATACTTGACGTCATTTGAGAAAACCCTAGAATTGAAATCAAGGTGTCCACTCAAATAGTTATGTGGGCCTAAAGACCGAGCCCACATTGTTTTGCCCGTTCGAGAATCACCCTCAATTATTACACTAATAGGTCTATTACACACGTTATTTGATTCTTTTATTAAAAATGGCCGCGCAGCTGAACATTCATTAAAATAATGATCAGCCCAATCTTTTAACTCTTCTGGAACATTTGTAAACGAAGAAAGTTCATATGGGGGAACCCATGGCATTGGAGGTTTATGAAATAGGCGATCGACGTTAGCCGTTATGTTATGGTAACTCACTATAAACGTCTTTGGATCGCCAGCTTTTATAATGTCGAGAGCCTCTCCCGCACTTGCTGCATTGACGGCGTTGTGATAAACGTCGTCTTTATTGGACTTTGAACCCCCAGACACCTTATATTGCCCGAATTCACAATAATCACCTTCTTTGGTGATGTAATTCTTGACGGCATTGGTGTCTTTGGCAGCTTGAATATTAGGGTGAAATCGGGCAGACCTTCTTGGGTGAGTAATGTCGAAAAATCCAGCATCCTTGATGTTTGACTTGCCTGAAAGTTGAACGAGGCAGTGTAAGTGCGGGAACCCATCTGCGTGTTCCTCTCGTGCGACACGGATATATGTCGGTTTGACGACTGACCAGGATAGACCTTGCAGTATTTCAAGAACTTCATCTTTGGGAACATCGCACTTCGGATATGTTAGGAAAATATTTCTGGCAGATAAGCGGAACGATTTAGGGTTCTGTGGCATATTTTGTAAATATGAGCCGGGACACCAGGAGGAGCTCTCTCTAAAACCTATATTTGTGGTGTCCTGGTGTCCTATATATACTACAAGGCTTCTAGGAGGCTTCTAGGACACCAGGGGTAAATTCGGCCATCCGCAATAATATT
Gene Information
NCBI Accession
|
YP_009175072.1
|
Location
|
530-1300 |
Gene Name
|
BV1 |
Protein Name
|
nuclear shuttle protein |
Coding Region
|
ATGTATTCGGCGAACTATAGACGTACTCGTGGGACTACCCAACGTGGTTCATATTCACGACGTCCAATATTCAAGCGTCCACATTATTTGTCTCGGTCAGATGATAAGCGTCGCACTAATTCGACTATTGTGCCTCATGCCGACACTAAGATGTTAAAACAACGGTTGCATGAGGATCAATTTGGCCCAGATTATGTTTTGTGTCATAATAGTGCGATGTCCACGTTTATTACTCTTCCTAGTCTTGGTAAGCACGAGCCCAATCGTTCAAGGTCGTTTATAAAGTTACAACGACTCCGTTACAAGGGAACTCTGAAAATTGAACGTGGACCTGGTGACACGTTCATGGAAGGTCCCACGTCAAAGGTAGAAGGCGTCTTTTCTATGGTAGTTGTGGTTGATCGTAAACCACATGTTAACCCATCTGGACGCTTACATTCCTTTGATGAGTTATTCGGCGCGCGTATCCATAGTCACGGTAATTTAGCCATAGTCCCGGCATTGAAGGAGCGTTTTTACATTCGCCACGTATTGAAACGAGTATTATCCGTCGAGAAAGACACGTTGATGGTTGATCTACATGGAACAACCGCATTATCTAATAGGCGATTCAATTGTTGGTCCTCGTTTAATGATCTTGAACGCGATTCATGTAACGGCGTTTACGCTAATATAAACAAGAACGCTCTTTTAGTTTATTATTGTTGGATGTCGGATATGCCTTCGAAGGCATCGACATATGTAACGTTTGATCTCGACTATGTCGGATAA |
Protein Sequence
|
MYSANYRRTRGTTQRGSYSRRPIFKRPHYLSRSDDKRRTNSTIVPHADTKMLKQRLHEDQFGPDYVLCHNSAMSTFITLPSLGKHEPNRSRSFIKLQRLRYKGTLKIERGPGDTFMEGPTSKVEGVFSMVVVVDRKPHVNPSGRLHSFDELFGARIHSHGNLAIVPALKERFYIRHVLKRVLSVEKDTLMVDLHGTTALSNRRFNCWSSFNDLERDSCNGVYANINKNALLVYYCWMSDMPSKASTYVTFDLDYVG |
NCBI Accession
|
YP_009175073.1
|
Location
|
1505-2386 |
Gene Name
|
BC1 |
Protein Name
|
movement protein |
Coding Region
|
ATGGGTTCTCAATTAGCTCCTCCACCGAATGCGTTCAATTATATAGAGTCTAGTCGGGATGAATTTCAGTTATCGCACGACTTAACGGAAATTATTCTGCAATTTCCGTCGACTACTTCCCAATTAACTGCAAGACTTAGTCGGAGTTGTATGAAGATCGACCATTGTGTCATAGAATATAGGCAACAAGTACCTATCAACGCATCTGGAACAGTAATAGTGGAGATTCACGATAAACGAATGACCGACAATGAGTCCTTACAAGCCTCGTGGACGTTTCCGATCAGATGTAACATAGATCTCCACTATTTCTCGTCATCATTCTTCTCTCTCAAAGATCCCATTCCTTGGAAGTTATATTATCGGGTAACAGACTCGAACGTGCATCAGATGACTCATTTCGCTAAATTCAAAGGTAAATTGAAGTTATCGTCGGCGAAACATTCCGTCGATATTCCCTTCCGGGCACCAACAGTCAAAATCCTTACAAAGCAATTTAGCCAAAAGGACGTCGATTTCTGGCACGTTGGGTACGGCAAATGGGAGAGAAGACTGGTCAAATCCGCATCGATGTCAAGATATGGGCTCAGAGGCCCAATTGAATTAAATCCAGGCGAATCTTGGGCCACTAGAAGTGCTCTGGGTACGAGCCCACTAAATGCGGACTTGGATACAACAGATGAGATGCTTCCCTATCGCGAGCTTAACAGGTTGGGTACATCTATATTAGACCCTGGAGAATCGGCGTCAATGGTCGGAATACAACGGTCGCAATCAAACATTACCATGTCAATGGCACAACTGAACGAATTAGTTAGATCCACCGTTCAGGAGTGCATCAAGACCAGTTGTATTCCCTCAACTCCAAAATCCTTAGGATAA |
Protein Sequence
|
MGSQLAPPPNAFNYIESSRDEFQLSHDLTEIILQFPSTTSQLTARLSRSCMKIDHCVIEYRQQVPINASGTVIVEIHDKRMTDNESLQASWTFPIRCNIDLHYFSSSFFSLKDPIPWKLYYRVTDSNVHQMTHFAKFKGKLKLSSAKHSVDIPFRAPTVKILTKQFSQKDVDFWHVGYGKWERRLVKSASMSRYGLRGPIELNPGESWATRSALGTSPLNADLDTTDEMLPYRELNRLGTSILDPGESASMVGIQRSQSNITMSMAQLNELVRSTVQECIKTSCIPSTPKSLG |
NCBI Accession
|
NP_835272.1
|
Location
|
206-961 |
Gene Name
|
AV1 |
Protein Name
|
coat protein |
Coding Region
|
ATGGTTAAGAGGGATGCCCCATGGCGTTTAATGGCGGGGACCTCCAAGGTTTCCCGCTCTGCTAATTATTCGCCTCGTGGAGGTATGGGCCCTAAATTCAATAAGGCCGCTGCATGGGTTAATAGGCCCATGTACAGGAAGCCCAGAATTTATCGCACGTTACGAGGTCCTGACATCCCCAAAGGATGTGAAGGACCATGCAAGGTTCAATCATTTGAGCAGCGGCATGATATCTCTCATATTGGTAAGGTTATGTGTATTTCTGACGTGACGCGTGGCAATGGTATTACTCACCGCGTCGGCAAGCGTTTTTGTGTTAAGTCTGTATATATTTTAGGCAAGATATGGATGGACGAAAACATCAAGCTGAAGAATCACACAAACAGTGTGATGTTTTGGCTAGTTCGAGATCGGAGACCCTATGGCACTCCTATGGATTTCGGCCAAGTATTCAACATGTTTGACAACGAGCCTAGCACTGCAACCGTTAAGAACGATCTACGAGATCGTTATCAAGTTTTGCACAGGTTTTACGCGAAAGTCACTGGTGGTCAGTATGCTAGCAACGAACAAGCCTTGGTGAGGCGTTTTTGGAAGGTCAACAATTATGTTGTCTACAATCACCAGGAAGCAGCAAAATACGAGAATCATACGGAGAACGCTTTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCATCTAACCCTGTGTACGCGACATTGAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATAACAAATTAA |
Protein Sequence
|
MVKRDAPWRLMAGTSKVSRSANYSPRGGMGPKFNKAAAWVNRPMYRKPRIYRTLRGPDIPKGCEGPCKVQSFEQRHDISHIGKVMCISDVTRGNGITHRVGKRFCVKSVYILGKIWMDENIKLKNHTNSVMFWLVRDRRPYGTPMDFGQVFNMFDNEPSTATVKNDLRDRYQVLHRFYAKVTGGQYASNEQALVRRFWKVNNYVVYNHQEAAKYENHTENALLLYMACTHASNPVYATLKIRIYFYDSITN |
NCBI Accession
|
NP_835273.1
|
Location
|
958-1362 |
Gene Name
|
AC3 |
Protein Name
|
replicase-associated protein |
Coding Region
|
ATGGTAATGGATTTACGCACTTGGGAAGACATCACTGTGTATCAGGCGGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAAGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATATACAAAGTGGAGGATCCACTGTATACGCACACAAGAATATACCACATACAAATCCGATTCAACCACAACCTGCGGAGAGCGCTAAATCTTCACAAAGCATACCTGAACTTCCAAGTCTGGACGGAATCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAGATTTAAACATTTAGTTATGTTGTATTTAGATAGATTAGGGGTTATCGGTCTCAATAACGTCATACGTGCTGTATCATGGGCGACAGACCGTTCATATGTAAATTATGTAATCGAGAATCATATAATAAAATTCAACGTTTATTAA |
Protein Sequence
|
MVMDLRTWEDITVYQAENSVFIWEVPNPLYFKIYKVEDPLYTHTRIYHIQIRFNHNLRRALNLHKAYLNFQVWTESIRASGTTYLNRFKHLVMLYLDRLGVIGLNNVIRAVSWATDRSYVNYVIENHIIKFNVY |
NCBI Accession
|
NP_835274.1
|
Location
|
1103-1498 |
Gene Name
|
AC2 |
Protein Name
|
transactivation protein |
Coding Region
|
ATGCCCAATTCATCTTCCTCGACTGCCCCCTCTATCAAAGCACAACACAAGATCGCTAAAACAAGAGCTATCCGTCGTAGACGCATCGACCTGAACTGCGGCTGTTCCATATTCCTCCATCTTAGCTGCCAAAAAAATGGTAATGGATTTACGCACTTGGGAAGACATCACTGTGTATCAGGCGGAGAATTCCGTTTTTATCTGGGAAGTTCCAAATCCCCTCTATTTCAAGATATACAAAGTGGAGGATCCACTGTATACGCACACAAGAATATACCACATACAAATCCGATTCAACCACAACCTGCGGAGAGCGCTAAATCTTCACAAAGCATACCTGAACTTCCAAGTCTGGACGGAATCGATTCGAGCTTCTGGGACGACTTATTTAAATAG |
Protein Sequence
|
MPNSSSSTAPSIKAQHKIAKTRAIRRRRIDLNCGCSIFLHLSCQKNGNGFTHLGRHHCVSGGEFRFYLGSSKSPLFQDIQSGGSTVYAHKNIPHTNPIQPQPAESAKSSQSIPELPSLDGIDSSFWDDLFK |
NCBI Accession
|
NP_835275.1
|
Location
|
1440-2519 |
Gene Name
|
AC1 |
Protein Name
|
replication-associated protein |
Coding Region
|
ATGCCACAGAACCCTAAATCGTTCCGCTTATCTGCCAGAAATATTTTCCTAACATATCCGAAGTGCGATGTTCCCAAAGATGAAGTTCTTGAAATACTGCAAGGTCTATCCTGGTCAGTCGTCAAACCGACATATATCCGTGTCGCACGAGAGGAACACGCAGATGGGTTCCCGCACTTACACTGCCTCGTTCAACTTTCAGGCAAGTCAAACATCAAGGATGCTGGATTTTTCGACATTACTCACCCAAGAAGGTCTGCCCGATTTCACCCTAATATTCAAGCTGCCAAAGACACCAATGCCGTCAAGAATTACATCACCAAAGAAGGTGATTATTGTGAATTCGGGCAATATAAGGTGTCTGGGGGTTCAAAGTCCAATAAAGACGACGTTTATCACAACGCCGTCAATGCAGCAAGTGCGGGAGAGGCTCTCGACATTATAAAAGCTGGCGATCCAAAGACGTTTATAGTGAGTTACCATAACATAACGGCTAACGTCGATCGCCTATTTCATAAACCTCCAATGCCATGGGTTCCCCCATATGAACTTTCTTCGTTTACAAATGTTCCAGAAGAGTTAAAAGATTGGGCTGATCATTATTTTAATGAATGTTCAGCTGCGCGGCCATTTTTAATAAAAGAATCAAATAACGTGTGTAATAGACCTATTAGTGTAATAATTGAGGGTGATTCTCGAACGGGCAAAACAATGTGGGCTCGGTCTTTAGGCCCACATAACTATTTGAGTGGACACCTTGATTTCAATTCTAGGGTTTTCTCAAATGACGTCAAGTATAACGTCATTGATGACGTCGCTCCGCATTATTTAAAGCTAAAGCACTGGAAAGAATTGATTGGGGCCCAAAGGGACTGGCAGTCCAACTGTAAATATGGAAAGCCGGTTCAAATTAAAGGTGGAATCCCATCAATAGTGCTTTGCAATCCCGGAGAGGGGGCCAGCTATAAAGAGTTTCTCGACAAAGCTGAAAATGCAGCACTAAGAGAGTGGACACTAAAAAATGCCCAATTCATCTTCCTCGACTGCCCCCTCTATCAAAGCACAACACAAGATCGCTAA |
Protein Sequence
|
MPQNPKSFRLSARNIFLTYPKCDVPKDEVLEILQGLSWSVVKPTYIRVAREEHADGFPHLHCLVQLSGKSNIKDAGFFDITHPRRSARFHPNIQAAKDTNAVKNYITKEGDYCEFGQYKVSGGSKSNKDDVYHNAVNAASAGEALDIIKAGDPKTFIVSYHNITANVDRLFHKPPMPWVPPYELSSFTNVPEELKDWADHYFNECSAARPFLIKESNNVCNRPISVIIEGDSRTGKTMWARSLGPHNYLSGHLDFNSRVFSNDVKYNVIDDVAPHYLKLKHWKELIGAQRDWQSNCKYGKPVQIKGGIPSIVLCNPGEGASYKEFLDKAENAALREWTLKNAQFIFLDCPLYQSTTQDR |